Toto je HTML verze žádosti o svobodnému přístupu k informacím 'Zprávy o výsledcích finančních kontrol'.

I I I .  
Ministerstvo financí   
 
 
 
 
 
 
 
Č. j.: MF-15027/2015/4701  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Z P R Á V A  
o výsledcích finančních kontrol ve veřejné správě za rok 2014  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Květen 2015 

 

 
O B S A H    
 
 
I. 
Úvod    
 
II. 
Finanční řízení a kontrola 
III. 
Veřejnosprávní kontroly hospodaření s veřejnými prostředky České republiky 
IV. 
Veřejnosprávní kontroly a audity finančních prostředků ze zahraničí 
V. 
Interní audit v orgánech veřejné správy 
VI. 
Ochrana proti podvodnému jednání, spolupráce s Evropským úřadem pro boj  
proti podvodům 
VII. 
Centrální harmonizace finanční kontroly ve veřejné správě 
VIII.  Souhrnné  zhodnocení  výsledků  finanční  kontroly  s návrhy  opatření  ke  zvýšení 
účinnosti finanční kontroly ve veřejné správě 
 
Příloha č. 1  Přehled závažných zjištění z vykonaných finančních kontrol 
Příloha č. 2  Přehled  výsledků  veřejnosprávních  kontrol  a  auditů  finančních  prostředků  ze 
zahraničí 
Příloha č. 3   Přehled  nesrovnalostí  postoupených  Evropskému  úřadu  pro  boj  proti 
podvodům 
Příloha č. 4   Přehled  výročních  kontrolních  zpráv  za  rok  2014  postoupených  Auditním 
orgánem  ČR  Evropské  komisi,  za  jednotlivé  operační  programy,  se 
stanoviskem o funkčnosti řídících a kontrolních systémů 
 

 

Seznam zkratek 
AO 
 
Auditní orgán 
CO 
 
Certifikační orgán 
ČMZRB 
 
Českomoravská záruční a rozvojová banka 
FÚ 
 
Finanční úřad 
GG 
 
Globální grant 
GFŘ 
 
Generální finanční ředitelství 
GŘC 
 
Generální ředitelství cel 
IS FKVS MKP 
Informační  systém  finanční  kontroly  ve  veřejné  správě,  modul 
koordinace plánování 
JŘBU 
Jednací řízení bez uveřejnění 
KP 
Klíčový požadavek 
NAS 
Nezávislý auditní subjekt 
NKM 
Národní kontaktní místo 
MFTK 
Metodika finančních toků 
MZ 
Monitorovací zpráva 
OFS 
Okresní finanční správa 
PCO 
Platební a certifikační orgán 
ŘKS 
Řídící kontrolní systém 
ŘO 
Řídící orgán 
SF a FS 
Strukturální fondy a Fond soudržnosti 
TED 
Informační systém Tenders Electronic Daily 
VKZ 
Výroční kontrolní zpráva 
VZ 
Veřejné zakázky 
ZD 
Zadávací dokumentace 
ZS 
Zprostředkující subjekt 
 
 
 
 
 
 

 

I. Úvod  
Zpráva o výsledcích finančních kontrol ve veřejné správě za rok 2014 (dále jen zpráva) je 
předložena  vládě  České  republiky  v souladu  s ustanovením  §  22  zákona  č.  320/2001  Sb., 
o finanční  kontrole  ve  veřejné  správě  a  o  změně  některých  zákonů  (o  finanční  kontrole),  ve 
znění  pozdějších  předpisů  a  v souladu  s usnesením  vlády  č.  1058/2014  ze  dne  15.  prosince 
2014 o Plánu nelegislativních úkolů vlády na 1. pololetí 2015. 
Předložená  zpráva  je  zpracována  v souladu  s vyhláškou  č.  416/2004  Sb.,  kterou  se  provádí 
zákon o finanční kontrole. Zpráva hodnotí výsledky jednotlivých součástí finanční kontroly, 
vyhodnocuje roční výsledky a účinnost systému finančního řízení a kontroly v odpovědnosti 
řídících  a  výkonných  struktur,  vyhodnocuje  výsledky  veřejnosprávních  kontrol  hospodaření 
s prostředky  veřejných  rozpočtů  České  republiky  a  veřejnosprávních  kontrol  a  auditů 
finančních  prostředků  ze  zahraničí.  Zpráva  současně  hodnotí  i  výsledky  účinnosti  interního 
auditu  v  orgánech  veřejné  správy,  ochranu  proti  podvodnému  jednání  a  podává  přehled 
o závažných  zjištěních  z  vykonaných  finančních  kontrol  a  centrální  harmonizace  finanční 
kontroly ve veřejné správě. 
 
Součástí zprávy je vyhodnocení plnění usnesení vlády České republiky č. 445/2014 ke 
Zprávě o výsledcích finančních kontrol ve veřejné správě za rok 2013, kterým bylo  členům 
vlády  a  vedoucím  ostatních  správních  úřadů  uloženo  zajistit  přijetí  opatření  ke  zvýšení 
účinnosti finančního řízení a kontroly v odpovědnosti řídících a výkonných struktur, interního 
auditu  a  veřejnosprávních  kontrol  při  prosazování  řádného  hospodaření  s  finančními 
prostředky a majetkem  orgánů státní správy;  zajistit zaměření  finanční  kontroly zejména na 
odhalování  podezření  nasvědčujícímu  tomu,  že  při  hospodaření  s  finančními  prostředky 
a majetkem  došlo  ke  spáchání  trestných  činů,  zajistit  zaměření  finančních  kontrol  na 
zjišťování  nedostatků  v  dodržování  zákona  č.  137/2006  Sb.,  o  veřejných  zakázkách  a  na 
porušování rozpočtové kázně podle zákona č. 218/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech. 
 
Hodnocení  výsledků  finančních  kontrol  uvedené  ve  zprávě  vychází  z  poznatků 
z jednotlivých zpráv o výsledcích finančních kontrol za rok 2014, které v souladu s § 22 odst. 
2 zákona č. 320/2001 Sb., o finanční kontrole předkládají Ministerstvu financí všichni správci 
kapitol  státního  rozpočtu,  všechny  kraje  včetně  hlavního  města  Prahy  a  všechny  regionální 
rady regionů soudržnosti. Roční zprávy správců kapitol státního rozpočtu zahrnují poznatky 
ze  zpráv  jimi  zřízených  orgánů  státní  správy.  Roční  zprávy  krajů  a  hlavního  města  Prahy 
zahrnují  poznatky  ze  zpráv  předložených  jimi  zřízenými  organizacemi,  statutárními  městy, 

 

městy,  městskými  částmi  a  obcemi.  Ve  zprávě  jsou  využity  i  zkušenosti  a  poznatky 
Ministerstva  financí  z  výkonu  činnosti  Auditního  orgánu,  z  jeho  metodické  a  koordinační 
činnosti  při  zajišťování  finančních  kontrol  prostředků  Evropské  unie  poskytnutých  České 
republice, podle ustanovení § 7 zákona č. 320/2001 Sb., o finanční kontrole. 
 
Zhodnocení  výsledků  finančních  kontrol  ve  veřejné  správě  za  rok  2014  provedlo 
prostřednictvím  Informačního  systému  finanční  kontroly  ve  veřejné  správě  celkem  11  229 
orgánů  veřejné  správy,  z  toho  592  orgánů  státní  správy,  10  630  orgánů  a  organizací 
v působnosti územních samosprávných celků a 7 regionálních rad regionů soudržnosti. 
 
II. 
Finanční řízení a kontrola 
 
Ve  všech  orgánech  veřejné  správy  se  v  průběhu  roku  2014  zpřesňovalo  a  formovalo 
kontrolní  prostředí  pro  zajištění  finančního  řízení  a  kontroly  v  odpovědnosti  vedoucích 
zaměstnanců  řídících  a  výkonných  struktur.  Ke  zkvalitnění  výkonu  finančního  řízení 
a kontroly  a  zvýšení  účinnosti  vnitřního  kontrolního  systému  přispělo  i  využití  poznatků 
z provedených  interních  auditů  a  veřejnosprávních  kontrol.  Do  finančního  řízení  a  kontroly 
byli  zejména  v  menších  městech  a  obcích  zapojeni  také  členové  finančních  a  kontrolních 
výborů zastupitelstev.  
 
Při zabezpečování finančního řízení a kontroly byla posílena role vnitřních předpisů, 
které  byly  ve  většině  případů  novelizovány.  Ve  většině  orgánů  veřejné  správy  byly 
novelizovány organizační řády, které upravují pravomoci vedoucích a ostatních zaměstnanců 
odpovědných  za  uskutečňování  veřejných  příjmů  a  výdajů,  podle  nově  nastavených 
organizačních struktur. Rozšířilo se používání ekonomických a dalších informačních systémů, 
případně se rozšiřovaly jejich stávající funkce. V souladu s usnesením vlády č. 445/2014 byl 
zprovozněn  informační  systém  pro  plánování  kontrol  použitelný  jak  pro  plánování 
veřejnosprávních kontrol národních prostředků, tak i pro řídící orgány pro plánování kontrol 
prostředků  Evropské  unie  poskytnutých  České  republice.  Používání  tohoto  systému  je  pro 
řídící orgány v programovém období 2014 – 2020 povinné. 
 
