Toto je HTML verze žádosti o svobodnému přístupu k informacím 'Zpráva o výsledcích finančních kontrol'.


Č. j.: MF-6693/2017/4701 
 
 
Zpráva 
o výsledcích finančních kontrol ve veřejné správě  
za rok 2016  
 
 
 
 
Červen 2017
 
 

link to page 4 link to page 5 link to page 8 link to page 10 link to page 10 link to page 10 link to page 10 link to page 10 link to page 10 link to page 10 link to page 10 link to page 11 link to page 11 link to page 11 link to page 11 link to page 11 link to page 11 link to page 11 link to page 13 link to page 13 link to page 13 link to page 13 link to page 13 link to page 13 link to page 14 link to page 14 link to page 14 link to page 16 link to page 16 link to page 16 link to page 16 link to page 17 link to page 18 link to page 18 link to page 22 link to page 22 Obsah 
Seznam tabulek ..................................................................................................................................................... 4 
Seznam zkratek ..................................................................................................................................................... 5 
1 
Úvod .............................................................................................................................................................. 8 
2 
Souhrnné  zhodnocení  výsledků  finančních  kontrol  a přiměřenosti  a  účinnosti  zavedeného  systému 
finanční kontroly a přehled o kontrolních zjištěních ........................................................................................... 10 
2.1 
Souhrnné  zhodnocení  výsledků  finančních  kontrol  zajišťovaných  orgánem  veřejné  správy  a 
přiměřenosti a účinnosti zavedeného systému finanční kontroly .................................................................. 10 
Zhodnocení  výsledků  řídicí  kontroly,  výsledků  interního  auditu  a  přiměřenosti  a  účinnosti  vnitřního 
kontrolního systému
 ........................................................................................................................................ 10 

a) 
Vytváření podmínek pro příznivé kontrolní prostředí v orgánu veřejné správy ............................. 10 
b) 
Fungování systému určování závažnosti rizik ................................................................................... 10 
c) 
Organizace odpovědností příslušných vedoucích a ostatních zaměstnanců orgánu veřejné správy
 
11 
d) 
Zajištění  informačních  funkcí  v  rámci  systému  finanční  kontroly  zavedeného  v  orgánu  veřejné 
správy, které souvisejí s rizikem jejich selhání ............................................................................................ 11 
e) 
Zajištění průběžného sledování a prověřování systému finanční kontroly ..................................... 11 
f) 
Dosahování  výsledků  při  zajišťování  činnosti  a  schválení  cílů  tohoto  orgánu  včetně  realizace 
doporučení jednotlivých typů interního auditu .......................................................................................... 11 
Zhodnocení  výsledků  veřejnosprávních  kontrol  včetně  zhodnocení  přiměřenosti  a  účinnosti  zavedeného 
systému kontroly
 .............................................................................................................................................. 13 

Uvedení  hlavních  nedostatků,  které  v  hodnoceném  období  zásadním  způsobem  nepříznivě  ovlivnily 
činnost orgánu veřejné správy
 ......................................................................................................................... 13 

Přehled a charakteristika opatření přijatých vedoucím orgánu veřejné správy k/ke .................................... 13 
a) 
zkvalitnění řízení provozní a finanční činnosti ................................................................................. 13 
b) 
zabezpečení účinnosti vnitřního kontrolního systému .................................................................... 14 
c) 
průběžnému sledování řešených problémů a zvládání důsledků negativních jevů ........................ 14 
Souhrnné zhodnocení ....................................................................................................................................... 14 
2.2 
Přehled o kontrolních zjištěních předaných k dalšímu řízení podle zvláštních právních předpisů ..... 16 
a) 
hlášení o podezření na spáchání trestného činu v rámci vnitřního kontrolního systému .............. 16 
b) 
hlášení o podezření na spáchání trestného činu při výkonu veřejnosprávní kontroly ................... 16 
c) 
zjištění o porušení rozpočtové kázně dle zák. 218/2000 Sb. ........................................................... 16 
d) 
zjištění o porušení jiných právních předpisů .................................................................................... 17 
3 
Tabulky  údajů  o  výsledcích  finančních  kontrol  a  o  stavu  vybraných  ukazatelů  pro  účely  souhrnného 
zhodnocení přiměřenosti a účinnosti systémů finanční kontroly, zajišťované orgány veřejné správy ............. 18 
4 
Veřejnosprávní  kontroly  hospodaření  s veřejnými  prostředky  ČR  vykonané  Ministerstvem  financí 
(oddělení 1701 – Regionální pracoviště a 1702 – Veřejnosprávní kontrola příslušné odboru 17 – Kontrola) .. 22 

link to page 22 link to page 22 link to page 23 link to page 23 link to page 24 link to page 24 link to page 25 link to page 26 link to page 26 link to page 26 link to page 26 link to page 26 link to page 30 link to page 31 link to page 31 link to page 32 link to page 33 link to page 33 link to page 34 link to page 35 link to page 36 link to page 36 link to page 36 link to page 36 link to page 37 link to page 37 link to page 37 link to page 37 link to page 38 link to page 38 link to page 38 link to page 38 link to page 38 4.1 
Národní prostředky ................................................................................................................................ 22 
a) 
nedostatky v dodržování zákona č. 137/2006 Sb. ............................................................................ 22 
b) 
nedostatky v dodržování zákona č. 218/2000 Sb. ............................................................................ 23 
c) 
nedostatky v dodržování dalších právních předpisů ........................................................................ 23 
4.2 
Zahraniční prostředky ............................................................................................................................ 24 
4.3 
Závažná zjištění ...................................................................................................................................... 24 
4.4 
Shrnutí .................................................................................................................................................... 25 
5 
Veřejnosprávní  kontroly  a  audity  finančních  prostředků  ze zahraničí  prováděné  Auditním  orgánem 
Ministerstva financí (odbor 52 – Auditní orgán) ................................................................................................. 26 
5.1 
Veřejnosprávní  kontrola  a  audit  prostředků  strukturálních  fondů,  Fondu  soudržnosti a  Evropského 
rybářského fondu ............................................................................................................................................. 26 
a) 
Operační programy za programové období 2007–2013................................................................... 26 
b) 
Další operační programy Přeshraniční spolupráce („OPPS“) a nadnárodní spolupráce ................. 30 
c) 
Návrh na zahájení trestního řízení .................................................................................................... 31 
d) 
Audity designace OP pro období 2014–2020.................................................................................... 31 
e) 
Audity pro období 2014–2020 .......................................................................................................... 32 
5.2 
Veřejnosprávní kontrola a audit ostatních prostředků ze zahraničí prováděné AO ............................ 33 
a) 
Obecný program Solidarita a řízení migračních toků ....................................................................... 33 
b) 
Finanční mechanismy EHP/Norsko 2009 - 2014 („FM 2“) ................................................................ 34 
5.3 
Shrnutí .................................................................................................................................................... 35 
6 
Odbor Analýza a hlášení nesrovnalostí MF ................................................................................................ 36 
6.1 
Odd. Centrální kontaktní bod AFCOS .................................................................................................... 36 
a) 
Spolupráce s Evropským úřadem pro boj proti podvodům (OLAF) ................................................. 36 
b) 
Spolupráce s Evropskou komisí, Radou EU a DG .............................................................................. 36 
c) 
Spolupráce na hlášení nesrovnalostí v rámci Finančních mechanismů EHP/Norsko ...................... 37 
d) 
Spolupráce na hlášení nesrovnalostí v rámci Programu švýcarsko-české spolupráce .................... 37 
e) 
Předvstupní nástroje ......................................................................................................................... 37 
f) 
Strukturální fondy a Fond soudržnosti – programové období 2004–2006 ...................................... 37 
g) 
Strukturální  fondy,  Fond  soudržnosti,  fondy  společné  zemědělské  politiky  a Evropský  rybářský 
fond – programové období 2007–2013 ....................................................................................................... 38 
h) 
Strukturální fondy, Fond soudržnosti a Evropský  námořní a rybářský fond  – programové období 
2014–2020 .................................................................................................................................................... 38 
6.2 
Odd. Analýza nesrovnalostí ................................................................................................................... 38 
 

link to page 16 link to page 16 link to page 16 link to page 16 link to page 17 link to page 17 link to page 17 link to page 17 link to page 17 link to page 17 link to page 18 link to page 18 link to page 19 link to page 20 link to page 21 link to page 24 link to page 26 link to page 28 link to page 28 link to page 29 link to page 29 link to page 30 link to page 30 link to page 31 link to page 31 link to page 32 Seznam tabulek 
Tabulka 1: Počet a částka zjištění VKS s podezřením na spáchání trestného činu u orgánů veřejné správy v roce 
2016 ...................................................................................................................................................................... 16 
Tabulka  2:  Počet  a  částka  zjištění  při  veřejnosprávních  kontrolách  s  podezřením  na  spáchání  trestného  činu 
v průběhu let ......................................................................................................................................................... 16 
Tabulka  3:  Počet  a  částka  zjištění  při  veřejnosprávních  kontrolách  o  porušení  rozpočtové  kázně  (dle  zák.  č. 
218/2000 Sb.) v průběhu let ................................................................................................................................. 17 
Tabulka 4: Počet a částka zjištění při veřejnosprávních kontrolách o porušení jiných právních předpisů u orgánů 
veřejné správy v roce 2016 ................................................................................................................................... 17 
Tabulka 5: Počet a částka zjištění při veřejnosprávních kontrolách o porušení jiných právních předpisů u orgánů 
veřejné správy v průběhu let ................................................................................................................................ 17 
Tabulka 6: Výše odvodů a sankcí vykázaných orgány veřejné správy v příloze č. 2 vyhlášky v roce 2016 ............ 18 
Tabulka 7: Výše odvodů a sankcí vykázaných ÚSC v příloze č. 2 vyhlášky v roce 2016 ......................................... 18 
Tabulka 8: Výše odvodů a sankcí vykázaných orgány státní správy v příloze č. 2 vyhlášky v roce 2016 ............... 19 
Tabulka 9: Počty plánovaných a vykonaných interních auditů v orgánech VS v průběhu let ............................... 20 
Tabulka 10: Personální obsazení orgánů VS interními auditory v průběhu let ..................................................... 21 
Tabulka 11: Celkové výsledky veřejnosprávních kontrol národních prostředků ukončených v roce 2016 ........... 24 
Tabulka 12: Přehled auditů vykonaných AO v jednotlivých OP v roce 2016 ......................................................... 26 
Tabulka  13:  Přehled  stanovisek,  chybovosti  a  projektované  chybovosti  a  hodnot  výdajů  certifikovaných, 
auditovaných a neuznatelných pro jednotlivé OP ................................................................................................ 28 
Tabulka 14: Počet zjištění s finančním dopadem a bez dopadu za jednotlivé OP ................................................ 29 
Tabulka 15: Oblasti porušení podmínek financování dle auditů operací za všechny OP ...................................... 29 
Tabulka 16: Počet auditů v ostatních OP PHS ....................................................................................................... 30 
Tabulka 17: Počet zjištění v ostatních OP PHS ...................................................................................................... 30 
Tabulka 18: Počet zjištění v ostatních OP PHS ...................................................................................................... 31 
Tabulka 19: Audity provedené auditory EY Programu nadnárodní spolupráce CENTRAL EUROPE ...................... 31 
Tabulka 20: Stavy auditů designace – stav k 31. 12. 2016 .................................................................................... 32 
Tabulka 21: Počet nových případů nesrovnalostí nahlášených OLAF v r. 2016 ……………………………………..………….38 

Seznam zkratek 
AO 
Auditní orgán 
AD 
Audit designace 
AFCOS 
Anti-Fraud Coordinating Structure 
BOZP 
Bezpečnost a ochrana zdraví při práci 
CKB AFCOS 
Centrální kontaktní bod sítě AFCOS 
COCOLAF 
Comité consultatif pour la Coordination de la Lutte contre la Fraude 
ČR 
Česká republika 
DG 
Directorate-General 
DPH 
Daň z přidané hodnoty 
EFF 
Evropský rybářský fond 
EHP  
Evropský hospodářský prostor 
EK 
Evropská komise 
ERDF 
Evropského fondu pro regionální rozvoj 
ESF 
Evropský sociální fond 
EU 
Evropská unie 
EUSF 
Fond solidarity Evropské unie v České republice 
EÚD 
Evropský účetní dvůr 
EY 
Ernst & Young 
EZOZF 
Evropský orientační a záruční fond 
FKSP 
Fond kulturních a sociálních potřeb 
FKVS 
Finanční kontrola ve veřejné správě 
FM 
Finanční mechanismy 
FN 
Finanční nástroje 
FS 
Fond soudržnosti 
FÚ 
Finanční úřad 
IA 
Interní auditor 
IT 
Informační technologie 
IOP 
Integrovaný operační program 
IS 
Informační systém 
JŘBU 
Jednací řízení bez uveřejnění 
MD 
Ministerstvo dopravy 
MF 
Ministerstvo financí 

MMR 
Ministerstvo pro místní rozvoj 
MPSV 
Ministerstvo práce a sociálních věcí 
MRZ 
Modul ročních zpráv 
MS 
Monitorovací systém 
MŠMT 
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy 
MV 
Ministerstvo vnitra 
MZe 
Ministerstvo zemědělství 
MŽP 
Ministerstvo životního prostředí 
NUTS 
Nomenclature of territorial statistical units 
Nomenklatura územních statistických jednotek 
OLAF 
European AntiFraud Office (Evropský úřad pro boj proti podvodům) 
OP 
Operační program 
OP D 
Operační program Doprava 
OP LZZ 
Operační program Lidské zdroje a zaměstnanost 
OP PA 
Operační program Praha – adaptabilita 
OP PHS 
Operační program Přeshraniční spolupráce 
OP PHS ČR - PR 
Operační program Přeshraniční spolupráce ČR - Polsko 
OP PI 
Operační program Podnikání a inovace 
OP PIK 
Operační program Podnikání a inovace pro Konkurenceschopnost  
OP PK 
Operační program Praha – konkurenceschopnost 
OP PPR 
Operační program Praha - pól růstu 
OP R 
Operační program Rybářství 
OP TP 
Operační program Technická pomoc 
OP VaVpI 
Operační program Výzkum a vývoj pro inovace 
OP VK 
Operační program Vzdělávání pro konkurenceschopnost 
OP Z 
Operační program Zaměstnanost 
OP ŽP 
Operační program Životní prostředí 
PCO 
Platební a certifikační orgán 
PO 
Prioritní osa 
ROP JV 
Regionální operační program NUTS II Jihovýchod 
ROP JZ 
Regionální operační program NUTS II Jihozápad 
ROPMS 
Regionální operační program NUTS II Moravskoslezsko 
ROP SC 
Regionální operační program NUTS II Střední Čechy 
ROP SM 
Regionální operační program NUTS II Střední Morava 