V  roce  2014  byly  vesměs  aktualizovány  systémy  řízení  rizik,  která  však  nemají 
jednotně nastavená kritéria. 
 
Výkon finančního řízení a kontroly v orgánech veřejné správy v odpovědnosti řídících  
a  výkonných  struktur  byl  ověřován  prováděnými  interními  audity  vnitřního  kontrolního 

 

systému.  
V  souladu  s  příslušnými  ustanoveními  zákona  č.  320/2001  Sb.,  o  finanční  kontrole  bylo  
u příspěvkových organizací zřízených orgány veřejné správy, u kterých není zavedený interní 
audit,  provedeno  ověřování  funkčnosti  vnitřního  kontrolního  systému  formou 
veřejnosprávních kontrol. 
 
V rámci  vykonávaných  veřejnosprávních  kontrol  a  interních  auditů  bylo  zjišťováno 
porušování  rozpočtové  kázně  podle  zákona  č.  218/2000  Sb.,  o  rozpočtových  pravidlech 
a zákona č. 250/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech územních rozpočtů. Nejčastější zjištění 
se týkala: 
-  neoprávněného  použití  nebo  zadržení  peněžních  prostředků  poskytnutých  ze  státního 
rozpočtu,  
-  porušování  zákona  č.  137/2006  Sb.,  o  veřejných  zakázkách  ve  znění  pozdějších 
předpisů,  
-  nesprávné použití poskytnutých finančních prostředků. 
 
V rámci  prověřování  vnitřního  kontrolního  systému  bylo  identifikováno  celkem  873 
porušení  v celkovém  objemu  324  mil.  Kč.,  na  jejichž  základě  příslušný  orgán  oznámil 
státnímu zástupci nebo policejnímu orgánu skutečnosti nasvědčující spáchání trestního činu. 
Oproti předchozím létům se jedná o vyšší počet podezření, oproti roku 2013 však s výrazně 
nižší částkou. Ve většině případů se jednalo o zjištění s nižší škodou jako např. neoprávněné 
čerpání dávek. 
ROK 
Počet zjištění 
Celkový objem v Kč 
2010 
435 
23 049 295 
2011 
443 
208 039 621 
2012 
809 
734 640 023 
2013 
822 
1 851 955 776 
2014 
873 
324 013 927 
 
 
Na  základě  doporučení  z  auditů  a  zjištěných  nedostatků  z  veřejnosprávních  kontrol, 
přijaly  auditované  a  kontrolované  osoby  konkrétní  opatření  k  nápravě  a  odstranění  těchto 
zjištěných nedostatků. Plnění přijatých opatření bude předmětem následných interních auditů 
a veřejnosprávních kontrol. 
 
 

 

 
V  souladu  s  usnesením  vlády  České  republiky  č.  445/2014  byly  interní  audity  
a  veřejnosprávní  kontroly  více  zaměřeny  na  odhalování  nedostatků  při  dodržování  zákona  
č.  137/2006  Sb.,  o  veřejných  zakázkách  a  na  porušování  zákona  č.  218/2000  Sb., 
o rozpočtových pravidlech. 
 
Nedostatky zjištěné provedenými interními audity a veřejnosprávními kontrolami dle 
výsledků  uvedených  ve  zprávách  orgánů  veřejné  správy  nebyly  takového  charakteru,  aby 
zásadním  způsobem  ovlivnily  výkon  finančního  řízení  a  funkčnost  nastaveného  vnitřního 
kontrolního systému. Nebyly zaznamenány pokusy kontrolovaných osob o ovlivnění průběhu 
kontroly nebo interního auditu. 
 
III.  Veřejnosprávní  kontroly  hospodaření  s  veřejnými  prostředky  České 
republiky 
 
Veřejnosprávní  kontroly  byly  v  roce  2014  zaměřeny  na  hospodaření  s  finančními 
prostředky a majetkem, na nastavený vnitřní kontrolní systém, v souladu s usnesením vlády 
České republiky č. 445/2014 na dodržování zákona č. 137/2006 Sb., o veřejných zakázkách, 
na dodržování zákona č. 563/1991 Sb., o účetnictví a na dodržování rozpočtových pravidel, tj. 
zákona č. 218/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech a zákona č. 250/2000 Sb., o rozpočtových 
pravidlech územních rozpočtů.  
 
V  rámci  veřejnosprávních  kontrol  hospodaření  s  veřejnými  příjmy  a  výdaji  bylo 
zkontrolováno  celkem  183.582  mil.  Kč  veřejných  příjmů  z celkového  objemu  463.038  mil. 
Kč,  což  činí  39,65  %  z  celkového  objemu  veřejných  příjmů  kontrolovaných  subjektů 
a 240.094  mil.  Kč  veřejných  výdajů  z celkového  objemu  597.607  mil.  Kč,  tj.  40,18  % 
z celkového objemu veřejných výdajů kontrolovaných subjektů.  
 
Zkontrolovaný  objem  veřejných  příjmů  i  výdajů  oproti  předchozím  létům  roste, 
u příjmu  vzrostl  oproti  roku  2013  o  cca  6,4  %  a  u  veřejných  výdajů  dokonce  o  cca  17  %. 
Výrazně vzrostl  i  počet  ukončených  řízení  o odnětí dotace,  a to  zhruba o 80 % oproti roku 
2013. 
 
 
 

 

Příjmy v mil. Kč 
Výdaje v mil. Kč 
Ukončená řízení o 
Rok 
odnětí dotace   
celkem 
kontrolované 

celkem 
kontrolované 

počet 
tis. Kč 
2010 
220 298 
82 291  37,35 
655 041 
159 139  24,29 
102723 
100 786 
2011 
248 534 
74 148  29,83 
423 340 
135 536  32,02 
49792 
7 546 
2012 
229 476 
79 981  34,85 
407 116 
121 790  29,92 
52038 
59 661 
2013 
253 967 
84 461  33,26 
512 173 
118 089  23,06 
79678 
28030 
2014 
463 038 
183 582  39,65 
597 607 
240 094  40,18 
143343 
453 125 
 
 
Většina ukončených řízení se týkala orgánů a organizací územní samosprávy, celkem 
143 324 případů s objemem 453 110 tis. Kč. 
 
Na  základě  veřejnosprávních  kontrol  bylo  státnímu  zástupci  nebo  policii  podáno 
oznámení o skutečnostech nasvědčujících spáchání trestného činu ve 30 případech s celkovým 
objemem  99.825.401  Kč.  Oproti  roku  2013  se  jedná  o  stejný  počet,  avšak  objem  škody  je 
vyšší o cca 200%. 
ROK 
Počet zjištění 
Celkový objem v Kč 
2010 
29 
42 111 736 
2011 
40 
198 897 050 
2012 
37 
41 603 324 
2013 
30 
31 809 856 
2014 
30 
99 825 401 
 
 
Porušení  zákona  č.  218/2000  Sb.,  o  rozpočtových  pravidlech  bylo  identifikováno  a 
předáno  k dalšímu  řízení  místně  příslušnému  správci  daně  při  provádění  veřejnosprávních 
kontrol v celkovém počtu 546 případu s objemem 6.407 mil. Kč. Srovnání s předchozími roky 
je v následující tabulce: 
ROK 
Počet porušení 
Celkový objem v Kč 
2010 
591 
480 948 265 
2011 
252 
353 198 320 
2012 
438 
2 368 021 640 
2013 
686 
641 353 016 
2014 
546 
6 406 965 589 
 
 
 
Na  základě  zjištění  z veřejnosprávních  kontrol  o  porušení  jiných  právních  předpisů 
(převážně  zákona  č.  137/2006  Sb.,  o  veřejných  zakázkách,  zákona  č.  250/2000  Sb., 

 

o rozpočtových pravidlech územních rozpočtů, zákona č. 563/1991  Sb., o účetnictví, zákona 
č.  262/2006  Sb.,  zákoník  práce,  ale  i  zákona  č.  101/2000  Sb.,  na  ochranu  osobních  údajů 
a správní  delikty  podle  zákona  č.  500/2004  Sb.,  správní  řád)  bylo  v roce  2014  předáno 
k dalšímu řízení k tomu příslušným orgánům celkem 165 případů s objemem cca 361 mil. Kč. 
 
ROK 
Počet porušení 
Celkový objem v Kč 
2010 
165 
149 578 843 
2011 
192 
483 984 618 
2012 
174 
1 370 345 988 
2013 
129 
462 707 972 
2014 
165 
360 780 603 
 
Hlavními nedostatky zjišťovanými v rámci prováděných veřejnosprávních kontrol bylo: 
-  porušování  zásad  řádné  správy  a  ochrany  majetku  předaného  k hospodaření 
příspěvkovým organizacím, 
-  nedostatky  v účinnosti  nastaveného  vnitřního  kontrolního  systému  u  příspěvkových 
organizací, 
-  uzavírání smluv bez předchozího souhlasu zřizovatele, 
-  nedodržování zákona o účetnictví (časové rozlišení, oddělené sledování poskytnutých 
účelových dotací, použití nesprávných účetních metod, atd.), 
-  porušování  zákona  č.  137/2006  Sb.,  o  veřejných  zakázkách  (porušování  pravidel  pro 
zadávání  veřejných  zakázek,  rozdělování  veřejných  zakázek,  porušování  pravidel 
transparentnosti,  nediskriminace  a  rovného  zacházení,  uzavírání  smluv  bez 
výběrového řízení, atd.). 
 