ROP SV 
Regionální operační program NUTS II Severovýchod 
ROP SZ 
Regionální operační program NUTS II Severozápad 
RR RS 
Regionální rada regionu soudržnosti 
ŘKS 
Řídící kontrolní systém 
ŘO 
Řídící orgán 
SR 
Státní rozpočet 
SS 
Státní správa 
SW 
Software 
TrZ 
Trestní zákoník 
ÚSC 
Územní samosprávný celek 
VKS 
Vnitřní kontrolní systém 
VKZ 
Výroční kontrolní zpráva 
VS 
Veřejná správa 
VZ 
Veřejné zakázky 
VZMR 
Veřejná zakázka malého rozsahu 
ZS 
Zprostředkující subjekt 
ZVZ 
Zákon o veřejných zakázkách 

1  Úvod  
Zpráva  o  výsledcích  finančních  kontrol  ve  veřejné  správě  za  rok  2016  (dále  jen  Zpráva)  je 
předložena vládě České republiky v souladu s § 22 odst. 1 zákona č. 320/2001 Sb., o finanční kontrole 
ve  veřejné  správě  a  o  změně  některých  zákonů,  ve  znění  pozdějších  předpisů  (dále  jen  zákon 
o finanční kontrole). 
Zpráva  respektuje  usnesení  vlády  České  republiky  č.  509  ze  dne  8.  června  2016  přijaté  
ke  Zprávě  o výsledcích  finančních  kontrol ve  veřejné  správě  za  rok  2015, kterým  se  ukládá  členům 
vlády  a  vedoucím  ostatních  správních  úřadů  zaměřovat  i  nadále  finanční  kontroly  a  interní  audity 
na dodržování  zákona  o  veřejných  zakázkách,  odhalování  porušování  rozpočtové  kázně  podle 
zákona  č.  218/2000  Sb.,  o  rozpočtových  pravidlech  a  o  změně  některých  souvisejících  zákonů  a 
odhalování  skutečností  nasvědčujících  spáchání  trestného  činu  při  hospodaření  s finančními 
prostředky a majetkem. 
Jednotlivé zprávy byly předloženy: 
  správci kapitol státního rozpočtu, 
  jinými  organizačními  složkami  státu  a  státními  příspěvkovými  organizacemi,  u  kterých 
správce  kapitoly  státního  rozpočtu  nenahradil  funkci  útvaru  interního  auditu  výkonem 
veřejnosprávní kontroly,  
  státními fondy,  
  jinými  právnickými  osobami  zřízenými  k plnění  úkolů  veřejné  správy  zvláštními  právními 
předpisy, 
  právnickými  osobami  zřízenými  na  základě  zvláštních  právních  předpisů,  které  hospodaří 
s veřejnými prostředky, 
  kraji a hlavním městem Prahou,  
  obcemi  a  městskými  částmi  hl.  m.  Prahy,  které  nemají  zavedenou  funkci  útvaru  interního 
auditu 
  obcemi a městskými částmi hl. m. Prahy, které zavedly funkci útvaru interního auditu,  
  příspěvkovými  organizacemi,  u  kterých  orgán  veřejné  správy,  který  je  jejích  zřizovatelem, 
nenahradil funkci útvaru interního auditu výkonem veřejnosprávní kontroly,  
  orgány  samosprávy  městských  částí  nebo  městských  obvodů,  jestliže  jim  statutární  město 
ve své pravomoci stanovilo předložit zprávu. 
 
Zhodnocení  výsledků  finančních  kontrol  ve  veřejné  správě  za  rok  2016  provedlo 
prostřednictvím  Informačního  systému  finanční  kontroly  ve  veřejné  správě  7 677  orgánů  veřejné 
správy (celkem 11 071 včetně podřízených organizací), z toho 509 orgánů státní správy, 7 161 orgánů 
a  organizací  v působnosti  územních  samosprávných  celků,  včetně  hlavního  města  Prahy 
7 Regionálních rad regionů soudržnosti.  
Kapitola 2 zprávy obsahuje souhrnné zhodnocení výsledků finančních kontrol zajišťovaných 
orgány  veřejné  správy  a  přiměřenosti  a  účinnosti  zavedeného  systému  finanční  kontroly  (např. 
hlavní  nedostatky,  které  v hodnoceném  období  zásadním  způsobem  nepříznivě  ovlivnily  činnost 
orgánu  veřejné  správy,  včetně  jejich  příčin,  přehled  opatření  přijatých  orgánem  veřejné  správy) 
a dále  pak  přehled  o  kontrolních  zjištěních  předaných  k dalšímu  řízení  podle  zvláštních  právních 
předpisů
  (např.  podezření  na  spáchání  trestného  činu  vnitřního  kontrolního  systému,  při  výkonu 
8/39 

veřejnosprávní  kontroly,  zjištění  o  porušení  rozpočtové  kázně  dle  zák.  218/2000  Sb.  nebo  zjištění 
o porušení jiných právních předpisů). 
Kapitola 3  tvoří tabulkovou část  zprávy  a  obsahuje  stav vybraných ukazatelů  z ukončených 
veřejnosprávních  kontrol  nakládání  s veřejnými  prostředky  a  auditů  vykonaných  u  orgánů  veřejné 
správy  jinými  kontrolními  orgány,  údaje  o  výsledcích  interního  auditu,  údaje  o  výsledcích 
veřejnosprávních kontrol
 zajišťovaných orgánem veřejné správy. 
kapitolách  4  až  6  jsou  uvedena  zhodnocení  systémů  finančních  kontrol  provedených 
Ministerstvem financí, a to odborem 17 Kontrola, odborem 52 Auditní orgán a odborem 69 Analýzy 
a hlášení nesrovnalostí. 
9/39 

2  Souhrnné zhodnocení výsledků finančních kontrol 
a přiměřenosti a účinnosti zavedeného systému finanční 
kontroly a přehled o kontrolních zjištěních 

Souhrnné  zhodnocení  výsledků  finančních  kontrol  zajišťovaných  orgánem  veřejné  správy 
a  přiměřenosti a účinnosti zavedeného systému finanční kontroly je obsaženo v 5 částech přílohy č. 1 
části  I. vyhlášky  č.  416/2004  Sb.  Přehled  o  kontrolních  zjištěních  předaných  k dalšímu  řízení  podle 
zvláštních právních předpisů je popsáno ve 4 částech přílohy č. 1 části II. vyhlášky 416/2004 Sb. 
2.1  Souhrnné zhodnocení výsledků finančních kontrol zajišťovaných 
orgánem veřejné správy a přiměřenosti a účinnosti zavedeného systému 
finanční kontroly 

Zhodnocení výsledků řídicí kontroly, výsledků interního auditu a přiměřenosti a účinnosti vnitřního 
kontrolního systému 

a) 
Vytváření podmínek pro příznivé kontrolní prostředí v orgánu veřejné správy 
Orgány  veřejné  správy  ve  svých  zprávách  poukazují  na  vytváření  podmínek  pro  příznivé 
kontrolní  prostředí.  Tyto  podmínky  jsou  vytvářeny  zejména  prostřednictvím  různých  školení 
a seminářů  (nárůst  v souvislosti  s nutností  nastavení  cíle  osobního  rozvoje  u  zaměstnanců  státní 
služby),  stáží,  konzultací,  konferencí,  využívání  interních  informačních  systémů,  aktivního  zapojení 
interního auditu při tvorbě a úpravách vnitřních předpisů (potřeba aktualizací se zvýšila v souvislosti 
s nutností úprav v rámci vzniku a změn v právních předpisech – např. zákon o registru smluv, zákon 
o státní službě, realizace protikorupčního programu, zákon o zadávání veřejných zakázek apod.). 
Plánování  rozvoje  lidských  zdrojů  vychází  z identifikace  potřeb  v oblasti  vzdělávání 
jednotlivých zaměstnanců a prohlubování vzdělávání a vyplývá také ze zákona o státní službě, zákona 
o úřednících územně samosprávných celků a zákoníku práce. Nejčastěji probíhá vzdělávání v oblasti 
legislativy a práva, dále v oblasti ekonomické a méně je zastoupena oblast IT a měkkých dovedností. 
b) 
Fungování systému určování závažnosti rizik 
Především  vedoucími  zaměstnanci  jsou  průběžně  v orgánech  státní  správy  identifikována 
a aktualizována rizika spojená s dosahováním stanovených úkolů a cílů. Identifikace a hodnocení rizik 
(analýza)  jsou  podkladem  pro  vznik  mapy/katalogu  rizik,  který  je  základem  pro  sestavování 
střednědobého a ročního plánu interního auditu. V některých organizacích je přímo vytvořená funkce 
koordinátora rizik.  
Souhrnně  se  ovšem  oblast  řízení  rizik  v orgánech  veřejné  správy  nedá  označit  
za  stoprocentně  funkční  a  účinný  nástroj.  Ze  zpráv  vyplývá  roztříštěnost  a  nekoordinovanost 
v činnosti  řízení  rizik  a  práce  s nimi.  Oblast  je  často  předmětem  auditů  se  zjištěním  roztříštěnosti  
v  řízení,  nemožnosti  průběžně  upravovat  hodnotu  rizika  (pravděpodobnost  výskytu  či  stupně 
významnosti), což je často způsobeno také neflexibilitou používaného informačního systému, v rámci 
něhož se  s riziky pracuje. V některých orgánech státní správy  nejsou plně  respektována  doporučení 
z ukončených auditů. 
10/39 

c) 
Organizace odpovědností příslušných vedoucích a ostatních zaměstnanců orgánu veřejné 
správy  

Odpovědnosti v orgánech veřejné správy jsou upraveny ve směrnicích, služebních předpisech 
(organizační a pracovní řád, podpisový řád – podpisová práva dle charakteru a rozsahu operací, oběh 
účetních  dokladů  aj.),  pracovních  náplních  a  jiných  vnitřních  normách  organizace,  případně  jsou 
vydávána pověření pro specifické činnosti (nakládání s veřejnými prostředky, výkon interního auditu 
apod.). 
Funkce  zaměstnanců,  kteří  vykonávají  operace  a  zachycují  jejich  dopad,  bývají  oddělené, 
stejně jako funkce spojené s pravomocemi pro příkazce operace, správce rozpočtu nebo hlavní účetní 
dle § 26 zákona č. 320/2001 Sb. a § 15 vyhlášky č. 416/2004 Sb. Některé orgány poukazují na chybná 
nastavení  řídicí  kontroly  spočívající  ve  sloučení,  dle  §  26  odst.  2  zák.  320/2001  Sb.,  navzájem 
neslučitelných  funkcí.  Pro  eliminaci  takovýchto  pochybení  často  slouží  informační  systémy  (např. 
účetní), ve kterých jsou nastaveny pravomoci jednotlivých přihlášených osob. 
d) 
Zajištění informačních funkcí v rámci systému finanční kontroly zavedeného v orgánu 
veřejné správy, které souvisejí s rizikem jejich selhání 

Rizika selhání informačních funkcí v rámci systému finanční kontroly jsou ošetřena vnitřními 
předpisy, případně nastavenými přístupovými právy v informačních systémech. Podobným rizikům je 
předcházeno nastavením vícestupňového schvalování. Podpůrně z pohledu eliminace rizik a ochrany 
veřejných  prostředků  hodnotí  orgány  veřejné  správy  ve  svých  zprávách  i  povinnost  zveřejňování 
smluv v registru smluv.  
Informace  jsou  zajišťovány  a  předávány  na  poradách,  případně  prostřednictvím  intranetu 
nebo  elektronickou  poštou  či  spisovou  službou.  U  organizací  poskytujících  dotace  (např.  
ze  strukturálních  fondů)  jsou  informace  shromažďovány  v centrálních  evidencích.  Způsoby  zajištění 
informačních funkcí bývají v orgánech veřejné správy předmětem ověřování interního auditu. 
e) 
Zajištění průběžného sledování a prověřování systému finanční kontroly 
Zajištění  monitoringu  systému  finančních  kontrol  bývá  v pravomocích  a  odpovědnostech 
vedoucích úřadů. Průběžné prověřování funkčnosti systému finanční kontroly je zajištěno systémem 
řídicích  kontrol  a  jiných  vnitřních  kontrol,  dohlídek  a  interního  auditu.  Předmětem  sledování  jsou 
především  nastavené  postupy,  veřejné  zakázky,  3E  (zásady  hospodárnosti,  účelnosti,  efektivnosti), 
evidence  smluv,  dodržování  právních  předpisů.  S výsledky  interních  auditů,  kontrol  a  dohlídek  je 
seznamováno  vedení  organizací  a  následně  dochází  na  základě  zjištění  k případným  úpravám 
vnitřních  norem.  Nápravná  opatření  k odstranění  zjištěných  nedostatků  bývají  s odstupem  času 
předmětem následných kontrol a auditů. 
f) 
Dosahování výsledků při zajišťování činnosti a schválení cílů tohoto orgánu včetně realizace 
doporučení jednotlivých typů interního auditu 

Řídicí a kontrolní mechanismy v orgánech státní správy byly v průběhu roku 2016 významně 
ovlivněny  četnějšími  personálními  změnami  realizovanými  především  na  místech  představených 
v souvislosti s § 188 a násl. zákona č. 234/2014 Sb., o státní službě, s  realizací výběrových řízení na 
volná služební místa a četnými výkony úřednických zkoušek. 
Ve většině docházelo k realizaci plánovaných interních auditů, výjimečně nebyly realizovány 
všechny,  a  to  především  z důvodu  nedostatečné  personální  kapacity  nebo  z důvodu  prodloužení 
auditu  s přesahem  termínu  dokončení  až  v následujícím  roce.  Ve  většině  organizací  byly  v daném 
11/39 

roce  kromě  plánovaných  auditů  realizovány  i  operativně  zařazené  interní  audity.  Kromě  auditů 
probíhala také  mimořádná  auditní  šetření a monitoringy. Navrhovaná doporučení plynoucí z auditů 
byla projednávána a kontrola jejich plnění bude předmětem auditů v následujících letech. 
Interní audity byly realizovány především s následujícím zaměřením:  
  dodržování zákona č. 137/2006 Sb.,  
  cestovní náhrady,  
  3E (zásady hospodárnosti, účelnosti, efektivnosti),  
  inventarizace majetku a závazků,  
  kybernetická bezpečnost,  
  vnitřní předpisy,  
  sledování protikorupčních opatření,  
  řízení rizik,  
  nastavení podmínek organizace v souladu se zákonem o státní službě,  
  plnění opatření z předchozích auditů a kontrol. 
Interní  audity  byly  zaměřeny  také  na:  organizaci  a  proplácení  finančních  prostředků  
ze  státního  rozpočtu,  závazky  a  pohledávky,  evidenci  pro  účely  DPH,  systém  poskytování 
neinvestičních dotací, ověření způsobilosti výdajů, oběh účetních dokladů, škodní události, spisovou a 
archivní službu, mzdy zaměstnanců, vyřazování majetku, rozhodování ve  správním řízení, nakládání 
s hmotným  majetkem,  využívání  pracovní  doby  a  její  evidenci,  BOZP,  efektivní  využití  prostředků  
na vzdělávání zaměstnanců a systém vzdělávání zaměstnanců, systém zveřejňování informací, tvorbu 
a čerpání  FKSP,  vyřazování  dokumentů  ve  skartačním  řízení,  dodržování  politiky  bezpečnostních 
pravidel organizace, proces vyhlašování dotací. 
Nejčastější doporučení plynoucí z provedených  interních auditů se týkala:  
  nastavení nebo úpravy stanovených postupů,  
  vymezení odpovědností,  
  seznámení zaměstnanců s nastavenými postupy a jejich dodržování,  
  zkvalitnění řízení provozní činnosti organizace a vnitřního kontrolního systému,  
  hospodaření s majetkem,  
  předcházení rizik,  
  smluvních či závazkových vztahů,  
  procesních postupů k výběrovým řízením. 
V rámci  auditní  činnosti  se  zvyšuje  procento  konzultační  činnosti  interního  auditu.  Orgány 
veřejné správy uvádějí nejčastěji následující konzultované okruhy:  
  kritéria pro vyhodnocování výběrových řízení,  
  provádění inventarizace,  
  revize a nastavení systému řízení rizik,  
  nastavení vnitřního kontrolního systému,  
  oběh vybraných účetních dokladů,  
  schvalování účetní závěrky,  
  spolupráce na formulaci žádosti o prominutí odvodu a penále předepsaného FÚ. 
 
 
12/39 

Zhodnocení výsledků veřejnosprávních kontrol včetně zhodnocení přiměřenosti a účinnosti 
zavedeného systému kontroly  

Orgány veřejné správy, podobně jako u realizace interních auditů, poukazují na to, že většinu 
naplánovaných kontrol v daném roce také zrealizovaly, výjimečně proběhly některé kontroly i mimo 
plán.  V malých  obcích  jsou  kontroly  vykonávány  členy  finančního  nebo  kontrolního  výboru  podle 
aktuální potřeby. V průběhu roku 2016 bylo dokončeno i několik kontrol zahájených v  předchozích 
letech. Počty uskutečněných veřejnosprávních kontrol uvádějí orgány veřejné správy mnohem vyšší, 
než počty uskutečněných interních auditů, protože v mnoha případech byla funkce interního auditu 
nahrazena  výkonem  veřejnosprávní  kontroly  (často  jde  např.  o příspěvkové  organizace  zřízené 
obcemi nebo krajem).  
V tabulkové  části  je  bližší  popis  zrealizovaných  kontrol  národních  (příloha  č.  4  vyhlášky 
č. 416/2004 Sb.) a zahraničních prostředků (příloha č. 5 vyhlášky č. 416/2004 Sb.).  
Uvedení hlavních nedostatků, které v hodnoceném období zásadním způsobem nepříznivě ovlivnily 
činnost orgánu veřejné správy 

Nejčastější zjištěné nedostatky se týkaly: 
  veřejných  zakázek  (uveřejňování  údajů  u  VZMR,  pochybení  v oblasti  uzavírání  rámcové 
smlouvy,  dělení  zakázek,  nedodržování  zákona,  nedodržování  lhůt  pro  podání  nabídky, 
neoprávněné  využití  JŘBU,  neoprávněná  realizace  v rámci  VZMR,  nerealizace  veřejné 
zakázky, netransparentnost, diskriminace), 
  porušení  rozpočtové  kázně,  porušení  podmínek  stanovených  v rozhodnutí,  použití 
prostředků v rozporu s rozhodnutím,  
  nedostatečného  prováděcí  řídicí  kontroly  (např.  uzavření  smluvního  vztahu  bez  předběžné 
řídicí kontroly),   
  oblasti 3E,  
  nevymáhání náhrady škody, 
  nedostatečného nastavení procesů v oblasti DPH, 
  nedostatečného nastavení procesů v oblasti poskytování dotací, 
  nedostatečného nastavení procesů v oblasti zveřejňování informací, 
  archivace, 
  inventarizace,  
  nedostatečné bezpečnosti v oblasti IT. 
Činnost orgánu veřejné správy také ovlivňovala nutnost častěji aktualizovat vnitřní předpisy 
tak,  aby  byly  v souladu  s aktuálními  právními  předpisy,  nastavením  protikorupčních  opatření, 
případně  implementací  nových  postupů  pro  splnění  všech  náležitostí  pro  dodržení  zákona  o  státní 
službě a jeho metodik. 
Přehled a charakteristika opatření přijatých vedoucím orgánu veřejné správy k/ke  
a) 
zkvalitnění řízení provozní a finanční činnosti 
V roce 2016 byla přijata nová právní úprava problematiky zadávání veřejných zakázek. Nový 
zákon  přinesl  zjednodušení  procesu  zadávání  veřejných  zakázek  včetně  zkrácení  lhůt  realizace 
veřejných  zakázek  a  zvýšení  limitu  pro  zjednodušené  podlimitní  řízení.  V souvislosti  se  změnou 
legislativy  novelizovala  většina  orgánů  veřejné  správy  své  vnitřní  předpisy  a  případně  zpracovala 
13/39 

novou  metodickou  pomůcku.  V této  souvislosti  docházelo  ke  vzniku  nových  a  úpravám  existujících 
databází.  
V souvislosti s platností  zákona č. 340/2015 Sb., o  registru smluv, reagovaly orgány veřejné 
správy  tak,  že  dle  metodiky  Ministerstva  vnitra  řešily  softwarové  zabezpečení  přenosu  dat  
do centrálního systému a způsob vkládání dat. Orgány veřejné správy zpracovávaly metodiky pro své 
podřízené organizace.  
V průběhu  roku  docházelo  k dílčím  organizačním  změnám  v hierarchii  řídicích  struktur 
i v personálním  obsazení  vedoucích  zaměstnanců  (hlavně  v souvislosti  se  služebním  zákonem). 
Průběžně  byly  aktualizovány  nebo  vydávány  nové  vnitřní  řídicí  a  organizační  akty  v souvislosti 
s realizovanými  organizačními  změnami,  doporučeními  z interních  auditů  apod.  Docházelo 
k elektronizaci  řídicí  kontroly,  zlepšování  podoby  Intranetu  a  jeho  propojení  s podřízenými  orgány, 
případně  k budování  a  zvyšování  úrovně  stávajících  interních  infomačních  systémů.  Více  bylo 
pracováno s problematikou 3E a jejím vyhodnocováním, dále pak s riziky a jejich minimalizací. 
b) 
zabezpečení účinnosti vnitřního kontrolního systému 
Vnitřní kontrolní systém je nastaven vnitřními předpisy jednotlivých orgánů veřejné správy. 
Pokud  je  identifikováno  selhání  VKS,  dochází  k analýze  selhání  a  realizaci  opatření  k nápravě. 
Současným častým tématem jednotlivých orgánů VS je kybernetická bezpečnost a její nastavení tak, 
aby nedocházelo ke zneužití informačních systémů ve veřejné správě. 
Pro  posílení  vnitřního  kontrolního  systému  byly  přesněji  vymezovány  pravomoci 
a odpovědnosti jednotlivých zaměstnanců.  
Na zabezpečení VKS dohlíží útvary interního auditu, které se v rámci svých činností zabývají 
hodnocením  účinnosti  vnitřního  kontrolního  systému.  Na  základě  jejich  zjištění  mají  odpovědní 
zaměstnanci povinnost přijímat opatření k jejich odstranění, pokud je to možné. 
c) 
průběžnému sledování řešených problémů a zvládání důsledků negativních jevů 
V roce  2016  byla  věnována  zvýšená  pozornost  řízení  rizik,  analýze  rizik  a  vyhodnocování 
výsledků  interního  auditu.  Problémy  jsou  průběžně  sledovány  a  projednávány  na  poradách,  jsou 
stanovovány termínované úkoly, vydávány operativní pokyny (např. ředitele). Orgány veřejné správy 
průběžně  sledují  a  aktualizují  vnitřní  normy  v reakci  na  měnící  se  vnější  podmínky.  Průběžně  je 
sledováno  a  vyhodnocováno  čerpání  jednotlivých  rozpočtových  položek  z hlediska  kritérií  3E. 
Následné  audity  jsou  zaměřeny  na  kontrolu  přijímání  opatření  k nápravě  z předchozích  auditů 
a kontrol. S výsledky kontrol a auditů jsou seznamováni odpovědní vedoucí orgánu VS, kteří přijímají 
případná opatření. Některé  orgány,  především státní správy,  poukazují na nerespektování přijímaní 
opatření  k nápravě  odpovědnými  vedoucími  zaměstnanci.  Evidence  průběhu  a  výsledku  auditů 
a kontrol je zajištěna SW aplikacemi. 
Souhrnné zhodnocení 
K souhrnnému zhodnocení slouží výčet kontrolních zjištění předaných k dalšímu řízení podle 
zvláštních právních předpisů a další údaje o výsledcích finančních kontrol uváděné v přílohách č. 1 až 
5 vyhlášky č. 416/2004 Sb. (viz kapitola 3). 
Orgány veřejné správy vnitřní kontrolní systém většinou hodnotí jako přiměřený, dostatečný 
a  účinný  a  systém  finančních  kontrol  jako  vyhovující.  Z výsledků  uskutečněných  auditů  však  lze 
14/39 

konstatovat,  že  ve  vztahu  k řídicí  kontrole  vykazují  nastavené  kontrolní  mechanismy  v některých 
případech nižší účinnost. Z údajů uvedených v jednotlivých zprávách je také možné vyčíst, že některé 
orgány  veřejné  správy  neplní  povinnost  hlášení  závažného  zjištění  §  22  podle  odst.  6  a  7  zákona 
č. 320/2001 Sb. 
 
 
 
 
15/39 

2.2  Přehled o kontrolních zjištěních předaných k dalšímu řízení podle 
zvláštních právních předpisů  
Přehledy kontrolních zjištění se podle vyhlášky č. 416/2004 Sb., dělí na 4 části, a to na hlášení 
o podezření  na  spáchání  trestného  činu  v rámci  vnitřního  kontrolního  systému,  podezření  
na spáchání trestného činu při výkonu veřejnosprávní kontroly, zjištění o porušení rozpočtové kázně 
dle zák. 218/2000 Sb. a zjištění o porušení jiných právních předpisů. 
a) 
hlášení o podezření na spáchání trestného činu v rámci vnitřního kontrolního systému 
Celkem  bylo  nahlášeno  1182  případů  v odhadované  částce  79 535 363  Kč.  Nejvyšší  počty 
případů (97 %) i dopadů na objem finančních prostředků (97 %) vykázaly orgány státní správy.  
Tabulka 1: Počet a částka zjištění VKS s podezřením na spáchání trestného činu u orgánů veřejné správy v roce 2016 
Veřejná správa 
Počet zjištění 
Částka (v Kč) 
ÚSC 

1 896 175 
státní správa 
1176 
77 639 188 
Zdroj: IS FKVS – MRZ/Příloha č. 1/část II. /Tabulka č. 1 
b) 
hlášení o podezření na spáchání trestného činu při výkonu veřejnosprávní kontroly 
Celkem  bylo  nahlášeno  41  případů  v odhadované  částce  127 617  635  Kč.  Nejvyšší  počty 
případů (63 %) i dopadů na objem finančních prostředků (94 %) vykázaly opět orgány státní správy.  
U ÚSC se jednalo o 11 případů s dopadem 6 869 901 Kč, u regionálních rad o 4 případy s dopadem 
394 187 Kč. 
Tabulka 2: Počet a částka zjištění při veřejnosprávních kontrolách s podezřením na spáchání trestného činu v průběhu let 
Rok 
Počet zjištění 
Částka (v Kč) 
2010 
29 
42 111 736 
2011 
40 
198 897 050 
2012 
37 
41 603 324 
2013 
30 
31 809 856 
2014 
30 
99 825 401 
2015 
59 
93 126 892 
2016 
41 
127 617 635 
Zdroj: IS FKVS – MRZ/Příloha č. 1/část II. /Tabulka č. 2 
 
Počet  zjištění  má  v porovnání  s předchozími  lety  klesající  tendenci,  ale  vyčíslená  částka 
v letech naopak stoupá. 
c) 
zjištění o porušení rozpočtové kázně dle zák. 218/2000 Sb. 
Orgány státní správy ve zprávách uvedly, že došlo k 832 zjištěním a u 620 případů bylo možné 
identifikovat typ porušení rozpočtové kázně. Nejčastěji (v počtu i objemu) se jednalo o neoprávněné 
použití  nebo  zadržení  peněžních  prostředků  poskytnutých  ze  státního  rozpočtu,  státního  fondu, 
Národního fondu nebo státních finančních aktiv jejich příjemcem a dále pak o neoprávněné použití 
16/39 

peněžních  prostředků  státního  rozpočtu  a  jiných  peněžních  prostředků  státu.  Vypočtené  odvody 
kontrolním orgánem byly stanoveny celkem na 2 162 825 691 Kč.  
Tabulka 3: Počet a částka zjištění při veřejnosprávních kontrolách o porušení rozpočtové kázně (dle zák. č. 218/2000 Sb.) 
v průběhu let 

Rok 
Počet zjištění 
Počet porušení 
Částka (v Kč) 
2010 
719 
591 
480 948 265 
2011 
383 
252 
353 198 320 
2012 
518 
438 
2 368 021 640 
2013 
792 
686 
641 353 016 
2014 
614 
546 
6 406 965 589 
2015 
860 
742 
4 429 889 221 
2016 
832 
620 
2 162 825 691 
Zdroj: IS FKVS – MRZ/Příloha č. 1/část II. /Tabulka č. 3 
 
d) 
zjištění o porušení jiných právních předpisů 
Porušení jiných právních předpisů bylo hlášeno ve 138 případech s hodnotovým vyjádřením 
důsledku 236 599 972 Kč. Přes 80 % bylo hlášeno orgány státní správy. Porušenými právními předpisy 
byl zákon o veřejných zakázkách (č. 137/2006 Sb.) a správní řád (č. 500/2004 Sb.). 
Tabulka 4: Počet a částka zjištění při veřejnosprávních kontrolách o porušení jiných právních předpisů u orgánů veřejné 
správy v roce 2016 