IV.  Veřejnosprávní kontroly a audity finančních prostředků ze zahraničí 
IV.  A  Veřejnosprávní  kontrola  a  audit  strukturálních  fondů,  Fondu  soudržnosti 
a Evropského rybářského fondu  
Ministerstvo  financí,  jako  ústřední  orgán  státní  správy  pro  finanční  kontrolu, 
metodicky řídí, koordinuje a zajišťuje veškeré činnosti, které pro Českou republiku vyplývají 
ze zajištění  sdílené  odpovědnosti  za  správu  fondů  Evropské  unie  (dále  jen  „EU“),  které 
mj. zahrnují  výkon  finanční  kontroly  v  rámci  schválených  operačních  programů  a  projektů 
spolufinancovaných z fondů EU. Základním východiskem pro vydávání dílčích metodických 

 

pokynů, konzultovaných s příslušnými orgány Evropské komise, jsou platné právní předpisy 
České republiky a EU. 
 
Celkové shrnutí – Auditní orgán Ministerstva financí  
           V programovém období 2007-2013 byly hlavní aktivity zaměřeny jak na výkon auditu 
operací (výběr vzorku pro rok 2014, resp. jeho postup byl opět konzultován s EK), tak i na 
důsledné  posouzení  fungování  řídících  a  kontrolních  systémů  jednotlivých  operačních 
programů  na  základě  vykonaných  auditů  systémů  v roce  2014.  Byly  ověřovány  klíčové 
požadavky/hodnotící  kritéria  na  úrovni  řídicích  orgánů  a zprostředkujících  subjektů, 
Platebního a certifikačního orgánu. Současně bylo ověřováno plnění opatření k nápravě, které 
bylo identifikováno v předchozích auditech systémů. Celkově lze shrnout za odeslané výroční 
kontrolní  zprávy  za  rok  2014,  že  zde  došlo  k významnému  snížení  chybovosti  oproti  roku 
2013,  9  operačních  programů  identifikovalo  chybovost  pod  2 %,  7  operačních  programů 
chybovost mezi  2-5 %, 2 operační  programy nad  5 % a 1 operační  program  byl  neauditován 
z důvodu  pozastavení  certifikace.  Výsledky  auditní  činnost  v roce  2014  se  promítají  do 
auditní činnosti roku 2015. 
V průběhu roku byly aktualizovány řídící a kontrolní systémy jednotlivých operačních 
programů, které byly ověřovány v auditech systému prováděných od 2. pololetí 2014, jejichž 
výsledky budou k dispozici ve výročních kontrolních zprávách (VKZ) za rok 2015. Na úrovni 
Auditního  orgánu  (AO)  došlo  rovněž  k aktualizaci  metodiky  AO  a  dalších  relevantních 
dokumentů. Auditní orgán na MF od 1. dubna 2014 provedl změnu ve svém vedení, novým 
ředitelem  byl  jmenován  PhDr.  Evžen  Mrázek.  K 1.  prosinci  2014  bylo  schváleno  nové 
organizační  schéma.  Auditní  orgán  má  nyní  5  oddělení  a  nové  nastavení  pozic  v procesu 
auditního postupu. 
Na úrovni AO byly v roce 2014 zahájeny přípravy pro auditní činnost pro programové 
období 2014 – 2020. AO byl určen na základě usnesení vlády ČR č. 612 ze dne 21. července 
2014  jako  nezávislý  auditní  subjekt  (NAS)  pro  programové  období  2014-2020  zajišťující 
vypracování  zprávy  a  stanoviska,  na  základě  kterých  bude  provedeno  určení  řídících  a 
certifikačních orgánů.  
Základním cílem Auditního orgánu na začátku nového programového období 2014  – 
2020  je  posoudit  připravenost  řídících  orgánů  a  certifikačního  orgánu,  zejména  ověřit  a 
zajistit, že tyto instituce mají nastaveny odpovídající řídící kontrolní systémy.  
10 
 

V průběhu  roku  proběhlo  ze  strany  EK  několik  auditních  misí  na  ověření  řídících 
a kontrolních systémů jak na úrovni řídících orgánů, tak i auditního orgánu, na které bylo ze 
strany  členského  státu  adekvátním  způsobem  reagováno  (přijaty  případné  plošné  korekce 
v případě  identifikace  významných  nedostatků  –  OP  PA,  OP  PI,  ROP  SČ;  úpravou  řídícího 
a kontrolního  systému  nebo  individuální  opravou  zjištěných  nedostatků).  Na  základě 
provedených  auditů  bylo  ze  strany  Evropské  komise  konstatováno  naplnění  globálního 
akčního  plánu  přijatého  v důsledku  identifikovaných  systémových  problémů  v roce  2012, 
přičemž dílčí oblasti jsou z úrovně EK i nadále sledovány (viz dále). 
 
Programové období  2007 – 2013  
 
Ministerstvo financí zastává roli Auditního orgánu prostředků pomoci Evropské unie 
poskytnuté  České  republice  v rámci  strukturálních  fondů,  Fondu  soudržnosti  a  Evropského 
rybářského fondu.  
Pro programové období 2007 - 2013 byly hlavní aktivity Auditního orgánu zaměřeny 
jak  na  audity  operací  (především  oblast  veřejných  zakázek),  tak  i  na  posouzení  fungování 
řídících  a kontrolních  systémů  jednotlivých  operačních  programů  na  základě  provedených 
auditů systémů (především kontrolní činnost řídících orgánů/zprostředkujících subjektů).  
Auditní orgán vykonal, resp. zahájil v roce 2014  celkem 771 auditních akcí, z toho 
748  auditů  pokrývajících  jak  strukturální  fondy,  tak  i  Fond  soudržnosti  a  23  auditů 
u Evropského rybářského fondu.  
V roce 2014 byly hlavní aktivity zaměřeny na výkon auditů operací a auditů systémů. 
Ze  statistiky auditů  vyplývá,  že  704  auditních  akcí  se  týkalo  auditu  operací  a 63  auditů 
mělo formu  auditu systémů.  Kromě toho  proběhla 4 auditní  šetření.  Zatímco audity operací 
byly  zaměřeny  na  ověření  vykázaných  výdajů,  např.  na  soulad  realizace  operací  s právními 
předpisy Evropské unie a České republiky a s pravidly publicity, na přiměřenost audit trailu, 
naplnění  příslušných  monitorovacích  ukazatelů  apod.,  audity  systémů  byly  zaměřeny 
především  na  posouzení  funkčnosti  stávajících  řídících  a kontrolních  systémů  nastavených 
příslušnými řídícími orgány/zprostředkujícími subjekty. 
Komentář:  tabulky  níže  vyjadřují  srovnání  roků  2013  a  2014  z hlediska  celkového 
počtu vykonaných auditů, které jsou dále rozlišeny na audity systému, audity operací a auditní 
šetření (audity realizované z podnětu Evropské komise). 
 
11 
 

Rok 2013
Název OP
Celkem počet auditů
Z toho auditů systému:
Z toho auditů operací:
Z toho auditních šetření:
Integrovaný operační program
79
7
72
0
OP Doprava
4
1
3
0
OP Lidské zdroje a zaměstnanost
69
4
65
0
OP Podnikání a inovace
90
1
89
0
OP Praha Adaptabilita
39
1
38
0
OP Praha Konkurenceschopnost
13
1
12
0
OP Přeshraniční spolupráce ČR – Polsko
11
0
11
0
OP Rybářství
60
3
57
0
OP Technická pomoc
18
3
15
0
OP Výzkum a vývoj pro inovace
34
2
32
0
OP Vzdělávání pro konkurenceschopnost
77
4
73
0
OP Životní prostředí
8
1
7
0
ROP NUTS II Jihovýchod
34
1
33
0
ROP NUTS II Jihozápad
34
1
33
0
ROP NUTS II Moravskoslezsko
35
1
34
0
ROP NUTS II Severovýchod
2
1
1
0
ROP NUTS II Severozápad
4
1
3
0
ROP NUTS II Střední Čechy
66
1
65
0
ROP NUTS II Střední Morava
43
1
42
0
Celkem
720
35
685
0
 