Veřejná správa 
Počet zjištění 
Částka (v Kč) 
ÚSC 
21 
19 606 555 
Regionální rady 

 
27 623 471 
státní správa 
114 
189 369 946 
 
Zdroj: IS FKVS – MRZ/Příloha č. 1/část II. /Tabulka č. 4 
 
Tabulka 5: Počet a částka zjištění při veřejnosprávních kontrolách o porušení jiných právních předpisů u orgánů veřejné 
správy v průběhu let 

Rok 
Počet porušení 
Částka (v Kč) 
2010 
165 
149 578 843 
2011 
192 
483 984 618 
2012 
174 
1 370 345 988 
2013 
129 
462 707 972 
2014 
165 
360 780 603 
2015 
192 
959 475 104 
2016 
138 
236 599 972 
Zdroj: IS FKVS – MRZ/Příloha č. 1/část II. /Tabulka č. 4 
 
V porovnání s předchozími lety má počet porušení a objem dotčených prostředků klesající tendenci. 
17/39 

3  Tabulky údajů o výsledcích finančních kontrol a o stavu 
vybraných ukazatelů pro účely souhrnného zhodnocení 
přiměřenosti a účinnosti systémů finanční kontroly, zajišťované 
orgány veřejné správy  

Přílohu  č.  2  vyhlášky  č.  416/2004  Sb.,  tvoří  stav  tří  vybraných  ukazatelů  z  ukončených  kontrol 
nakládání  s  veřejnými  prostředky  a  auditů  vykonaných  u  orgánu  veřejné  správy  jinými  kontrolními 
orgány pro účely hodnocení přiměřenosti a účinnosti vnitřního kontrolního systému. Jde o: 
  výši  odvodů  za  porušení  rozpočtové  kázně  celkem  uložených  vykazujícímu  orgánu  veřejné 
správy podle § 44 zákona č. 218/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech a o změně některých 
souvisejících zákonů
,  
  výši  odvodů  za  porušení  rozpočtové  kázně  celkem  uložených  vykazujícímu  orgánu  veřejné 
správy podle § 22 zákona č. 250/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech územních rozpočtů  a  
  výši sankcí (pokuty a penále) uložených vykazujícímu orgánu veřejné správy podle zvláštních 
právních předpisů. 
Tabulka 6: Výše odvodů a sankcí vykázaných orgány veřejné správy v příloze č. 2 vyhlášky č. 416/2004 Sb. v roce 2016 
Výše odvodů za porušení rozpočtové kázně 
Výše odvodů, sankcí 
(v tis. Kč) 
(v tis. Kč) 
§ 44 o rozpočtových pravidlech 
§ 22 o rozpočtových pravidlech územních 
podle zvláštních předpisů 
rozpočtu 
650 062 
143 000 
397 587 
Zdroj: IS FKVS – MRZ/Příloha č. 2 
Následující  dvě  tabulky  blíže  poukazují  na  porušení  rozpočtové  kázně  podle  obou  výše 
uvedených zákonů a výši sankcí u jednotlivých organizací veřejné správy. 
Tabulka 7: Výše odvodů a sankcí vykázaných ÚSC v příloze č. 2 vyhlášky č. 416/2004 Sb. v roce 2016 
Výše odvodů, 
Výše odvodů za porušení rozpočtové kázně (v tis. Kč) 
sankcí (v tis. Kč) 
§ 22, o rozpočtových 
Územní samosprávné celky 
Podle zvláštních 
§ 44, o rozpočtových pravidlech  
pravidlech územních 
 
předpisů 
rozpočtů 
souhrnné údaje za všechny účetní jednotky 
Hlavní město Praha 
335 
85 794 
4 469 
Jihočeský kraj 
1 815 
1 525 
1 738 
Jihomoravský kraj 
9 590 
10 532 
12 841 
Karlovarský kraj 
52 778 
29 
18 763 
Kraj Vysočina 
6 294 
1 967 
5 484 
Královéhradecký kraj 
5 596 
107 
2 994 
Liberecký kraj 
752 
4 168 
850 
Moravskoslezský kraj 
3 022 
2 228 
4 731 
Olomoucký kraj 
13 543 
7 996 
1 366 
Pardubický kraj 
9 927 
2 353 
1 528 
18/39 

Výše odvodů, 
Výše odvodů za porušení rozpočtové kázně (v tis. Kč) 
sankcí (v tis. Kč) 
§ 22, o rozpočtových 
Územní samosprávné celky 
Podle zvláštních 
§ 44, o rozpočtových pravidlech  
pravidlech územních 
 
předpisů 
rozpočtů 
souhrnné údaje za všechny účetní jednotky 
Plzeňský kraj 
1 300 
1 929 
1 806 
Středočeský kraj 
6 519 
14 885 
2 839 
Ústecký kraj 
23 840 
7 301 
3 392 
Zlínský kraj 
1 457 
934 
563 
celkem 
136 768 
141 748 
63 364 
Zdroj: IS FKVS - MRZ/ Příloha č. 2 
 
Tabulka 8: Výše odvodů a sankcí vykázaných orgány státní správy v příloze č. 2 vyhlášky č. 416/2004 Sb. v roce 2016 
Výše odvodů za porušení rozpočtové kázně 
Výše odvodů, 
(v tis. Kč) 
sankcí (v tis. Kč) 
§ 22, o 
§ 44, o 
Státní správa 
rozpočtových 
Podle zvláštních 
rozpočtových 
pravidlech 
předpisů 
pravidlech  
územních rozpočtů 
souhrnné údaje za všechny účetní jednotky 
Kancelář prezidenta republiky 



Poslanecká sněmovna Parlamentu 



Senát Parlamentu 



Úřad vlády ČR 


75 
Bezpečnostní informační služba 



Ministerstvo zahraničních věcí 
324 


Ministerstvo obrany 
6 314 

4 542 
Národní bezpečnostní úřad 



Kancelář veřejného ochránce práv 



Ministerstvo financí (odbor kontroly a AO) 



Ministerstvo financí 
2 720 

3 338 
Ministerstvo práce a sociálních věcí 
23 943 

8 272 
Ministerstvo vnitra 
189 

1 011 
Ministerstvo životního prostředí 
153 195 

875 
Ministerstvo pro místní rozvoj 
1 799 

6 735 
Grantová agentura ČR 



Ministerstvo průmyslu a obchodu 
759 

595 
Ministerstvo dopravy 
184 272 

185 522 
Český telekomunikační úřad 
62 

62 
Ministerstvo zemědělství 
9 120 

43 001 
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy 
101 871 
72 
59 262 
Ministerstvo kultury 
3 513 

563 
Ministerstvo zdravotnictví 
21 409 
11 
16 367 
Zdravotní pojišťovny 


40 
Ministerstvo spravedlnosti 
3 636 

2 784 
Úřad pro ochranu osobních údajů 



Úřad průmyslového vlastnictví 



Český statistický úřad 



Český úřad zeměměřický a katastrální 
168 


Český báňský úřad 



Energetický regulační úřad 



Úřad pro ochranu hospodářské soutěže 



Ústavní soud 



Akademie věd ČR 



Rada ČR pro rozhlasové a televizní vysílání 



Správa státních hmotných rezerv 



Státní úřad pro jadernou bezpečnost 



Generální inspekce bezpečnostních sborů 



19/39 

Výše odvodů za porušení rozpočtové kázně 
Výše odvodů, 
(v tis. Kč) 
sankcí (v tis. Kč) 
§ 22, o 
§ 44, o 
Státní správa 
rozpočtových 
Podle zvláštních 
rozpočtových 
pravidlech 
předpisů 
pravidlech  
územních rozpočtů 
souhrnné údaje za všechny účetní jednotky 
Operace státních finančních rezerv 



Technologická agentura ČR 



Ústav pro studium totalitních režimů 



celkem 
513 294 
83 
333 054 
Zdroj: IS FKVS - MRZ/ Příloha č. 2 
Regionální rady regionů soudržnosti v MRZ uvedená porušení a sankce nevykazují. 
 
Příloha  č.  3  vyhlášky  č.  416/2004  Sb.  jednotlivých  zpráv  je  tvořena  informacemi  o  interním 
auditu  jednotlivých  organizací  veřejné  správy.  Jde  o  jednu  z nejúplnějších  a  nejpřesnějších  příloh 
zpráv.  
Celkem  bylo  v orgánech  VS  naplánováno  3600  auditů,  z  nichž  bylo  vykonáno  3101.  410 
vykonaných  auditů  bylo  zařazeno  operativně  mimo  roční  plán.  Celkový  počet  vykonaných  auditů 
převýšil  plán  a  činil  3652  auditů.  U  téměř  31  %  šlo  o  audity  systému,  z 29  %  se  jednalo  o  finanční 
audity, 22 % auditů bylo jinak zaměřených a u 18 % šlo o audity výkonu.  
Tabulka 9: Počty plánovaných a vykonaných interních auditů v orgánech VS v průběhu let 
Počet vykonaných 
Rok 
Počet plánovaných auditů 
Počet mimořádných auditů 
plánovaných auditů 
2010 
4 558 
4 103 
526 
2011 
4 045 
3 633 
561 
2012 
3 789 
3 313 
459 
2013 
3 642 
3 214 
419 
2014 
3 664 
3 235 
385 
2015 
3 563 
3 069 
468 
2016 
3 600 
3 101 
410 
Zdroj: IS FKVS – MRZ/Příloha č. 3  
V roce  2016  byl  počet  schválených  míst  útvaru  interního  auditu  v organizacích  989  (včetně 
vedoucích míst, 907 bez vedoucích míst), z nichž počet obsazených míst koncem roku činil pouze 879 
míst. Ukazatel počtu schválených míst IA měl dlouhodobě klesající tendenci, až rokem 2016 se opět 
výrazně  zvýšil,  ačkoliv  místa  nebyla  z velké  části  obsazena.  Počet  auditorů  s mezinárodní  certifikací 
programu  Institute  of  Internal  Auditors  byl  ve  sledovaném  roce  pouze  15.  Auditorů,  kteří  obdrželi 
osvědčení o absolvování základního kurzu jednotného systému odborné přípravy pracovníků veřejné 
správy  v  oboru  „finanční  kontrola“  a  „interní  audit“  nebo  jiného  kurzu  jej  nahrazujícího,  bylo 
vykázáno 644. 
 
 
 
20/39 

Tabulka 10: Personální obsazení orgánů VS interními auditory v průběhu let 
Skutečný 
Počet 
Se 

stav 
Rok 
schválených 
SS 
ÚSC 
RR RS 
základním 
mezinárodním 
výkonných 
míst IA 
kurzem 
certifikátem 
IA 
2010 
932 
941 
528 
407 

683 
20 
2011 
895 
892 
491 
401 

654 
26 
2012 
878 
876 
467 
399 
10 
654 
19 
2013 
865 
855 
444 
401 
10 
633 
18 
2014 
887 
868 
457 
402 

649 
17 
2015 
886 
855 
452 
395 

648 
16 
2016 
907 
879 
460 
411 

644 
15 
Zdroj: IS FKVS – MRZ/Příloha č. 3 
 
Příloha  č.  4  vyhlášky  č.  416/2004  Sb.  se  skládá  z vykázaných  údajů  o  výsledcích 
veřejnosprávních  kontrol  zajišťovaných  orgánem  veřejné  správy  (podíl  zkontrolovaných  příjmů 
a výdajů,  ukončená  řízení  o  odnětí  dotace  nebo  návratné  finanční  výpomoci,  podíl  zkontrolované 
veřejné finanční podpory, počty případů porušení rozpočtové kázně dle § 22 zákona č. 250/2000 Sb., 
uložené pokuty dle zákona č. 255/2012 Sb. (kontrolní řád) nebo zákona č. 320/2001 Sb., o finanční 
kontrole. 
ÚSC vykazují podíly zkontrolovaných příjmů a výdajů v rozptylu 20–70 %. Ve svých zprávách 
také  uvádí  počty  případů  porušení  rozpočtové  kázně  (celkem  950  případů),  za  které  územní 
samosprávný  celek  uložil  osobě,  která  se  tohoto  porušení  dopustila,  odvod  do  svého  rozpočtu 
v hodnoceném roce (§ 22 zákona č. 250/2000 Sb.).  
Pokuty  dle  kontrolního  řádu  za  neposkytnutí  součinnosti  při  kontrole  uplatnily  dle 
předložených  zpráv  pouze  ÚSC,  a  to  v počtu  9  případů  a  ve  výši  104 000  Kč.  Stejně  tak  pokuty  za 
nepřijetí  nebo  neplnění  opatření  k odstranění  nedostatků  uložily  ve  4  případech  ve  výši  7 000  Kč 
pouze ÚSC. 
 
21/39 


Veřejnosprávní kontroly hospodaření s veřejnými prostředky 
ČR vykonané Ministerstvem financí (oddělení 1701 – Regionální 
pracoviště a 1702 – Veřejnosprávní kontrola příslušné odboru 17 – 
Kontrola) 

Činnost oddělení Regionální pracoviště a Veřejnosprávní kontrola byla ve sledovaném období 
zaměřena  zejména  na  ověřování  oprávněnosti  použití  peněžních  prostředků  státního  rozpočtu 
a ověření  zajišťování  účelnosti,  efektivnosti  a  hospodárnosti  při  nakládání  s těmito  prostředky. 
Konkrétním obsahem kontrol bylo zejména ověření správnosti vedení účetnictví stanovené zákonem 
č. 563/1991 Sb.,  o účetnictví,  prověření  způsobu  hospodaření  s majetkem  státu  a plnění  povinností 
vyplývajících  ze zákona  č. 219/2000 Sb.,  o majetku  ČR  a jejím  vystupování  v právních  vztazích,  dále  
ze zákona č. 137/2006 Sb., o veřejných zakázkách, zákona č. 218/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech 
a o změně  některých souvisejících zákonů a zákona č. 320/2001 Sb., o finanční kontrole ve veřejné 
správě  a  změně  některých  zákonů.  Vybrané  kontroly  byly  dále  zaměřeny  na prověření  plnění 
všeobecných  podmínek  pro poskytnutí  investičních  pobídek  podle  zákona  č. 72/2000 Sb., 
o investičních pobídkách a o změně některých zákonů (zákon o investičních pobídkách).  
Do plánu kontrolní činnosti na rok 2016 byly zařazeny subjekty s ohledem na identifikovaná 
rizika,  specifické  podmínky  a  dostupné  zdroje  pro  kontrolní  činnost  v jednotlivých 
regionech, poznatky  z kontrol  provedených  v předchozích  obdobích  a  informace  vyplývající  z  plánů 
kontrol  jiných  kontrolních  orgánů.  Upřednostněny  byly  kontroly  u těch  kontrolovaných  subjektů, 
u kterých  byla  na  základě  doručených  stížností  a  podnětů  signalizována  podezření  na  porušení 
rozpočtové kázně a vyloučeny byly kontroly duplicitní.  
V roce  2016  byly  ukončeny 3 kontroly zahájené v roce  2014 a 27 kontrol zahájených v roce 
2015. Ve sledovaném roce bylo zahájeno 102 kontrol, 78 kontrol ze 102 zahájených bylo v témže roce 
ukončeno. Celkem tedy bylo v roce 2016 ukončeno 108 kontrol, z čehož bylo 104 kontrol národních 
prostředků a 4 kontroly prostředků zahraničních. 
4.1  Národní prostředky 
Veřejnosprávní  kontroly  národních  prostředků  byly  ve  sledovaném  období  zaměřeny  
na  kontrolu  hospodaření  s veřejnými  prostředky  (dále  jen  „kontrola  hospodaření“),  na  ověření 
správnosti použití účelově určených prostředků ze SR (dále jen „kontrola dotace“) a na ověření plnění 
všeobecných  podmínek  podle  §  2  zákona  č.  72/2000  Sb.,  a  na  splnění  podmínek  stanovených 
Ministerstvem  průmyslu  a  obchodu  v Rozhodnutích  ministra  průmyslu  a  obchodu  o  příslibu 
investičních pobídek (dále jen „kontrola investičních pobídek“). 
Identifikované nedostatky při kontrolách národních prostředků byly následující: 
a) 
nedostatky v dodržování zákona č. 137/2006 Sb. 
V rámci ukončených veřejnosprávních kontrol bylo při kontrole zadávání VZ zjištěno porušení 
zákona  č.  137/2006  Sb.,  o  veřejných  zakázkách  (dále  také  „ZVZ“)  v různých  stupních  závažnosti. 
Celkem  bylo  při  kontrole  národních  prostředků  zjištěno  porušování  ZVZ  u 45,19  %  kontrolovaných 
subjektů.  Mezi  nejčastěji  se  opakující  pochybení  patřilo  v uplynulém  roce  nedodržování  zásady 
transparentnosti,  rovného zacházení a zákazu diskriminace  dle §  6 ZVZ, nedodržování uveřejňování 
smluv, výše skutečně uhrazené ceny a seznamu subdodavatelů dle § 147a ZVZ, porušování vnitřních 
22/39 

předpisů  pro  zadávání  VZ,  nedoložení  stanovení  předpokládané  hodnoty  VZ,  porušení  podmínek 
zadávacího  řízení  zadavatelem,  stanovení  nepřiměřených  a diskriminačních  kvalifikačních 
předpokladů,  pochybení  v nastavených  kritériích  pro  hodnocení  nabídek,  nedodržování  stanovené 
lhůty  pro  podání  námitek  a  lhůty  pro  uzavření  smlouvy,  uzavírání  smlouvy  v rozporu  s návrhem 
smlouvy a časté podstatné změny smlouvy.  
Stejně  jako  v předchozím  roce  byly  problematické  zejména  oblasti  VZ  na  stavební  práce 
a dodávky.  Častým  zjištěním  u  stavebních  prací  je  navyšování  ceny  původní  VZ  z důvodu  potřeby 
provádění  dodatečných  stavebních  prací,  u  nichž  není  dostatečně  prokázáno  kumulativní  naplnění 
podmínek  zákona.  Pochybení  v oblasti  VZ  se  v případě  kontroly  dotací  objevovala  u  výstavby 
pozemních komunikací. 
b) 
nedostatky v dodržování zákona č. 218/2000 Sb. 
Podezření na porušení rozpočtové kázně bylo zjištěno celkem ve 37 případech. Procentuálně 
bylo podezření na porušení rozpočtové kázně zjištěno v 35,58 % ukončených kontrol.  
Ministerstvo  financí,  odbor  17  –  Kontrola  není  příslušné  určovat  konkrétní  finanční  dopad 
dílčích  porušení  konkrétních  paragrafů,  možným  dopadem  některých  zjištění  uvedených 
v Protokolech  o  výsledku  veřejnosprávní  kontroly  je  řízení  ze  strany  příslušných  orgánů  (místně 
příslušného  finančního  úřadu),  které  jsou,  po  vlastním  šetření,  oprávněny  ve  své  působnosti  činit 
opatření k nápravě zjištěného stavu nebo ukládat sankce za zjištěné nedostatky.  
Zjištění  identifikovaná  v průběhu  kontroly  představují  potenciál  pro  zlepšení  vnitřního 
kontrolního  systému  kontrolované  osoby  ve  smyslu  zvýšení  úrovně  naplňování  podmínek  legality 
nebo účelnosti, hospodárnosti a efektivnosti při nakládání s veřejnými prostředky.  
V souladu  s ustanovením  § 25 odst. 4 zákona  č. 255/2012  Sb.,  o  kontrole  (kontrolní  řád) 
a v souladu s ustanovením § 18 odst. 2 zákona č. 320/2001 Sb., o finanční kontrole ve veřejné správě 
a  o  změně  některých  zákonů  (zákon  o  finanční  kontrole),  ve  znění  pozdějších  předpisů,  případně 
v souladu  s povinností  informovat  věcně  a  místně  příslušný  finanční  úřad  o identifikovaném 
podezření  na  porušení  rozpočtové  kázně,  vyplývající  z ustanovení  §  44  odst.  1  písm.  a)  zákona 
č. 218/2000  Sb.,  o  rozpočtových  pravidlech  a  o  změně  některých  souvisejících  zákonů  (rozpočtová 
pravidla),  však mohou závěry odboru 17  –  Kontrola představovat podnět k navazujícímu správnímu 
řízení orgánu, který nápravná opatření nebo sankce ukládat může. 
c) 
nedostatky v dodržování dalších právních předpisů 
Z hlediska  plnění  povinností  vyplývajících  ze  zákona  o  finanční  kontrole  a  vyhlášky 
č. 416/2004 Sb. bylo zjištěno, že nastavené systémy pro finanční kontrolu vykazují v některých dílčích 
případech  znaky  nepřiměřenosti  nebo  nefunkčnosti.  Nedostatky  přetrvávají  především  v oblasti 
předběžné  a  průběžné  finanční  kontroly,  z  provedených  kontrol  vyplývá  nedůslednost  při 
zapracovávání nové legislativy do  vnitřních předpisů kontrolovaných osob. Výše uvedená zjištění se 
objevovala v 41,35 % dokončených kontrol.  
Při  kontrole  hospodaření  bylo  také  poukazováno  na  porušení  zákona  č.  219/2000  Sb., 
o majetku ČR a jejím vystupování v právních vztazích, a to u 11,54 % kontrolovaných osob. Porušení 
zákona  č.  563/1991  Sb.,  o  účetnictví  bylo  indikováno  u 36,54  %  subjektů  kontrolovaných  v daném 
roce.  Dále  bylo  kontrolou  zjištěno  porušení  vyhlášky  č.  114/2002  Sb.,  Ministerstva  financí  o  fondu 
kulturních  a  sociálních  potřeb,  ve  2  případech,  porušení  zákona  č.  262/2006  Sb.,  zákoníku  práce, 
v 1 případě,  porušení  zákona  č.  89/2012  Sb.,  občanský  zákoník,  v 1  případě  porušení  zákona 
23/39 

č. 77/1997  Sb.,  o  státním  podniku,  v 1  případě.  Kontrola  investičních  pobídek  se  zaměřovala  
na  prověření  dodržování  zákona  č.  72/2000  Sb.  Provedenými  kontrolami  nebylo  identifikováno 
porušení  všeobecné  podmínky  pro  čerpání  investiční  pobídky  formou  slevy  na  daních  z  příjmů, 
stanovené  v § 2 odst.  2  písm.  c)  a  §  6a  odst.  5  zákona  č.  72/2000  Sb.,  o investičních  pobídkách,  a 
podmínky stanovené v Rozhodnutí Ministerstva průmyslu a obchodu o příslibu investičních pobídek.  
Tabulka 11: Celkové výsledky veřejnosprávních kontrol národních prostředků ukončených v roce 2016 
Porušení právního předpisu 
 
 
 
Objem 

 





b



Sb.
b
b
b
b
b
b
b
b
Zaměření 
Počet 
zkontrolovaných 
veřejnosprávní 
ukončených 
prostředků  
kontroly 
kontrol 
(v Kč) 
218/2000 S
137/2006 
563/1991 S
320/2001 S
219/2000 S
114/2002 S
262/2006 S
89/2012 S
77/1997 S
72/2000 S
Investiční 
37 
7 571 344 503 










pobídky 
Dotace 

24 
151 105 669 



10 






Hospodaření 
43 
2 106 521 621 
28 
39 
33 
33 
12 





Celkem 
104 
9 828 971 793 
37 
47 
38 
43 
12 





 Zdroj: výsledky kontrol oddělení 1701 a 1702 odboru 17 – Kontrola 
Tabulka  č.  11  uvádí  počet  veřejnosprávních  kontrol  ukončených  v roce  2016,  objem 
zkontrolovaných prostředků a počet kontrol, ve kterých se vyskytlo 1 nebo více porušení jednotlivých 
právních předpisů. 
4.2  Zahraniční prostředky 
V  průběhu  roku  2016  odbor  Kontrola  Ministerstva  financí  ukončil  v  návaznosti  
na  implementaci  finančních  prostředků  z  Fondu  solidarity  EU  4  kontroly,  z čehož  byly  3  kontroly 
zahájeny  v roce  2014  a  1  kontrola  v roce  2015.  Ve  všech  případech  byla  kontrola  zahraničních 
prostředků  zaměřena  na  nastavení  systému  a jeho  funkčnosti  v oblasti  implementace  prostředků 
Fondu solidarity EU v ČR. Kontrolami nebylo zjištěno porušení obecně závazných právních předpisů. 
Zároveň  v průběhu  kontrol  nebylo  zjištěno  porušení  podmínek  poskytnutí  dotace  stanovené 
v Metodice, v Rozhodnutí o poskytnutí dotace z Národního fondu k opatření Fondu solidarity EU (a to 
jak v roli poskytovatele, tak v roli oprávněného žadatele).  
Kontroly  EUSF  vykonávané  ze  strany  oddělení  1701  a  1702  nemají  číslo  projektu, 
kontrolované prostředky byly poskytovány na základě Rozhodnutí komise o udělení příspěvku z FSEU 
na financování záchranných opatření v souvislosti s povodněmi v České republice v červnu roku 2013 
s  číslem  CCI2013CZ16SPO001.  Celkový  objem  zkontrolovaných  prostředků  činil  90 040  925  Kč, 
přičemž 100 % zkontrolovaných prostředků bylo financováno z EU.  
Ve  sledovaném  období  pokračovala  spolupráce  při  realizaci  externích  auditů  u  projektů 
financovaných z Programu švýcarsko-české spolupráce. Společnost Deloitte  Audit, s.r.o. uskutečnila 
8 nezávislých  auditů.  Další  audity  budou  postupně  realizovány  v dalších  letech  u všech  projektů 
v rámci Programu švýcarsko-české spolupráce. 
4.3  Závažná zjištění 
Závažné zjištění dle § 22 odst. 6 zákona č. 320/2001 Sb., o finanční kontrole, konkrétně zjištění 
s podezřením  na  neoprávněné  použití,  zadržení,  ztráty  nebo  poškození  veřejných  prostředků 
24/39 

v hodnotě  přesahující  300  000  Kč,  bylo  zjištěno  minimálně  v jednom  případě  u  31  kontrolovaných 
osob,  z toho  v 25  případech  se  jednalo  o  kontrolu  hospodaření  a  v  6  případech  kontrolu  dotace. 
Často se v daných případech jednalo o závažné porušení několika právních předpisů. 
4.4  Shrnutí 
V roce 2016 odbor Kontroly Ministerstva financí ukončil 108 kontrol, z čehož bylo 104 kontrol 
národních  prostředků  a  4  kontroly  prostředků  zahraničních.  Veřejnosprávní  kontroly  národních 
prostředků  se  zaměřily  na  kontrolu  dotací  poskytnutých  ze  státního  rozpočtu,  hospodaření 
s majetkem  státu  a  plnění  všeobecných  podmínek  pro  poskytnutí  investičních  pobídek.  Kontroly 
zahraničních  prostředků  se  věnovaly  ověření  oprávněnosti  výdajů  uplatněných  v žádosti  o  dotaci 
z Národního fondu k opatřením Fondu solidarity EU.  
Mezi  nejčastěji  se  opakující  zjištění  z provedených  kontrol  patřilo  porušení  zákona 
č. 137/2006 Sb., zákona č. 320/2001 Sb. a zákona č. 563/1991 Sb. 
 