 
Rok 2014
Název OP
Celkem počet auditů
Z toho auditů systému:
Z toho auditů operací:
Z toho auditních šetření:
Integrovaný operační program
90
4
85
1
OP Doprava
28
2
26
0
OP Lidské zdroje a zaměstnanost
73
4
69
0
OP Podnikání a inovace
61
4
54
3
OP Praha Adaptabilita
38
2
36
0
OP Praha Konkurenceschopnost
26
3
23
0
OP Přeshraniční spolupráce ČR – Polsko
12
1
11
0
OP Rybářství
22
2
20
0
OP Technická pomoc
26
8
18
0
OP Výzkum a vývoj pro inovace
33
3
30
0
OP Vzdělávání pro konkurenceschopnost
69
5
64
0
OP Životní prostředí
34
3
31
0
ROP NUTS II Jihovýchod
28
3
25
0
ROP NUTS II Jihozápad
40
3
37
0
ROP NUTS II Moravskoslezsko
39
4
35
0
ROP NUTS II Severovýchod
35
3
32
0
ROP NUTS II Severozápad
34
3
31
0
ROP NUTS II Střední Čechy
36
3
33
0
ROP NUTS II Střední Morava
47
3
44
0
Celkem
771
63
704
4
 
 
V prosinci roku 2014 byly Auditním orgánem postoupeny Evropské komisi jednotlivé 
výroční  kontrolní  zprávy  za  rok  2014  (období  1.  červenec  2013  -  30.  červen  2014) 
se stanoviskem o funkčnosti řídících a kontrolních systémů příslušných operačních programů.  
12 
 

Stanovisko  bez  výhrad  bylo  vydáno  u  5  operačních  programů  z 19  operačních 
programů  (Operační  program  Technická  pomoc,  Operační  program  přeshraniční  spolupráce 
Česká  republika  –  Polská  republika,  Operační  program  Praha  –  Adaptabilita,  Operační 
program Lidské zdroje a zaměstnanost, Regionální operační program Jihovýchod). 
Stanovisko  s  výhradou  bylo  vydáno  pro  14  operačních  programů  z  19  operačních 
programů  (Operační  program  Podnikání  a  inovace,  Operační  program  Doprava,  Operační 
program  Životní  prostředí,  Operační  program  výzkum  a  vývoj  pro  inovace,  Integrovaný 
operační  program,  Operační  program  Vzdělávání  pro  konkurenceschopnost,  Operační 
program  Praha  -  Konkurenceschopnost,  Regionální  operační  program  Moravskoslezsko, 
Regionální  operační  program  Střední  Čechy,  Regionální  operační  program  Severovýchod, 
Regionální  operační  program  Jihozápad,  Regionální  operační  program  Severozápad, 
Regionální operační program Severovýchod, Operační program Rybářství). 
Stanovisko  s výhradou  bylo  konstatováno  s ohledem  na  i  nadále  nedostatečnou 
funkčnost  ŘKS  (závěry  auditů  systémů,  vysoká  chybovost)  příslušných  OP,  zejména 
přetrvává  negativní  hodnocení  oblasti  administrace  veřejných  zakázek  u  projektů 
a identifikace nezpůsobilých výdajů. Na základě provedené auditní činnosti AO řídící orgány 
přijímají  k auditům  systému  akční  plány,  které  podchycují  kroky  k eliminaci  nedostatků 
a reagují  na  doporučení  auditu,  včetně  kroků  ke  snížení  chybovosti  operací  pod  přípustnou 
úroveň (2%). 
 
Informace  o  provedených  auditech  systému  horizontálních  oblastí  (týkajících  více 
operačních programů)   
Audit  č.  AO/2014/S/03  „Audit  činnosti  Generálního  finančního  ředitelství 
a Finančních úřadů v rámci řídicích a kontrolních systémů strukturálních fondů“ 
Cílem horizontálního auditu systému č. AO/2014/S/03 „Audit činnosti Generálního 
finančního  ředitelství  a  Finančních  úřadů  v rámci  řídicích  a  kontrolních  systémů 
strukturálních  fondů“  bylo  ověřit  efektivitu  fungování  Generálního  finančního  ředitelství 
a dalších  orgánů  finanční  správy  v  rámci  implementační  struktury  operačních  programů 
programového  období  2007 – 2013  (na  základě  ustanovení  Metodiky  finančních  toků 
a kontroly  programů  spolufinancovaných  ze  strukturálních  fondů,  Fondu  soudržnosti 
a Evropského  rybářského  fondu  na  programové  období  2007-2013,  GFŘ  a  OFS  v  rámci 
implementační  struktury  operačních  programů  EU  vykonávají  činnosti  ve  věci  porušení 
rozpočtové kázně podle zákona č. 218/2000 Sb. a zákona č. 280/2009 Sb.). 
13 
 

V  průběhu  auditu  bylo  identifikováno  celkem  8  zjištění,  z toho  4  zjištění  s vysokou 
mírou  závažnosti  (nedostatečný  přenos  informací  mezi  OFS  a  poskytovateli  dotací, 
nedostatečné proškolení  zaměstnanců, odlišnosti  mezi  závěry daňových kontrol a podněty a 
nedodržení  lhůt  stanovených  pokyny  MFTK  a  GFŘ),  1  zjištění  se střední  mírou  závažnosti 
(překročení  lhůty  při  výkonu  daňové  kontroly  při  společném  šetření  jinými  kontrolními 
orgány – ÚOHS, NKÚ, EÚD atd.) a 3 zjištění s nízkou mírou závažnosti.  
Byly zjištěny nedostatky, které vedly nebo by mohly vést k zatížení státního rozpočtu. 
Ve  vztahu  ke  zjištěným  nedostatkům  byla  OFS  bezprostředně  po  ukončení  auditu  přijata 
nápravná opatření, která nedostatky podstatným způsobem eliminují a auditním orgánem byla 
vyhodnocena jako adekvátní. Vzhledem k přijatým opatřením ze strany České republiky není 
přímý  negativní  dopad  na  hodnocení  řídícího  kontrolního  systému  zmíněných  operačních 
programů  z  důvodu  rozdílného  hodnocení  nesrovnalosti  ze  strany  Auditního  orgánu  nebo 
Řídícího orgánu na jedné straně a orgány finanční správy na straně druhé.  
Cílem  dalšího  auditu  systému  s názvem  „Audit  činnosti  odboru  12  Ministerstva 
financí  v  rámci  řídících  a  kontrolních  systémů  strukturálních  fondů“  č.  AO/2014/S/04 
(týká  se  regionálních  operačních  programů,  OP  Praha  Adaptabilita,  OP  Praha 
Konkurenceschopnost,  OP  Vzdělávání  pro  konkurenceschopnost)  bylo  ověřit  účinné 
fungování řídícího a kontrolního systému Ministerstva financí - odboru 12 a prověřit soulad 
s požadavky použitelného právního rámce pro programové období 2007-2013. 
Během  auditu  bylo  identifikováno  1  zjištění  s  vysokou  mírou  závažnosti.  Zjištěný 
nedostatek  se  týká  nedodržování  nastavených  lhůt  pro  vyřizování  odvolání  z  důvodu 
nedostatečného  zabezpečení  činnosti  odvolacího  orgánu  v oblasti  administrativní  kapacity. 
Nedostatek může mít vliv na reálné nevyužití finančních prostředků u jednotlivých operačních 
programů. 
Cílem  auditu  systému  číslo  AO/2014/AS/02  „Audit  činnosti  Platebního 
a certifikačního  orgánu“  bylo  ověřit  účinné  fungování  řídícího  a  kontrolního  systému 
jednotlivých  operačních  programů  u  auditovaného  subjektu,  Odboru  55  –  Národní  fond, 
vykonávajícího funkci Platebního a certifikačního orgánu (dále také „PCO“) a prověřit soulad 
s požadavky použitelného právního rámce pro programové období 2007-2013. 
Celkové hodnocení bylo v Kategorii 2 -  Systém funguje, ale jsou třeba určitá zlepšení. 
Auditorský  tým  doporučil  provést  zlepšení  v následujících  oblastech:  metodické 
ošetření  využívání  tzv.  „flexibilního  modelu  financování“  respektive  využití  přebytku 
národních  veřejných  prostředků  nad  rámec  povinné  míry  národního  veřejného 
spolufinancování, dodržování plánu kontrol u ŘO, případně ZS, a metodické ošetření postupu 
14 
 