25/39 

5  Veřejnosprávní kontroly a audity finančních prostředků 
ze zahraničí prováděné Auditním orgánem Ministerstva financí 
(odbor 52 – Auditní orgán) 

5.1  Veřejnosprávní kontrola a audit prostředků strukturálních fondů, Fondu 
soudržnosti a Evropského rybářského fondu  
Ministerstvo  financí  plní  úkoly  Auditního  orgánu  (dále  jen  AO)  prostředků  pomoci  EU 
poskytnuté ČR v rámci Evropského sociálního fondu (dále jen ESF), Evropského fondu pro regionální 
rozvoj (dále jen ERDF), Fondu soudržnosti (dále jen FS) a Evropského rybářského fondu (dále jen EFF).  
a) 
Operační programy za programové období 2007–2013 
Pro programové období 2007–2013 byly hlavní aktivity AO zaměřeny na nezbytné práce pro 
uzavření  jednotlivých  operačních  programů,  tj.  jak  na  audity  operací,  tak  i  na  posouzení  fungování 
řídicích  a kontrolních  systémů  jednotlivých  operačních  programů  (dále  jen  OP)  na  základě 
provedených  auditů  systému.  Zatímco  audity  operací  byly  v  rámci  ověření  správnosti  vykázaných 
výdajů  zaměřeny  na  soulad  realizace  operací  s právními  předpisy  EU  a  ČR,  s  pravidly  publicity,  
na  přiměřenost  auditní  stopy,  naplnění  příslušných  monitorovacích  ukazatelů  apod.,  tak  audity 
systémů byly zaměřeny především na posouzení funkčnosti stávajících řídicích a kontrolních systémů 
(dále  jen  ŘKS)  nastavených  příslušnými  řídicími  orgány  (dále  také  ŘO)  OP  nebo  zprostředkujícími 
subjekty  (dále  jen  ZS),  včetně  činnosti  Platebního  a  certifikačního  orgánu  (PCO).  Při  výkonu  výše 
uvedených  auditů  AO  rovněž  posuzoval  řešení  jednotlivých  případů  snížených,  nepotvrzených  a 
neopodstatněných nesrovnalostí.  
AO vykonal v roce 2016 celkem 600 auditů, z toho 580 auditů operací a 20 auditů systému. 
Z 600  auditů  jich  558  pokrývalo  programy  ESF,  ERDF  a  FS  a  42  auditů  projekty  EFF.  Údaje 
u jednotlivých OP v dalším členění na audity systému a operací jsou uvedeny v Tabulce 12.  
Tabulka 12: Přehled auditů vykonaných AO v jednotlivých OP v roce 2016 
z toho auditů 
z toho auditů 
Název OP 
Celkem počet auditů 
systémů 
operací 
Integrovaný operační program 
40 

39 
OP Doprava 
33 

32 
OP Lidské zdroje a zaměstnanost 
27 

26 
OP Podnikání a inovace 
30 

29 
OP Praha Adaptabilita 
21 

20 
OP Praha Konkurenceschopnost 
41 

40 
OP Přeshraniční spolupráce ČR - Polsko 
29 

28 
OP Rybářství 
42 

41 
OP Technická pomoc 
20 

19 
OP Výzkum a vývoj pro inovace 
25 

24 
OP Vzdělávání pro konkurenceschopnost 
31 

30 
OP Životní prostředí 
36 

35 
ROP NUTS II Jihovýchod 
31 

30 
ROP NUTS II Jihozápad 
31 

30 
ROP NUTS II Moravskoslezsko 
31 

30 
ROP NUTS II Severovýchod 
36 

35 
ROP NUTS II Severozápad 
31 

30 
ROP NUTS II Střední Čechy 
30 

29 
ROP NUTS II Střední Morava 
34 

33 
Horizontální audity (všechny OP) 



26/39 

z toho auditů 
z toho auditů 
Název OP 
Celkem počet auditů 
systémů 
operací 
Celkem 
600 
20 
580 
Zdroj: Informační systém Auditního orgánu (kromě projektů Přeshraniční spolupráce) 
S  ohledem  na  relevantní  nařízení  EU  a  metodické  pokyny  EK  byly  vypracovány  a    EK 
k 31. března  2017  zaslány  jednotlivé  závěrečné  kontrolní  zprávy  (dále  také  ZKZ)  za  poslední 
referenční období,  rok 2016 (období 1. červenec 2015  –  31. března 2017) s Prohlášením o uzavření 
(dále jen Prohlášení) příslušných OP.  
V tomto  období  bylo  ověřováno  plnění  opatření  k  nápravě  nedostatků  identifikovaných 
v předchozích auditech systémů. Celkově lze za ZKZ konstatovat, že zde došlo k významnému zlepšení 
ŘKS  oproti  roku  2015;  u  14  (tj.  téměř  74  %)  OP  se  projektovaná  chybovost  dle  výsledků  auditní 
činnosti pohybovala pod 2 %, u 5 (tj. necelých 26 %) OP byla chybovost nad 2 %, z toho pouze u 1 OP 
byla chybovost nad 5 %. Zjištění z auditu operací byla provázána na výsledky auditu systému a byla 
podkladem pro definování systémových zjištění. Z uvedeného důvodu je nutné při nastavení systému 
nového  programového  období  zajistit  řádné  ověřování  administrovaných  žádostí  o  platbu.  AO 
u všech  ŘO  OP  hodnotil  ŘKS  z  hlediska  splňování  požadavků  stanovených  v  čl.  60  písm.  b)  nařízení 
Rady č. 1083/2006 a čl. 13 odst. 2 nařízení Komise č. 1828/2006, tj. zda fungoval účinně a poskytl tak 
přiměřenou  jistotu,  že  výkazy  výdajů  předložené  Komisi  byly  správné  a  související  transakce  byly 
legální a řádné a toto hodnocení ŘKS OP uvedl AO ve svém Stanovisku. Konkrétní údaje za jednotlivé 
OP jsou uvedeny v Tabulce 13. 
27/39 

Tabulka 13: Přehled stanovisek, chybovosti a projektované chybovosti a hodnot výdajů certifikovaných, auditovaných a neuznatelných pro jednotlivé OP 
ZKZ 
Audity operací 
 
Proj. 
Certifikováno 
Certifikováno 
Vzorek 
Vzorek 
Vzorek 
Nesrovnalost 
Nesrovnalost 
Č OP 
Zkratka OP 
Stanovisko 
Chybovost v % 
chyb 
v EUR 
v CZK 
v EUR 
v CZK 
v % 
v EUR 
v CZK 

IOP 
Bez výhrad 
1,19% 
640 039 330,73 
17 350 711 422,43 
207 079 216,19 
5 606 225 579,47 
32,31 
859 101,45 
23 253 301,87 
0,41 

OPD 
Bez výhrad 
0,50% 
3 177 109 336,69 
86 110 582 968,24 
1 298 652 741,70 
35 230 151 417,73 
40,91 
2 604 208,70 
70 488 646,52 
0,20 

OPLZZ 
Bez výhrad 
1,00% 
627 734 876,02 
17 034 669 570,95 
307 711 712,47 
8 325 878 450,46 
48,88 
44 311,19 
1 199 486,79 
0,01 

OPPA 
Bez výhrad 
0,49% 
26 238 203,73 
712 978 139,71 
2 462 059,49 
66 810 602,91 
9,37 
20 973,00 
567 843,79 
0,85 

OPPI 
S výhradou 
1,39% 
2 651 038 219,69 
72 270 218 193,73 
76 865 002,04 
2 097 603 938,05 
2,90 
2 062 309,90 
56 276 203,92 
2,68 

OPPK 
Bez výhrad 
0,31% 
87 714 314,10 
2 377 121 270,63 
35 375 668,82 
956 850 808,09 
40,25 
50 959,22 
1 396 775,55 
0,15 

OP R 
Bez výhrad 
12,61% 
11 826 213,82 
322 160 623,34 
4 493 305,15 
122 261 538,55 
37,95 
544 231,03 
14 792 244,65 
12,10 

OP TP 
Bez výhrad 
3,39% 
51 646 716,24 
1 413 536 351,22 
35 660 421,29 
975 905 093,01 
69,04 
1 758 582,19 
47 959 102,00 
4,91 

OP VaVpI 
Bez výhrad 
0,39% 
604 257 085,25 
16 358 567 515,23 
393 602 386,15 
10 651 455 482,69 
65,11 
1 227 564,73 
33 199 709,08 
0,31 
10 
OP VK 
Bez výhrad 
3,05% 
465 444 608,45 
12 650 050 718,51 
19 946 833,44 
541 721 926,25 
4,28 
655 097,05 
17 862 991,03 
3,30 
11 
OP ŽP 
Bez výhrad 
2,11% 
1 822 090 766,47 
49 410 361 316,21 
56 377 009,90 
1 529 589 082,35 
3,10 
904 951,15 
24 553 899,15 
1,61 
12 
ROP JV 
Bez výhrad 
0,13% 
291 372 325,55 
7 928 710 660,04 
70 143 968,11 
1 904 962 272,18 
24,03 
57 639,10 
1 575 289,41 
0,08 
13 
ROP JZ 
Bez výhrad 
0,93% 
213 490 996,97 
5 815 489 152,03 
60 505 735,80 
1 653 241 781,98 
28,43 
568 209,42 
15 733 933,51 
0,95 
14 
ROPMS 
Bez výhrad 
0,57% 
334 206 758,84 
9 008 467 936,45 
96 312 505,54 
2 562 285 653,08 
28,44 
359 047,09 
9 524 786,04 
0,37 
15 
ROP SC 
Bez výhrad 
1,21% 
181 486 378,36 
4 933 738 030,64 
45 644 423,87 
1 223 537 423,58 
24,80 
391 400,20 
10 655 449,86 
0,87 
16 
ROP SM 
Bez výhrad 
1,45% 
251 120 503,61 
6 855 345 355,51 
27 557 527,74 
753 793 640,01 
11,00 
348 896,79 
9 572 283,02 
1,27 
17 
ROP SV 
Bez výhrad 
0,00% 
238 517 574,54 
6 426 302 051,89 
56 539 720,66 
1 506 179 710,95 
23,44 
1 159,13 
31 790,94 
0,00 
18 
ROP SZ 
S výhradou 
4,11% 
213 985 321,54 
5 798 127 435,21 
88 706 149,95 
2 398 803 539,93 
41,37 
1 890 202,37 
51 361 074,69 
2,14 
19 
OPPHS ČR-PR 
Bez výhrad 
0,70% 
50 103 951,15 
1 365 126 416,03 
12 527 260,13 
341 228 738,76 
25,00 
15 397,86 
420 806,76 
0,12 
1,79% 
11 939 423 481,75 
324 142 265 128,00 
2 896 163 648,44 
78 448 486 680,03 
24,20 
14 364 241,6 
390 425 618,58 
0,50 
Celkem 
 
Zdroj: Závěrečné kontrolní zprávy AO 
28/39 

U 2 OP bylo vydáno stanovisko s výhradou, což představuje 10 % a u  17 OP stanovisko bez 
výhrad,  což  představuje  90  %.  Stanovisko  s  výhradou  bylo  vydáváno  s  ohledem  na  nadále 
nedostatečnou funkčnost ŘKS (závěry auditů systémů, vyšší chybovost, šetření Policie ČR) příslušných 
OP,  zejména  přetrvává  negativní  hodnocení  oblasti  administrace  VZ  u  projektů  a  identifikaci 
nezpůsobilých výdajů. Podrobněji viz Tabulka 15. 
Objem  výchozích  auditovaných  prostředků,  které  byly  AO  vybrány  do  vzorku  pro  rok  2016  
za všechny OP, činil 20 mld. €, tedy cca 324,2 mld. Kč. Z toho pak identifikovaná chybovost činila cca 
14,4 mil. €, tedy cca 390,5 mil. Kč, což je zhruba 0,5 % auditovaných výdajů. V Tabulce 14 je uveden 
počet zjištění podle jednotlivých OP. 
Tabulka 14: Počet zjištění s finančním dopadem a bez dopadu za jednotlivé OP 
Zjištění 
Číslo  
Zkratka programu 
Celkem 
S finančním dopadem  
Bez dopadu 

IOP 
22 
12 
10 

OP D  
52 
18 
34 

OP LZZ 
27 
23 


OP PA 




OP PI  
39 
29 
10 

OP PK 




OP R 
91 
59 
32 

OP TP  




OP VAVPI  
98 
35 
63 
10 
OP VK  
84 
47 
37 
11 
OP ŽP 
34 
19 
15 
12 
ROP JV 
74 
21 
53 
13 
ROP JZ  
21 
20 

14 
ROP MS  
20 
11 

15 
ROP SC  
20 

11 
16 
ROP SM  
22 
20 

17 
ROP SV 



18 
ROP SZ  
59 
42 
17 
19 
PPHS ČR-Polsko 



CELKEM  
687 
382 
305 
Zdroj: Informační systém Auditního orgánu  
Tabulka 15: Oblasti porušení podmínek financování dle auditů operací za všechny OP 
Počet 
Relativní 
Finanční dopad 
Finanční 
Oblast porušení 
zjištění 
počet v % 
v Kč 
dopad v % 
01. Pravidla pro veřejné zakázky 
419 
60,99% 
287 446 757,33 
73,62% 
02. Pravidla pro veřejnou podporu 

1,16% 
114 689,50 
0,03% 
03. Pravidla pro projekty generující příjmy 
11 
1,60% 
1 155 741,76 
0,30% 
04. Účetnictví 
11 
1,60% 
1 674 752,00 
0,43% 
05. Neodůvodněný/ nezpůsobilý výdaj 
77 
11,21% 
77 686 912,02 
19,90% 
06. Publicita 

0,73% 
6 000,00 
0,00% 
29/39 
 

Počet 
Relativní 
Finanční dopad 
Finanční 
Oblast porušení 
zjištění 
počet v % 
v Kč 
dopad v % 
07. Chybějící, neúplné dokumenty 
46 
6,70% 
427 302,27 
0,11% 
08. Pracovní smlouvy, pracovní výkazy, mzdy, platy 
32 
4,66% 
4 943 853,24 
1,27% 
09. Neplnění monitorovacích ukazatelů – indikátorů  

0,73% 
0,00 
0,00% 
10. Nedodržení termínů (např. výzvy) 

0,44% 
0,00 
0,00% 
11. Archivace (plnění povinnosti uchovávat dokumentaci 

1,02% 
0,00 
0,00% 
související s realizací projektu) 
12. Pravidla 3E 


0,73% 
1 803 205,65 
0,46% 
13. Trestný čin - podezření 

0,44% 
8 651 394,84 
2,22% 
14. Kontrolní činnost (např. nedostatečná řídící kontrola) 
26 
3,78% 
1 395 443,11 
0,36% 
16. Ostatní 
29 
4,22% 
5 119 566,86 
1,31% 
Celkem 
687 
100,00% 
390 425 618,58 
100,00% 
Zdroj: Informační systém Auditního orgánu  
b) 
Další operační programy Přeshraniční spolupráce („OPPS“) a nadnárodní spolupráce 
V rámci  další  auditní  činnosti  byly  rovněž  auditovány  i  další  4  OP,  resp.  3  OP  Přeshraniční 
spolupráce  (Svobodný  stát  Bavorsko–ČR,  Rakousko–ČR,  Svobodný  stát  Sasko–ČR  a  Slovenská 
republika–Česká  republika1),  jejichž  Řídící  i  Auditní  orgány  jsou  v partnerském  členském  státu. 
V souladu s plány přeshraničních partnerů v rámci OP PHS bylo AO provedeno 48 auditů, jejichž počet 
v jednotlivých programech je uveden v Tabulce 16.  
Tabulka 16: Počet auditů v ostatních OP PHS 
HRANICE 
POČET AUDITŮ OPERACE 
AUDIT SYSTÉMU 
Bavorsko 
13 
--- 
Rakousko 
17 
--- 
Sasko 
18 
--- 
Slovensko 

--- 
CELKEM 
48 
--- 
Zdroj: Evidence auditů oddělení 5202 
Počet zjištění s finančním dopadem a bez finančního dopadu je uveden v Tabulce 17. 
Tabulka 17: Počet zjištění v ostatních OP PHS 
Počet zjištění s finančním 
Počet zjištění bez 
HRANICE 
dopadem 
finančního dopadu 
Bavorsko 


Rakousko 


Sasko 


Slovensko 


                                                           
1 Z důvodu pozastavené certifikace  výdajů v letech 2015/2016 nebyly provedeny žádné audity operací, které 
proto budou následně vykonány v roce 2017.  
30/39 
 

CELKEM 
21 
17 
Zdroj: Evidence auditů oddělení 5202 
Počet  zjištění  v rámci  Programu  nadnárodní  spolupráce  CENTRAL  EUROPE  s finančním 
dopadem a bez finančního dopadu je uveden v Tabulce 18. 
Tabulka 18: Počet zjištění v ostatních OP PHS 
Počet zjištění s finančním 
Počet zjištění bez 
OPERAČNÍ PROGRAM NADNÁRODNÍ SPOLUPRÁCE 
dopadem 
finančního dopadu 
CENTRAL EUROPE 


Zdroj: Evidence auditů oddělení 5202 
V  rámci  Programu  nadnárodní  spolupráce  CENTRAL  EUROPE  byly  audity  provedeny  rovněž 
auditory EY: 
Tabulka 19: Audity provedené auditory EY Programu nadnárodní spolupráce CENTRAL EUROPE 
Projekt 
Termín 
Místo auditu 
Subjekt 
Statutární město Brno 
TROLLEY 
2. 5. 2016 
Kounicova 67, Brno 
Centrum dopravního výzkumu, v.v.i. 
Central MeetBike 
3. 5. 2016 
Líšeňská 2657/33a, Brno-
Líšeň 
Evropská rozvojová agentura, s.r.o. 
CENILS 
17. 5. 2016 
Hradčanská office center, 
Praha 
Zdroj: Evidence auditů oddělení 5202 
Ke všem auditům výše uvedených projektů financovaných z OP Central Europe byly přizvány 
zástupkyně MF AO. 
c) 
Návrh na zahájení trestního řízení 
Prostřednictvím odboru Legislativa a právní služby MF ČR bylo z AO v roce 2016 podáno 5 návrhů na 
zahájení trestního řízení: 
  ETC CZ-PL/2016/O/008, rozpočet projektu cca 130 tisíc EUR (Operační program přeshraniční 
pomoci Česko–Polsko i Operační program Životní prostředí), 
  OPVK/2016/O/004,  finanční  dopad  8  989  068,84  Kč  (Operační  program  Vzdělávání  pro 
konkurenceschopnost), 
  OPVK/2016/O/016,  finanční  dopad  3  535  162,13  Kč  (Operační  program  Vzdělávání  pro 
konkurenceschopnost), 
  ROPJV/2016/O/013, finanční dopad 2 294 750 Kč (Regionální operační program Jihovýchod),  
OPPI/2016/O/032, finanční dopad 18 768 000,00 Kč (Operační program Podnikání a inovace). 
d) 
Audity designace OP pro období 2014–2020 
V  roce  2016  byly  dokončeny  všechny  audity  designace  (dále  také  AD)  OP  pro  programové 
období 2014–2020, kromě Operačního programu Rybářství. Pozitivní výsledek AD OP, AD PCO a AD 
MS2014+ (což je označení pro MS pro Evropské strukturální a investiční fondy na nové programové 
období, který je spravovaný MMR) je nezbytnou podmínkou provádění plateb z EK do ČR pro každý 
31/39 
 

OP.  Z tohoto  důvodu  jsou  AD  PCO  a  AD  MS2014+  kritickým  místem  pro  všechny  OP.  Stav  AD 
k 31. 12. 2016 je uveden v Tabulce 20. 
Tabulka 20: Stavy auditů designace – stav k 31. 12. 2016 
Ukončení 
Výrok 
Stav 
Datum 
Omezení rozsahu/poznámka 
Předmět auditu 
auditu 
auditora 
určení 
určení 
Monitorovací systém 
17. 6. 2016 
Bez výhrad 
Určen 
NR 
Bez omezení 
MS2014+ 
Platební a certifikační 
30. 5. 2016 
Bez výhrad 
Určen 
NR 
Bez omezení 
orgán 
OP Zaměstnanost 
6. 6. 2016 
Bez výhrad 
Určen 
8. 7. 2016 
Omezení v oblasti finančních 
nástrojů 
OP Doprava 
29. 6. 2016 
Bez výhrad 
Určen 
18. 7. 2016 
Omezení v oblasti ITI a 
finančních nástrojů  
OP Životní prostředí 
29. 6. 2016 
Bez výhrad 
Určen 
18. 7. 2016 
Omezení v oblasti ITI, 
finančních nástrojů a 
zjednodušeného vykazování 
Integrovaný regionální 
18. 7. 2016 
Bez výhrad 
Určen 
23. 8. 2016 
Omezení v oblasti ITI a 
OP 
finančních nástrojů  
OP Praha - pól růstu ČR 
22. 7. 2016 
Bez výhrad 
Určen 
5. 8. 2016 
Omezení v oblasti ITI, 
finančních nástrojů a 
zjednodušeného vykazování 
OP Podnikání a inovace 
11. 8. 2016 
Bez výhrad 
Určen 
24. 8. 2016 
Omezení v oblasti ITI a 
pro 
finančních nástrojů  
konkurenceschopnost 
OP Výzkum, vývoj a 
11. 8. 2016 
Bez výhrad 
Určen 
24. 8. 2016 
Omezení v oblasti ITI 
vzdělávání 
OP Technická pomoc 
2. 9. 2016 
Bez výhrad 
Určen 
27. 9. 2016 
Bez omezení 
Interreg V-A ČR – Polsko 
13. 9. 2016 
Bez výhrad 
Určen 
1. 11. 2016 
Bez omezení 
OP Rybářství 
NR 
NR 
Neurčen 

Plněn akční plán k odstranění 
závažných nedostatků 
FM a FN 
14. 6. 2016 
S výhradou 
Určen 
NR 
 
Zdroj: informace z odboru Auditního orgánu 
e) 
Audity pro období 2014–2020 
V  roce  2016  byly  dokončeny  všechny  audity  pro  Operační  program  Zaměstnanost  (audit 
systému, audit operace a audit účetní závěrky). Závěrem těchto auditů byl výrok bez výhrad zaslaný 
EK  14.  2.  2017.  Za  ostatní  operační  programy  nebyly  audity  operací  ani  audity  účetní  závěrky 
realizovány,  a  to  z důvodu,  že  za  účetní  období  1.  7.  2015  –  30.  6.  2016  nebyla  provedena  kladná 
certifikace  a  nebyly  odeslány žádosti  do Evropské komise. První řádná auditní činnost  bude  za tyto 
ostatní operační programy provedena až v roce 2017. 
 
 
32/39 
 

5.2  Veřejnosprávní kontrola a audit ostatních prostředků ze zahraničí 
prováděné AO 
a) 
Obecný program Solidarita a řízení migračních toků 
Programové období 20072013 
Na základě provedené auditní činnosti byl v rámci hodnocení Ročního programu 2013 vydán výrok, že 
řídící kontrolní systémy zřízené pro Obecný program Solidarita a řízení migračních toků byly v souladu 
s platnými požadavky základních právních aktů pro: 
  Evropský  fond  pro  integraci  státních  příslušníků  třetích  zemí  –  čl.  28  rozhodnutí  Rady 
č. 2007/435/ES, 
  Evropský návratový fond – čl. 30 rozhodnutí Evropského parlamentu a Rady č. 575/2007/ES, 
  Evropský uprchlický fond – čl. 30 rozhodnutí Evropského parlamentu a Rady č. 73/2007/ES, 
  Fond pro vnější hranice – čl. 32 rozhodnutí  Evropského parlamentu a Rady č. 574/2007/ES 
(dále použitá zkratka FVH) 
a fungovaly účinně a poskytly tak přiměřenou jistotu, že související transakce jsou legální a správné, 
s výjimkou následujících aspektů: 
u Odpovědného orgánu byly identifikovány nedostatky se střední a vysokou mírou závažnosti, a to: 
• 
nerovný přístup při výběru projektů 
• 
nedostatečná  kontrolní  činnost  před  a  v  průběhu  realizace  projektů,  monitorování 
nesrovnalostí a předcházení jejich vzniku, 
• 
řízení rizik a oddělení neslučitelných funkcí v rámci OO,  
u Certifikačního orgánu byly identifikovány nedostatky se střední a vysokou mírou závažnosti, a to: 
• 
nedostatečně zpracované metodické postupy pro výkon své činnosti, 
• 
nedostatečně zajištěná auditní stopa, 
• 
organizační zařazení v rozporu s legislativou ČR, zákon č. 320/2001 Sb. a finanční nařízení 
966/2012. 
Na  základě  výsledků  auditu  systému  byl  řídicí  kontrolní  systém  Obecného  programu  Solidarita 
a řízení  migračních  toků  klasifikován  v  kategorii  3  –  systém  funguje  částečně,  jsou  třeba  zásadní 
zlepšení.  
V  rámci  Ročního  programu  2013  byl  v  roce  2016  proveden  audit  systému  u  Certifikačního 
orgánu,  na  základě  kterého  byly  identifikovány  nedostatky  se  střední  a  vysokou  mírou  závažnosti, 
a to: 
• 
nedostatečné postupy pro monitorování výsledků auditů a kontrol, 
• 
nedostatečné postupy pro monitorování nesrovnalostí a zpětného získávání neoprávněně 
vyplacených částek, 
• 
nedostatečné  postupy  pro  ověřování  zpráv  o  provedených  kontrolách  odpovědného 
orgánu se zaměřením na kontrolu veřejných zakázek, 
• 
nedostatečné postupy pro evidenci vykázaných částek Komisi, 
33/39 
 

• 
nedostatečné postupy pro řízení rizik. 
V roce 2016 byly dokončeny audity  operací projektů FVH 2013-03 a FVH 2013-04. U těchto 
projektů byly, na základě zpráv z auditů operací, vyčísleny finanční opravy ve výši 56 814 085,88 Kč, 
což  představuje  52,18  %  celkových  výdajů  ročního  programu  FVH  2013.  Důvodem  finanční  opravy 
byla pochybení spočívající zejména v nezákonném použití JŘBU v IT zakázkách. Z tohoto důvodu byl 
pro ověření platnosti žádosti o platbu Fondu pro vnější hranice vydán záporný výrok. S ohledem na 
výše uvedené skutečnosti byl za Roční program 2013 vydán výrok s výhradou. 
Programové období 2014–2020 
Na  základě  výzvy,  doručené  dne  2.  12.  2015,  byl  podle  čl.  26  odst.  3  nařízení  Evropského 
parlamentu  a  Rady  (EU)  č.  514/2014  proveden  u  Odpovědného  orgánu  audit  designace  s  cílem 
posoudit  existenci  a  soulad  nastavení  řídicího  a  kontrolního  systému  auditovaného  subjektu, 
respektive implementační struktury národních programů Azylový a migrační fond a Fond pro vnitřní 
bezpečnost.  Byly  identifikovány  nedostatky  s  nízkou  a  střední  mírou  závažnosti.  Zejména  se  jedná 
o riziko velmi  obsáhlého  Operačního manuálu  a  navazujících  pracovních  postupů  ve  vztahu  k  řízení 
a praktické  implementaci  národních  programů.  Na  základě  identifikovaných  nedostatků  byl  vydán 
závěr s výhradou. 
V roce 2016 byla zahájena auditní činnost pro ověření účetní závěrky. Na základě provedené 
auditní  činnosti  byl  pro  účetní  závěrku  vydán  výrok  bez  výhrad  –  účetní  závěrka  podává  věrný 
a poctivý obraz a výdaje Unie, o jejichž uhrazení byla Komise požádána, jsou legální a správné.  
V roce 2016/2017 byl proveden audit systému u Odpovědného orgánu. Bylo identifikováno 
celkem  10  zjištění,  z  toho  5  zjištění  s  vysokou  mírou  závažnosti,  4  zjištění  se  střední  mírou 
významnosti a 1 zjištění s nízkou mírou významnosti. Zjištění s vysokou mírou závažnosti jsou:  
• 
nedostatečně  nastavené  a  nedostatečně  prováděné  kontrolní  postupy  pro  ověřování 
a vykazování jednorázových částek souvisejících se znovu usídlením a relokací,  
• 
absence  postupů  výroční  a  závěrečné  zprávy  o  provádění  a  nedostatečně  nastavené 
postupy pro vypracování žádosti o platbu ročního zůstatku,  
• 
nastavení postupů pro předávání informací za účelem provádění auditů,  
• 
nedostatečně  nastavené  a  nedostatečně  prováděné  kontrolní  postupy  pro  ověřování 
monitorovacích ukazatelů vykazovaných do EK,  
• 
nedostatečně  nastavené  postupy  pro  sběr  agregovaných  monitorovacích  ukazatelů 
nutných pro vykazování do výroční zprávy o provádění NP.  
V  roce  2016/2017  byly  provedeny  2  audity  operace  v  rámci  AMIF.  Z  vykázaných  kontrol 
odpovědným orgánem (5 167 388,30 Kč) byly vybrány 2 projekty pro audit operací, v rámci nichž byly 
identifikovány  nezpůsobilé  výdaje  odpovědným  orgánem  a  auditním  orgánem  v celkové  výši 
19 149,28 Kč, což představuje chybovost ve výši 0,59%. 
b) 
Finanční mechanismy EHP/Norsko 2009 - 2014 („FM 2“) 
Na základě přezkoumání fungování řídicích a kontrolních systémů pro FM 2 v rámci Výroční 
kontrolní zprávy za rok 2016 bylo vydáno stanovisko bez výhrad. Podle tohoto výročního stanoviska 
byly  řídicí  a  kontrolní  systémy  zřízené  pro  účely  programu  FM  2  v  souladu  s  platnými  požadavky 
34/39 
 