při  uzavírání  kontrolních  protokolů.  Platební  a  certifikační  orgán  jako  auditovaný  subjekt 
přijal v rámci akčního plánu opatření k doporučením. 
Cílem  „Následného  auditu  IT  systému“  bylo  ověřit  plnění  opatření  k  nápravě 
u zjištění  identifikovaných  v  horizontálním  auditu  IT  č.  451/10/SYS  (16/2010/AO)  –  Audit 
monitorovacího systému SF a FS pro programové období 2007 - 2013, vykonaném dle plánu 
Auditního  orgánu  na  rok  2010  v  návaznosti  na  nedostatky  identifikované  při  posuzování 
souladu v roce 2008 a 2009 především na úrovni celkové správy monitorovacího systému.  
Konkrétně  se  jednalo  o  ověření  plnění  opatření  k  nápravě  u  2  zjištění  na  úrovni 
celkové správy monitorovacího systému (se střední mírou závažnosti) a 166 zjištění na úrovni 
jednotlivých auditovaných subjektů (z toho 5 zjištění s vysokou mírou závažnosti, 87 zjištění 
se střední mírou závažnosti a 74 zjištění s nízkou mírou závažnosti), která by mohla mít vliv 
na ohrožení integrity a bezpečnosti monitorovacího systému.  
Auditní  práce  byly  realizovány  u  subjektů  implementační  struktury  zapojených  do 
čerpání  prostředků  FS  a  SF.  Současný  stav  plnění  opatření  k  nápravě  u  zjištění  z  výše 
uvedeného  auditu  byl  následně  zapracován  do  jednotlivých  Zpráv  o  následném  auditu.  Lze 
konstatovat, že ze 166 zjištění bylo zcela napraveno 89 zjištění, ostatní zjištění byla většinou 
napravena částečně a zůstávají nadále otevřena.  
Evropské  komisi  byla  postoupena  Souhrnná  zpráva,  která  obsahovala  komplexní 
informace o výsledcích auditu souhrnně za všechny operační programy (kromě OP Rybářství) 
a  auditované  subjekty,  resp.  za  systémy  centrálně  spravované  -  MSC2007,  MONIT7+ 
a Benefit7  i  za  decentralizované  systémy.  Mezi  decentralizované  systémy  patří  zejména 
systémy  IS  OPŽP  a  Bene-fill  (provozované  na  Ministerstvu  životního  prostředí  a  Státním 
fondu  životního  prostředí),  systémy  ISOP7-13  a  e-Account  provozované  pro  Ministerstvo 
průmyslu  a  obchodu  Agenturou  pro  podporu  podnikání  a  investic  CzechInvest,  systém  IS 
Viola  provozovaný  Ministerstvem  financí  a  také  manažerské  informační  systémy 
provozované  na  některých  regionálních  operačních  programech  pro  programové  období  
2007 – 2013.  
V rámci ověření zjištění na úrovni celkové správy monitorovacího systému bylo třeba 
provést  ještě  rozšíření  auditu  o  zpracování  sumarizace  předpokládaných  nákladů  za  období 
2014  –  2020  na  pořízení  a  provoz  informačních  systémů  v  období  2014-2020  a  na  provoz 
informačních  systémů  pro  implementaci  SF  a  FS  pořízených  pro  období  2007  –  2013 
provozovaných v letech 2014 – 2021.  
 
 
15 
 

Další informace 
V průběhu  roku  2014  byla  problematika  čerpání  prostředků  Evropské  unie  v ČR 
opakovaně projednávána na zasedáních vlády.  
Rizika  pro  finanční  prostředky  Evropské  unie  nebo  pro  správné  fungování  systému 
s ohledem na změny jsou průběžně monitorována a jsou předmětem prováděných auditů.  
Co  se  týče  závažných  zjištění,  byla  v roce  2014  znovu  problematická  oblast 
administrace  veřejných  zakázek.  V rámci  problematiky  veřejných  zakázek  byly 
identifikovány  tyto  nedostatky:  porušení  transparentnosti,  rovného  zacházení,  zákazu 
diskriminace  či  zákazu  omezení  účasti  v zadávacím  řízení  výběrového  řízení,  slučování 
předmětu veřejných zakázek, porušení limitů pro veřejné zakázky, nezveřejnění předběžného 
oznámení,  neadekvátní  či nefunkční  profil  zadavatele  veřejných  zakázek,  nedodržení  lhůt 
v zadávacím řízení, nedostatky zadávací dokumentace, nedostatky nabídky a jejích náležitostí, 
nedostatky  otevírání  obálek,  nedostatky  hodnotící  komise,  nedostatky  uzavření  smlouvy, 
nedostatky uveřejňování. 
Dále  byly  v roce  2014  identifikovány  tyto  nedostatky:  neúplné  faktury,  nevedení 
odděleného  účetnictví,  nedostatečná  inventarizace  majetku,  chybné  účtování  DPH,  neúplná 
evidence  dlouhodobého  majetku,  nedostatečně  zajištěná  publicita,  nezajištěná  publicita  na 
domovských  stránkách  žadatele,  použití  neplatných  formulářů,  čerpání  vyšší  částky  dotace, 
než  která  byla  uvedena  ve  smlouvě,  nedoložení  řádných  dokumentů  ani  faktur,  neúplné 
pracovní  smlouvy,  nedostatečná  kontrola  ze  strany  řídícího  orgánu  nebo  zprostředkujícího 
subjektu,  nedodržování  postupů  při  administraci  projektu,  porušení  nebo  nerespektování 
smluvních podmínek.  
Jedním  z dalších  požadavků  tzv.  Akčního  plánu  ke  zlepšení  řídícího  a  kontrolního 
systému  pro  strukturální  fondy  v ČR  z roku  2012  mělo  být  zabránění  bezdůvodnému 
zpožďování ve zpětném vymáhání částek zasažených nesrovnalostí (ve smyslu čl. 80 odst. 
3 nařízení č. 966/2012 ve vazbě na čl. 58 písm. h), čl. 62, 70, 98 a 101 nařízení č. 1083/2006). 
Zpětné vymáhání takto zasažených částek a jejich vyjmutí z výkazu výdajů by dle požadavku 
Evropské  komise  mělo  být  zahájeno  bezprostředně  poté,  co  byla  nesrovnalost  potvrzena 
kompetentním  orgánem,  kterému  byla  tato  zodpovědnost  přiznána.  Celkově  by  celý  proces 
neměl trvat déle než šest měsíců. Řídicí orgány operačních programů v programovém období 
2007  –  2013  však  nevymáhaly  prostředky  dotčené  nesrovnalostmi,  čímž  mohlo  docházet 
k rozdílům  mezi  vyhodnocením  nesrovnalosti  ze  strany  příslušných  orgánů  v rámci 
implementační  struktury  a  vyhodnocením  nesrovnalosti  ze  strany  správce  daně.  V tomto 
16 
 

smyslu  Platební  a  certifikační  orgán  naplnil  výše  uvedený  požadavek  Evropské  komise 
provedením aktualizace  Metodiky finančních toků  a kontroly programů  spolufinancovaných 
ze  strukturálních  fondů,  Fondu  soudržnosti  a  Evropského  rybářského  fondu  na  programové 
období  2007  –  2013  k 1.  dubnu  2014,  přičemž  Ministerstvo  financí  připravilo  legislativní 
kroky, které by zvýšily efektivitu vymáhání částek zasažených nesrovnalostmi (novela zákona 
č.  218/2000  Sb.,  o  rozpočtových  pravidlech  a  o  změně  některých  zákonů,  novela  zákona  č. 
250/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech územních rozpočtů, návrh zákona o vnitřním řízení 
a kontrole).  
 
Programové období 2004 – 2006 
Útvar  pro  winding-up  v roce  2014  neprováděl  již  žádné  kontroly  u subjektů 
implementační  struktury  z důvodu  uzavření  programů  ze  strany  Evropské  komise.  V  roce 
2014 rovněž útvar pro winding-up nezpracovával žádné Prohlášení při ukončení projektu ani 
Zprávu k prohlášení o ukončení projektu. 
 
Programové období 2004 – 2006 a 2007 – 2013 – společná část 
Objem výchozích auditovaných prostředků za rok 2014, které byly Auditním orgánem 
vybrány  do  vzorku  pro  rok  2014  za  všechny  operační  programy,  činil  2,46  mld.  €,  cca 
63,05 mld. Kč.  Zauditována pak byla částka ve výši 2,37 mld. €, cca 60,85 mld. Kč, což 
představuje cca 95,4 % z původně stanovené výše certifikovaných výdajů v roce 2013. Z toho 
pak identifikovaná chybovost činila cca 52,6 mil. € (1,35 mld. Kč), což je zhruba 2,2 % prosté 
chybovosti (sumární údaj za všechny operační programy). 
Komentář:  tabulka  níže  vyjadřuje  přehled  srovnání  skutečně  auditovaných  výdajů  dle  OP 
v letech  2013  a  2014  včetně  částky  80 881 064,-  Kč  u  OP  Rybářství  za  rok  2014,  která 
představuje certifikované výdaje z roku 2011. 
 
17 
 

Rok 2014
Rok 2013
Název OP
Objem auditovaných 
Objem auditovaných 
Počet auditů celkem
Počet auditů celkem
prostředků v CZK
prostředků v CZK
Integrovaný operační program
90
6 338 782 155
79
3 867 032 235
OP Doprava
28
14 987 370 079
4
1 716 596 663
OP Lidské zdroje a zaměstnanost
73
2 777 197 300
69
1 644 989 546
OP Podnikání a inovace
61
5 777 973 684
90
4 777 224 936
OP Praha Adaptabilita
38
84 030 300
39
114 300 692
OP Praha Konkurenceschopnost
26
1 458 619 418
13
675 091 569
OP Přeshraniční spolupráce ČR – Polsko
12
156 541 537
11
284 469 651
OP Rybářství
22
80 881 064
60
156 870 351
OP Technická pomoc
26
513 547 399
18
264 950 510
OP Výzkum a vývoj pro inovace
33
5 616 218 132
34
3 418 569 635
OP Vzdělávání pro konkurenceschopnost
69
505 860 748
77
507 221 263
OP Životní prostředí
34
3 582 115 523
8
69 656 100
ROP NUTS II Jihovýchod
28
1 824 817 383
34
1 613 467 354
ROP NUTS II Jihozápad
40
2 118 655 257
34
2 060 655 011
ROP NUTS II Moravskoslezsko
39
3 219 242 152
35
1 825 108 538
ROP NUTS II Severovýchod
35
2 948 157 075
2
65 902 789
ROP NUTS II Severozápad
34
4 978 160 209
4
39 661 756
ROP NUTS II Střední Čechy
36
2 237 682 620
66
3 067 567 337
ROP NUTS II Střední Morava
47
1 648 145 160
43
912 070 179
Celkem
771
60 853 997 195
720
27 081 406 115
 
 
Závěry  a  další  postupy  Auditního  orgánu  z uskutečněných  auditů  za  rok  2014,  které 
jsou  z pohledu  Evropské  komise  nejvíce  sledovány  vzhledem  ke  skutečnosti,  že  činnost 
Auditního orgánu je považována za poslední  a nejvyšší autoritu řádného  čerpání  prostředků 
Evropské unie, jsou následující: 
−  při auditu operací je možné odhalit systémové nedostatky (a provést doplňkový audit) 
a operativně řešit přijetí potřebných opatření k nápravě, 
−  aktualizovaná  Metodika  finančních  toků  a  kontroly  zvyšuje  roli  auditorů  Auditního 
orgánu a zohledňuje požadavky Evropské komise uvedené v Globálním akčním plánu, 
kdy  identifikované  nedostatky  s finančním  dopadem  jsou  bezprostředně  odečítány 
z možného  financování  prostředků  Evropské  unie  (v  případě  nesrovnalosti 
identifikované  Auditním  orgánem  bylo  upřesněno,  že  se  jedná  vždy  o  potvrzenou 
nesrovnalost), 
−  auditoři  spolupracují  s orgány  činnými  v trestním  řízení,  rozšířila  se  spolupráce  se 
zástupci Generálního finančního ředitelství. 
Značnou  pozornost  věnoval  Auditní  orgán  v roce  2014  koordinaci  a  plnění 
konsolidovaného  plánu  auditů  strukturálních  fondů,  Fondu  soudržnosti  a  Evropského 
rybářského  fondu za Českou republiku na rok 2014. Pro potřeby  certifikace bylo  ve smyslu 
požadavků  Metodiky  finančních  toků  a kontroly  strukturálních  fondů,  Fondu  soudržnosti 
18 
 

a Evropského  rybářského  fondu  na  programové  období  2007  –  2013  zasíláno  čtvrtletní 
vyhodnocení plnění plánů auditů Platebnímu a certifikačnímu orgánu. 
V souladu  s požadavkem  finančního  nařízení  Rady  (ES)  č.  1605/2002  v  aktuálním 
znění  a prováděcího  nařízení  Komise  (ES)  č.  2342/2002  ve  znění  nařízení  Komise  (ES) 
č. 478/2007 a pozdějších předpisů v únoru 2015 vypracoval a odeslal Auditní orgán Evropské 
komisi  dokument  tzv.  roční  shrnutí  za  strukturální  fondy,  Fond  soudržnosti  a  Evropský 
rybářský  fond  za rok  2014.  Údaje  v něm  uvedené  představují  kompletní  souhrn  dostupných 
informací  ohledně  auditů  a certifikací  za  rok  předcházející  roku,  ve  kterém  je  zpráva 
předkládána.  Takovýto  souhrn  poskytuje  celistvý  přehled  o  ujištění,  získaném  z kontrolní 
a auditní činnosti a z procesu certifikace. 
S ohledem na relevantní nařízení Evropské unie a metodické pokyny Evropské komise 
byly  vypracovány  a  do  Evropské  komise  k  31.  prosinci  2014  zaslány  výroční  kontrolní 
zprávy,  včetně  stanovisek  za  jednotlivé  operační  programy  pro  programové  období  2007  – 
2013.  
V průběhu  roku  2014  byly  Evropské  komisi  odeslány  prostřednictvím  informačních 
systémů MSC2007 a SFC2007 aktualizace auditních strategií za všechny operační programy 
a další  relevantní  zprávy.  V roce  2014  proběhla  plánovaná  i  ad  hoc  bilaterální  jednání  se 
zástupci  Generálního  ředitelství  pro  regionální  a  městskou  politiku  a  zástupci  Generálního 
ředitelství  pro  zaměstnanost,  sociální  věci  a sociální  začlenění  a  Generální  ředitelství  pro 
námořní záležitosti a rybolov. 
Evropská  komise  v rámci  sdílené  odpovědnosti  za  správu  fondů  Evropské  unie 
prověřuje  existenci  a řádné  fungování  řídících  a  kontrolních  systémů,  a  to  nejen  na  základě 
výše zmiňovaných výročních kontrolních zpráv a výročních stanovisek, zpráv z jednotlivých 
auditů zasílaných do Evropské komise Auditním orgánem, ročních shrnutí a dalších informací 
Auditního orgánu, ale také na základě výsledků vlastních auditů. 
 
IV.B  Veřejnosprávní kontrola a audit ostatních prostředků ze zahraničí 
Finanční mechanismy EHP/Norsko 2009 – 2014 
V roce  2014  Auditní  orgán  v rámci  implementace  Finančních  mechanismů  EHP/Norsko 
2009-2014    provedl  1  audit  systému,  5  mimořádných  auditů  systému  a  3  audity  operací.  
Systémové audity byly započaté po 1. 7. 2014.  Mimořádné audity systému byly provedeny na 
základě  čl.  4.8,  bod  2,  3  a  4  Nařízení  o  implementaci  finančních  mechanismů  EHP/Norsko 
2009  –  2014  k dodání  stanoviska  a  zprávy  o  nastavení  řídicích  a  kontrolních  systémů 
19 
 

u zprostředkovatelů programů. Popis hlavních zjištění a závěrů, které byly na základě auditů 
vyvozeny  pro  řídicí  a  kontrolní  systémy  a  jejich  fungování  včetně  toho,  zda  byly  kontroly 
řízení,  certifikační  postupy  a  zda  byly  odpovídajícím  způsobem  odděleny  funkce  a  tím 
dodrženy  požadavky  stanovené  v Nařízení.  U  těchto  mimořádných  auditů  systémů  nebyly 
zjištěny  žádné  nedostatky.  Zprávy  o mimořádných  auditech  systémů  byly  zaslány 
auditovaným  subjektům  a  byly  předloženy  Výboru  finančních  mechanismů  a  Ministerstvu 
zahraničních věcí Norska. Audit systému u NKM a CO není dosud skončen. Dne 23. 1. 2015 
byl audit systému rozšířen o zprostředkovatele programu CZ07 - DZS, kde byla z CO hlášena 
systémová nesrovnalost při hodnocení a výběru projektu.  
Při  výběru  vzorku  operací  určených  pro  rok  2014  postupoval  AO  v souladu 
s nařízením Evropské komise (dále jen „EK“), auditní  strategií pro  FM EHP/Norsko 2009  – 
2014  a  s přihlédnutím  k aktualizovanému  pokynu  EK  pro  výběr  vzorku  (COCOF 
08/0021/03).    Schválených  žádostí  o  poskytnutí  finančního  příspěvku  za  rok  2013  bylo  15 
o celkové výši výdajů 2 613 820,00 Kč, což představuje 105 396,00 Eur. 
Vzorek  pro  audit  operací  byl  vybrán  z programu  CZ01  Bilaterální  fond  na  národní 
úrovni  na  základě  COCOF  08/0021/03.  Pro  výběr  vzorku  pro  Roční  plán  auditů  2014  byla 
použita  nestatistická  metoda,  s ohledem  na  celkovou  velikost  základního  souboru.  Základní 
populace pro výběr vzorků obsahovala 14 projektů  o celkové výši  výdajů  2 253 400,00 Kč, 
což  představuje  90  863,00  Eur.  Při  sestavování  plánu  auditů  pro  2.  pololetí  roku  2014  byl, 
kromě výše uvedených  podkladů a výběru vzorku, rovněž zohledněn požadavek při  jednání 
s NKM  (odbor  58,  oddělení  5801  a  5804),  kteří  měli  tíživou  komunikaci  a  spolupráci  při 
vyřizování a schvalování žádostí o proplacený grantu se subjektem Kulturní mosty, o.s., který 
realizoval  projekt  Kulturní  mosty  2013  /  Cultural  bridges  2013  bilaterální  česko-norský 
meeting. Z tohoto důvodu byl tento subjekt zvolen nad rámec cíleným výběrem. 
 