článků  4  a  6  Nařízení  o  implementaci  finančních  mechanismu  EHP/Norska  2009–2014  a  fungovaly 
účinně,  a  poskytly  tak  přiměřenou  jistotu,  že  výkazy  výdajů  předložené  Kanceláři  finančních 
mechanismů jsou správné, a tudíž i přiměřenou jistotu, že související transakce jsou legální a řádné.  
V  roce  2016  byly  dokončeny  audity  systému  u  Zprostředkovatele  programu  CZ03  NROS 
a u Zprostředkovatele  programu  CZ07  Dům  zahraniční  spolupráce.  Na  základě  výsledků  auditů 
systému byl takto řídicí a kontrolní systém u: 
• 
Domu zahraniční spolupráce klasifikován v kategorii 1 – jsou třeba pouze malá zlepšení, 
• 
NROS klasifikován v kategorii 2 – jsou potřeba určitá zlepšení. 
V  roce  2016  bylo  provedeno  celkem  30  auditů  operací.  Z  uvedeného  počtu  bylo 
identifikováno  celkem  12  zjištění  u  9  operací.  Z  uvedeného  počtu  zjištění  je  5  s  nízkou  mírou 
závažnosti,  7  se  střední  mírou  závažnosti.  Auditována  byla  částka  81  186  298,45  Kč,  tj.  17,38  % 
z celkových certifikovaných výdajů. Z auditů operací vyplývá za dané období chybovost ve výši 0,45 %. 
Nejčastější a nejzávažnější zjištění při auditech operací byla identifikovaná zejména v těchto 
oblastech: 
  pravidla pro veřejné zakázky (63 % zjištění), 
  nedodržení termínů (15 % zjištění), 
  zásady 3E (15 % zjištění), 
  ostatní (7 % zjištění). 
5.3  Shrnutí 
V roce 2016 byly hlavní aktivity AO zaměřeny na výkon auditů operací a auditů systémů, v rámci 
kterých bylo prováděno i ověřování plnění opatření k nápravě z předchozích auditů systémů a proces 
uzavírání všech operačních programů za programové období 2007–2013. Na základě auditní činnosti 
provedené Auditním orgánem lze konstatovat: 
  zlepšení řídicích a kontrolních systémů jednotlivých operačních programů, 
  připravenost jednotlivých operačních programů na proces uzavírání, 
  aplikace adekvátních opatření k nápravě z předchozí auditní činnosti. 
Za  programové  období  2014–2020  byla  realizována  auditní  činnost  v omezeném  rozsahu 
s ohledem na stav implementace jednotlivých operačních programů. Kompletní auditní činnost byla 
provedena  pouze  pro  Operační  program  Zaměstnanost  a  programy  Solidarita  a  řízení  migračních 
toků. 
V průběhu roku 2016 EK a EÚD vykonaly několik kontrolních misí u některých OP a na základě 
těchto misí opakovaně konstatovaly problémy v oblasti administrace VZ, v oblasti osobních nákladů 
a vedení  účetnictví  u  příjemců  a  dále  konstatovaly  podstatné  zlepšení  činnosti  AO  oproti 
předcházejícím rokům. 
35/39 
 

6  Odbor Analýza a hlášení nesrovnalostí MF 
6.1  Odd. Centrální kontaktní bod AFCOS 
a) 
Spolupráce s Evropským úřadem pro boj proti podvodům (OLAF) 
V roce 2016 zasílal Centrální kontaktní bod sítě AFCOS (dále jen CKB AFCOS) prostřednictvím 
informačního systému IMS (Irregularities Management System – Systém řízení nesrovnalostí) hlášení 
případů  nesrovnalostí  zjištěných  v rámci  implementace  strukturálních  fondů,  Fondu  soudržnosti, 
fondů společné zemědělské politiky, Evropského rybářského fondu a předvstupních nástrojů PHARE 
Evropské  komisi  –  Evropskému  úřadu  pro  boj  proti  podvodům  (dále  jen  OLAF).  V souvislosti 
s programovým  obdobím  2004–2006  byly  v roce  2016  na  vnější  úrovni  nahlášeny  3  nové 
nesrovnalosti v celkové výši dotčené částky 711 861 . Pokud jde o programové období 2007–2013, 
bylo úřadu OLAF v roce 2016 zasláno celkem 503 nových hlášení nesrovnalostí v celkové výši dotčené 
částky  145 673  595  €.  V rámci  programového období  2014–2020  byla  úřadu  OLAF  nahlášena  jedna 
nesrovnalost s dotčenou částkou ve výši 13 780 . V souvislosti s předvstupními nástroji nebyla úřadu 
OLAF nahlášena žádná nová nesrovnalost. 
CKB AFCOS plní v České republice roli koordinační služby pro boj proti podvodům dle Nařízení 
Evropského  parlamentu  a  Rady  č.  883/2013.  Zabývá  se  pouze  administrativně-správní  oblastí.  Jako 
národní  partner  Evropského  úřadu  pro  boj  proti  podvodům  OLAF  napomáhá  účinné  spolupráci 
a výměně informací včetně informací operační povahy. CKB AFCOS též aktivně spolupracoval v oblasti 
vyžádání  dokumentace  k projektům  vyšetřovaným  zástupci  tohoto  úřadu.  V roce  2016  obdržel  CKB 
AFCOS  od  úřadu  OLAF  devět  oficiálních  žádostí  o  dokumentaci  či  specifické  podklady  k celkem  29 
projektům. V současné době stále ještě probíhá aktivní vyšetřování u 24 z nich, k pěti projektům úřad 
OLAF zaslal informaci o uzavření vyšetřování bez doporučení.  
b) 
Spolupráce s Evropskou komisí, Radou EU a DG 
Ministerstvo  financí  –  CKB  AFCOS  plní  na  základě  usnesení  vlády  České  republiky  č.  941  
ze  dne  20. července  2009  roli  styčného  místa  odpovědného  za  zasílání  informací  do  ústřední 
databáze  pro  vyloučení  v souladu  s nařízením  Komise  (ES,  Euroatom)  č.  1302/2008.  Postupem  dle 
tohoto nařízení předává CKB AFCOS informace o osobách pravomocně odsouzených za trestné činy 
poškozující  finanční  zájmy  Evropské  unie,  o  výsledku  trestního  stíhání  včetně  zahlazení  odsouzení  
za  trestné  činy.  V roce  2016  byly  CKB  AFCOS  nahlášeny  Evropské  komisi  (DG  BUDGET)  za  Českou 
republiku 3 případy pravomocných odsuzujících rozsudků. V prvním případě byl cizí státní příslušník 
odsouzen  pro  přečin  poškození  finančních  zájmů  EU  dle  ust. §  260  odst.  1  a  3  TrZ  a  pro  přečin 
dotačního  podvodu  dle  ust.  §  212  odst.  1  TrZ  k trestu  odnětí  svobody  a  peněžitému  trestu.  
Ve druhém případě byla obviněná odsouzena pro trestné činy poškození finančních zájmů dle § 260 
odst. 1 a 3 TrZ a dotačního podvodu podle § 212 odst. 1 a 4 TrZ k trestu odnětí svobody podmíněně 
odloženému  na  zkušební  dobu  v trvání  2  roků  a  náhradě  škody  Státnímu  zemědělskému 
intervenčnímu  fondu.  Ve  třetím  případě  byl odsouzený  uznán  vinným  pro  přečin  §  260  odst.  1  TrZ 
poškození  finančních  zájmů  EU  spáchaném  ve  formě  účastenství  a  pro  přečin  dotačního  podvodu 
podle § 212 odst. 1 TrZ ve formě účastenství. 
 
36/39 
 

c) 
Spolupráce na hlášení nesrovnalostí v rámci Finančních mechanismů EHP/Norsko 
Prostřednictvím  odboru  69  –  Analýza  a  hlášení  nesrovnalostí  Ministerstva  financí,  který 
v rámci implementace Finančních mechanismů EHP/Norsko vykonává pro programové období 2004–
2009  funkci  Národního  kontrolního  orgánu,  nebyla  v roce  2016  formou  pravidelných  čtvrtletních 
zpráv nahlášena Kanceláři finančních mechanismů žádná nová nesrovnalost.  
d) 
Spolupráce na hlášení nesrovnalostí v rámci Programu švýcarsko-české spolupráce 
Odbor 69 – Analýza a hlášení nesrovnalostí Ministerstva financí je jednou ze součástí Národní 
koordinační  jednotky  pro  Program  švýcarsko–české  spolupráce,  ve  které  plní  funkci  Národního 
kontrolního orgánu. V rámci tohoto programu, nebyla v roce 2016 detekována a nahlášena švýcarské 
ambasádě (Swiss Contribution Office) žádná nová nesrovnalost. 
Přehled nesrovnalostí postoupených Evropskému úřadu pro boj proti podvodům 
e) 
Předvstupní nástroje 
Prostřednictvím  CKB  AFCOS  v České  republice  nebyla  v roce  2016  úřadu  OLAF  nahlášena 
formou  pravidelných  čtvrtletních  zpráv  o  nesrovnalostech  zjištěných  v rámci  implementace 
předvstupních nástrojů žádná nová nesrovnalost. 
f) 
Strukturální fondy a Fond soudržnosti – programové období 2004–2006 
Za  oblast  strukturálních  fondů  a  Fondu  soudržnosti  v  programovém období  2004–2006  byla  za  rok 
2016  zaslána  úřadu  OLAF  celkem  3  nová2  hlášení  nesrovnalostí  v celkové  výši  711  861  ,  z čehož 
2 nesrovnalosti ve výši 142 893 € se týkaly strukturálních fondů. K Fondu soudržnosti se vztahovala 
1 nesrovnalost, a to ve výši 568 968 . U strukturálních fondů v programovém období 2004–2006 byl 
v roce 2016 na vnější  úrovni nahlášen za operační programy v gesci Ministerstva práce a sociálních 
věcí jeden případ nové nesrovnalosti ve výši dotčené částky 17 414 € a Ministerstvem zemědělství též 
jeden případ nové nesrovnalosti ve výši dotčené částky 125 479 €. V rámci Fondu soudržnosti zaslalo 
Ministerstvo  pro  místní  rozvoj  prostřednictvím  CKB  AFCOS  úřadu  OLAF  také  jeden  případ 
nesrovnalosti ve výši dotčené částky 568 968 €.  
Co  se  týká  typu  zjištění  u  nesrovnalostí  nahlášených  úřadu  OLAF  za  oblast  strukturálních 
fondů  a  Fondu  soudržnosti  v programovém  období  2004–2006  v roce  2016,  tak  u  strukturálních 
fondů se jednalo o porušení zákona č. 250/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech územních rozpočtů, 
u Fondu soudržnosti se jednalo o porušení zákona č. 40/2004 Sb., o zadávání veřejných zakázek. 
                                                           
2  Do  součtu  jsou  zahrnuty  nově  nahlášené  nesrovnalosti,  které  byly  v  roce  2016  uzavřeny  na  základě 
nepotvrzeného podezření. 
37/39 
 

g) 
Strukturální  fondy,  Fond  soudržnosti,  fondy  společné  zemědělské  politiky  a Evropský 
rybářský fond – programové období 2007–2013 

Za  oblast  strukturálních  fondů,  Fondu  soudržnosti,  fondů  společné  zemědělské  politiky 
a Evropského  rybářského  fondu  (programové  období  2007–2013)  bylo  za  rok  2016  úřadu  OLAF 
nahlášeno celkem 503 nových3 případů nesrovnalostí v celkové výši dotčené částky 145 673 598 €.  
Tabulka 21: Počet nových případů nesrovnalostí nahlášených OLAF v r. 2016  
VÝŠE DOTČENÉ ČÁSTKY 
NÁZEV FONDU 
POČET NESROVNALOSTÍ 
V € 
Fond solidarity 
74 
41 747 525 
Fond společné zemědělské politiky 
55 
3 585 851 
Evropský sociální fond 
121 
17 593 191 
Evropský fond regionálního rozvoje 
239 
82 560 264 
Evropský rybářský fond 
14 
186 767 
CELKEM 
503 
145 673 598 
Zdroj: Evidence oddělení 6901 
Z celkového  počtu  503  případů  nově  nahlášených  nesrovnalostí  na  vnější  úrovni 
v programovém období 2007–2013 bylo celkem 48 případů klasifikováno jako podezření na podvod 
3  případy  byly  klasifikovány  jako  spáchaný  podvod.  Ve  všech  třech  případech  se  jednalo 
o předložení zfalšované dokumentace. 
h) 
Strukturální  fondy,  Fond  soudržnosti  a  Evropský  námořní  a  rybářský  fond  –  programové 
období 2014–2020 

Za  oblast  strukturálních  fondů,  Fondu  soudržnosti  a  Evropského  námořního  a  rybářského 
fondu (programové období 2014–2020) byla za rok 2016 úřadu OLAF nahlášena jedna nesrovnalost 
v celkové výši dotčené částky 13 780 , a to Státním zemědělským intervenčním fondem.  
Nesrovnalosti zahrnuté do přehledů za rok 2016 v rámci všech tří programových období byly 
ke  konci  roku  stále  otevřené.  K dosažení  jejich  vyřešení  byly  jednotlivé  případy  předány  orgánům 
zodpovědným za následné administrativní nebo soudní postupy. 
6.2  Odd. Analýza nesrovnalostí 
Shrnutí závažných zjištění z vykonaných finančních kontrol (§ 22 zákona č. 320/2001 Sb.,  
o finanční kontrole ve veřejné správě ve znění pozdějších předpisů) 

                                                           
3  Do  součtu  jsou  zahrnuty  nově  nahlášené  nesrovnalosti,  které  byly  v  roce  2016  uzavřeny  na  základě 
nepotvrzeného podezření. 
38/39 
 

Závažnými zjištěními se rozumí nedodržení právního předpisu a/nebo nedodržování vnitřního 
předpisu  a/nebo  podezření  na  páchání  závažné  trestné  činnosti  a/nebo  podezření  na  porušení 
rozpočtové  kázně  s dopadem  od  300 000  Kč  a/nebo  nejasné  stanovení  pravomocí  s finančním 
dopadem.  
Zjištění,  na  jejichž  základě  kontrolní  orgán  oznámil  podle  zvláštního  právního  předpisu 
státnímu  zástupci  nebo  policejním  orgánům  skutečnosti  nasvědčující  tomu,  že  byl  spáchán  trestný 
čin,  byly  indikovány  v celkem  55  případech.  Podezření  na  spáchání  trestného  činu  bylo  spojeno 
zejména  s  porušením  pravidel  pro  veřejné  zakázky  (např.  střet  zájmů,  diskriminace,  zmanipulování 
předpokládané  hodnoty  veřejné  zakázky)  nebo  s  porušením  podmínek  pro  poskytnutí  dotace 
(nezajištění  udržitelnosti  projektu,  neoprávněné  použití  jiných  peněžních  prostředků  státu, 
nehospodárné nakládání s prostředky státu), apod.  
Zjištění  neoprávněného  použití,  zadržení,  ztráty  nebo  poškození  veřejných  prostředků 
z vykonaných finančních kontrol v hodnotě přesahující 300 000 Kč bylo indikováno ve 152 případech
a  to  zejména  v oblasti  porušení  zákona  č.  218/2000  Sb.,  o  rozpočtových  pravidlech  a o změně 
některých souvisejících zákonů, zákona č. 137/2006 Sb., o veřejných zakázkách, zákona č. 219/2000 
Sb.,  o  majetku  České  republiky  a  jejím  vystupování  v  právních  vztazích  a  zákona  č. 563/1991  Sb., 
o účetnictví.  Často  se  jednalo  o  závažné  porušení  několika  výše  uvedených  právních  předpisů 
současně.  
 
39/39