Obecný program Solidarita a řízení migračních toků 
V roce  2014  provedl  Auditní  orgán  celkem  14  auditů  operací,  přičemž  auditované 
výdaje  představovaly  hodnotu  72 442 466,00  Kč  (tj.  33,47%  z celkových  výdajů  ročního 
programu 2012. 
Nejčastější a nejzávažnější zjištění identifikovaná při auditech operací se dají shrnout 
do následujících oblastí: 
-  neuznatelné mzdové náklady, 
-  nenaplnění monitorovacích indikátorů. 
20 
 

V měsíci  prosinec 2014  byl  zahájen  audit systému u Certifikačního  orgánu v rozsahu Fondu 
vnějších hranic pro roční program 2011, který byl v měsíci únor 2015 s ohledem na předběžná 
zjištění,  vyplývající  z  návrhu  auditní  zprávy  EK  rozšířen  na  všechny  4  fondy  spadající  pod 
obecný  program  Solidarita  a  řízení  migračních  toků.  Klasifikace  předběžných  zjištění 
identifikovaná  u  Certifikačního  orgánu  MV  dle  Návrhu  zprávy  z  auditu  EK  konstatuje,  že 
činnost  CO  je  funkční,  některá  zlepšení  jsou  potřeba  a  je  vyhodnocena  stupněm  2,  přičemž 
AO MF hodnotil při auditu systému č.  13/2014/FVH činnost CO stupněm 3 (systém funguje 
částečně, jsou třeba zásadní zlepšení). 
 
V. 
Interní audit v orgánech veřejné správy 
 
Činnost  interního  auditu  se  řídila  plány  interního  auditu  pro  rok  2014  schválenými 
vedoucími orgánu veřejné správy, které vycházely z provedených analýz rizik a konkretizace 
cílů  a  záměrů  vyjádřených  ve  střednědobých  plánech.  Roční  plány  byly  v průběhu  roku 
doplněny  o  operativně  zařazené  interní  audity.  Část  plánovaných  interních  auditů  tvoří 
následné  audity  ověřující  plnění  a  dodržování  opatření  přijatých  na  základě  doporučení 
z předchozích auditů. 
 
Interní audity byly zaměřeny na vyhodnocování vnitřního kontrolního systému orgánů 
veřejné  správy  z hlediska  přiměřenosti  a  účinnosti  fungování  kontrolních  mechanismů 
finančního řízení v odpovědnosti řídících a výkonných struktur, včetně prověřování správnosti 
vybraných operací. Audity byly dále v souladu s usnesením vlády č. 445/2014 zaměřeny na 
ověřování postupů při zadávání veřejných zakázek podle zákona č. 137/2006 Sb., o veřejných 
zakázkách, na dodržování rozpočtových pravidel, tj. zákona č. 218/2000 Sb., o rozpočtových 
pravidlech  a  zákona  č.  250/2000  Sb.,  o  rozpočtových  pravidlech  územních  rozpočtů  a  při 
hospodaření a nakládání s majetkem. 
 
V průběhu  roku  2014  provedly  útvary  interního  auditu  celkem  3235  plánovaných 
interních auditů z celkového počtu naplánovaných 3664 auditů a 385 operativně zařazených 
interních auditů. Finanční audity z celkového množství provedených auditů tvořily 31,72 %, 
audity systému 28,51 %, audity výkonu 19,11 % a jinak zaměřené audity (ostatní) 20,66 %. 
 
 
 
21 
 

Počet vykonaných interních 
Zaměření interních auditů 
auditů 
Rok 
naplánovaných 
celkem 
finanční 
systému 
výkonu 
2010 
4103 
4766 
1540 
1310 
847 
2011 
3669 
4217 
1374 
1194 
746 
2012 
3313 
3968 
1299 
1201 
687 
2013 
3214 
3782 
1155 
1118 
691 
2014 
3235 
3799 
1205 
1083 
726 
 
 
 
V roce  2014  po  období  poklesu  počtu  provedených  auditů  jejich  počet  opět  mírně 
vzrostl, bylo provedeno celkem o 17 auditů více než v roce 2013.  
 
Převážná  část  doporučení  z vykonaných  auditů  se  týká  obdobných  nedostatků,  jaké 
byly  zjišťovány  při  výkonu  veřejnosprávních  kontrol.  Doporučení  se  týkala  zejména  těchto 
zjišťovaných nedostatků: 
-  nedostatečné nebo vůbec žádné zapracování nové legislativy do vnitřních řídících 
aktů orgánu veřejné správy, 
-  nedostatečné  nebo  vůbec  žádné  zdůvodnění  zadání  veřejné  zakázky  bez 
uveřejnění, 
-  nedodržování zákona o účetnictví při nakládání s majetkem (chybné zaúčtování), 
-  nedostatky při evidenci majetku a jeho inventarizaci, 
-  nedostatky při tvorbě a čerpání FKSP. 
 
V orgánech veřejné správy zajišťovalo službu interního auditu v roce 2014 celkem 868 
interních  auditorů,  z toho  402  v orgánech  a  organizacích  územní  samosprávy,  457  interních 
auditorů  ve  státní  správě  a  9  interních  auditorů  v regionálních  radách  regionů  soudržnosti.  
649 interních auditorů z celkového počtu prošlo  základním kurzem, 17 interních auditorů je 
držiteli  mezinárodní  certifikace  interního  auditu.  Oproti  předchozímu  období,  kdy 
pokračovala  klesající  tendence,  v roce  2014  opět  mírně  vzrostl  počet  interních  auditorů, 
v rámci územní samosprávy o 1 a v rámci státní správy o 13 auditorů. 
 
 
 
22 
 

Počet interních auditorů 
Rok 
Státní 
Územní 
Se základním 
S mezinárodním 
Celkem 
správa 
samospráva 
kurzem 
certifikátem 
2010 
941 
528 
407 
683 
20 
2011 
892 
491 
401 
654 
26 
2012 
876 
467 
399 
654 
19 
2013 
855 
444 
401 
633 
18 
2014 
868 
457 
402 
649 
17 
 
 
 Útvary interního auditu v roce 2014 prováděly nejenom interní audity, ale zajišťovaly 
i konzultační a poradenskou činnost, podílely se na přípravě vnitřních předpisů k problematice 
vnitřní kontroly, vzdělávání zaměstnanců k problematice vnitřní kontroly, ale také se podílely 
na  připomínkovém  řízení  ostatních  vnitřních  předpisů  orgánů  veřejné  správy.  V mnoha 
orgánech veřejné správy byla do útvaru interního auditu začleněna i agenda stížností.  
 
VI.  Ochrana  proti  podvodnému  jednání,  spolupráce  s  Evropským 
úřadem pro boj proti podvodům 
Spolupráce s Evropským úřadem pro boj proti podvodům (OLAF) 
V roce 2014 zasílal Centrální kontaktní bod sítě AFCOS prostřednictvím informačního 
systému  „IMS“  (Irregularities  Management  System  –  Systém  řízení  nesrovnalostí)  hlášení 
případů  nesrovnalostí  zjištěných  v rámci  implementace  strukturálních  fondů,  Fondu 
soudržnosti,  fondů  společné  zemědělské  politiky,  Evropského  rybářského  fondu  
a předvstupních nástrojů (PHARE a SAPARD) Evropské komisi – Evropskému úřadu pro boj 
proti podvodům (dále jen „OLAF“). U programového období 2004 – 2006 bylo v roce 2014 
na  vnější  úrovni  nahlášeno  11  nových  nesrovnalostí  s celkovou  částkou  dotčenou 
nesrovnalostí ve výši 14 424 217 €. Pokud jde o programové období 2007 – 2013, bylo úřadu 
OLAF v roce 2014 zasláno celkem 1 063 nových hlášení nesrovnalostí v celkové výši dotčené 
částky 315 771 328 €. V souvislosti s předvstupními  nástroji nebyla úřadu OLAF nahlášena 
žádná nová nesrovnalost.  
Roli koordinační služby pro boj proti podvodům dle Nařízení Evropského parlamentu 
a Rady č. 883/2013 plní v České republice Centrální kontaktní bod sítě AFCOS.  Zabývá se 
pouze administrativně – správní oblastí. Jako národní partner Úřadu boje proti podvodům EK 
– OLAF napomáhá účinné spolupráci a výměně informací včetně informací operační povahy. 
23 
 

Centrální  kontaktní  bod  sítě  AFCOS  též  aktivně  spolupracoval  v oblasti  vyžádání 
dokumentace k projektům vyšetřovaným zástupci tohoto již zmíněného úřadu. Od roku 2009 
Úřad EK – OLAF požádal prostřednictvím Centrálního kontaktního bodu sítě AFCOS Českou 
republiku  o  dokumentaci  či  specifické  podklady  k  celkem  39  případům.  V současné  době 
stále  ještě  probíhá  aktivní  vyšetřování  u  4  z  nich.  V  roce  2014  byla  prostřednictvím 
Centrálního  kontaktního  bodu  sítě  AFCOS  nově  vyžádána  dokumentace  k  celkem  4  dalším 
projektům za účelem detailního prošetření – u 3 těchto nově vyhodnocovaných projektů stále 
nebyla  poskytnuta  zpětná  vazba  úřadem  EK  –  OLAF.  Nejvyššímu  státnímu  zastupitelství, 
které  plní  roli  výlučného  kontaktního  bodu  sítě  AFCOS  v trestně  –  právní  oblasti 
a Policejnímu  prezídiu  ČR  byly  předány  2  podněty  k prošetření.  Úřad  EK  –  OLAF  provedl 
kontrolu  na  místě  u  jednoho  projektu.  U  těchto  šetření  aktivně  spolupracovali  zástupci 
Centrálního kontaktního bodu sítě AFCOS.  
 
Spolupráce s Evropskou komisí, Radou EU a DG 
Ministerstvo  financí  -  Centrální  kontaktní  bod  sítě  AFCOS  plní  na  základě  usnesení 
vlády  České  republiky  č.  941  ze  dne  20.  července  2009  roli  styčného  místa  pro  ústřední 
databázi pro vyloučení v souladu s nařízením Komise (ES, Euratom) č. 1302/2008. Z nařízení 
vyplývá  povinnost předávat  informace  o osobách  pravomocně  odsouzených  za trestné  činy 
poškozující  finanční  zájmy  Evropské  unie,  resp.  o zahlazení  odsouzení  za takovéto  trestné 
činy. V roce 2014 byl přímo Centrálním kontaktním bodem sítě AFCOS nahlášen Evropské 
komisi za Českou republiku 1 případ na základě pravomocného rozsudku zaslaného soudem.  
Pracovní  skupina  Rady  -  D08  –  Boj  proti  podvodům,  které  se  zástupci  Centrálního 
kontaktního  bodu  sítě  AFCOS  pravidelně  účastní,  se  za  předsednictví  Řecka  sešla  dvakrát 
a  za  předsednictví  Itálie  pětkrát.  Nejvíce  diskusí  proběhlo  k návrhu  nařízení  Evropského 
parlamentu a Rady, kterým se mění nařízení o vyšetřování  prováděném Evropským úřadem 
pro boj proti podvodům (OLAF), pokud jde o vytvoření funkce kontrolora procesních záruk. 
Cílem revize nařízení OLAF bylo doplnění, dle názoru Evropské Komise chybějícího prvku, 
kterým  je  ochrana  dodržování  procesních  záruk  osob  dotčených  vyšetřováním.  Zřízení  této 
funkce by umožnilo posílit procesní záruky a nadále respektovat efektivní ochranu finančních 
zájmů  EU.  Navíc  se  jedná  o  snahu  postupně  se  přiblížit  k vytvoření  Úřadu  evropského 
veřejného žalobce. Tento návrh byl také na pořadu jednání Výboru pro záležitosti EU Senátu 
České republiky. Senát návrh usnesení k tomuto návrhu přijal. Nakonec byl ale v Radě tento 
24 
 

návrh  téměř  všemi  delegacemi  členských  států  označen  jako  předčasný  (včetně  ČR) 
a odložen, což vzala EK v úvahu. 
V rámci  této  pracovní  skupiny  byly  mimo  jiné  projednávány:  Zpráva  Komise 
Evropskému parlamentu a Radě – Ochrana finančních zájmů – Boj proti podvodům – Výroční 
zpráva za rok 2013, Pozměněný návrh nařízení  Evropského parlamentu  a Rady o vzájemné 
administrativně – správní pomoci při ochraně finančních zájmů Evropského společenství proti 
podvodům  a jiným  protiprávním jednáním, Zpráva Komise Evropskému  parlamentu a Radě  
o  ověřování  pravosti  euromincí  a  o  manipulaci  s euromincemi  nezpůsobilými  k oběhu  
a  Dotazník  Italského  předsednictví  o  užitečnosti  právního  nástroje  pro  vzájemnou  správní 
pomoc  v boji  proti  podvodům  v oblasti  strukturálních  fondů.  Posledně  uvedený  Dotazník 
vyplynul  ze  závěrů  konference  na  téma  „Operativní  aspekty  boje  proti  podvodům  v oblasti 
strukturálních  fondů“,  která  se  uskutečnila  v Římě  ve  dnech  13.  –  14.  října  2014.  Na  této 
konferenci  Českou  republiku  reprezentovali  zástupci  z trestněprávní  oblasti  (Nejvyšší  státní 
zastupitelství a Policejní prezidium ČR).  
 
Spolupráce na hlášení nesrovnalostí v rámci Finančních mechanismů EHP/Norsko 
Prostřednictvím  odboru  Kontrola  Ministerstva  financí,  který  v rámci  implementace 
Finančních mechanismů EHP/Norsko vykonává pro programové období 2004 – 2009 funkci 
Národního  kontrolního  orgánu,  nebyla  v roce  2014  formou  pravidelných  čtvrtletních  zpráv 
nahlášena Kanceláři  finančních mechanismů žádná nová nesrovnalost, pouze aktualizace již 
dříve nahlášených případů.  
 
Spolupráce na hlášení nesrovnalostí v rámci Programu švýcarsko-české spolupráce 
Odbor  Kontrola  Ministerstva  financí  je  jednou  ze  součástí  Národní  koordinační 
jednotky  pro  Program  švýcarsko-české  spolupráce,  ve  které  plní  funkci  Národního 
kontrolního  orgánu.  V rámci  tohoto  programu  nebyla  v roce  2014  nahlášena  švýcarské 
ambasádě  (Swiss  Contribution  Office)  žádná  nová  nesrovnalost,  pouze  aktualizace  již 
dříve nahlášených případů. 
 
 
 
25 
 

VII.  Centrální harmonizace finanční kontroly ve veřejné správě 
 
V souladu s usnesením vlády České republiky č. 1275 ze dne 15. října 2008 k Akčnímu 
plánu priorit  a cílů Národní strategie na ochranu finančních zájmů Evropského společenství 
v České  republice,  usnesením  vlády  č.  49  ze  dne  15.  ledna  2014  ke  snížení  legislativních 
bariér a nelegislativních bariér implementace Evropských strukturálních a investičních fondů 
v programovém  období  let  2014  -  2020,  v návaznosti  na  Strategický  rámec  rozvoje  veřejné 
správy  České  republiky  pro  období  2014  –  2020,  Strategii  vlády  v boji  proti  korupci 
a Koncepci  PIC  definovanou  Evropskou  komisí,  byl  v roce  2014  zpracováván  a  v souladu 
s usnesením vlády č. 1056 ze dne 15. prosince 2014 k návrhu Plánu legislativních prací vlády 
na  rok  2015,  dne  28. února  2015  vládě  předložen  nový  návrh  zákona  o  vnitřním  řízení 
a kontrole ve veřejné správě, který implementuje směrnici Rady (EU) 2011/85/EU ze dne 8. 
listopadu 2011 o požadavcích na rozpočtové rámce členských států.  
Působnost  Ministerstva  financí  v oblasti  finanční  kontroly  je  dána  ustanovením  §  7 
zákona  č.  320/2001  Sb.,  o  finanční  kontrole.  V rámci  této  působnosti  a  v souladu 
s programovým  prohlášením  vlády  a  s cílem  zefektivnit  kontrolu  veřejných  prostředků, 
v návaznosti  na usnesení  vlády  č.  445  ze  dne  16.   června  2014,  které  ukládalo  přijmout 
opatření  ke zvýšení  účinnosti  finančního  řízení  a kontroly  v  odpovědnosti  řídících 
a výkonných  struktur,  interního  auditu  a   veřejnosprávních  kontrol,  při  prosazování  řádného 
hospodaření s finančními prostředky a  majetkem orgánů státní správy, bylo dne 16. července 
2014  ministrem  financí  rozhodnuto  o  změně  organizační  struktury  Ministerstva  financí 
a o převzetí 86 systemizovaných míst od orgánů finanční správy České republiky. Jednalo se 
o systemizovaná místa určená k výkonu vybraných agend, konkrétně finanční kontroly podle 
zákona  č.  320/2001  Sb.,  o  finanční  kontrole,  a působnosti  na  úseku  přezkoumávání 
hospodaření územních samosprávných celků podle zákona č. 420/2004 Sb., o přezkoumávání 
hospodaření  územních  samosprávných  celků  a   dobrovolných  svazků  obcí,  která  byla 
přesunuta pod odbor 17  –  Kontrola, který  vykonává finanční  kontrolu veřejných prostředků 
v souladu s platnými ustanoveními právních předpisů ČR a EU. 
Dalšími  opatřeními  vedoucími  ke  zvýšení  účinnosti  finančního  řízení  a  kontroly 
v odpovědnosti řídicích a výkonných struktur, interního auditu a veřejnoprávních kontrol při 
prosazování řádného hospodaření s finančními prostředky a majetkem orgánů státní správy ve 
smyslu usnesení vlády č. 445 ze dne 16. 6. 2014 byla opatření učiněná v rámci odboru 56 – 
Interní audit:  
26 
 

 
V návaznosti  na  personální  změnu  v pozici  ředitele  odboru  Interní  audit  ke  dni  8.  11. 
2014  byla  zpracována  Koncepce  odboru  Interní  audit,  kterou  schválil  ministr  financí 
dne  22.  12.  2014.  V rámci  této  Koncepce  byly  navrženy  změny  ke  zvýšení  efektivity 
interního  auditu,  mj.  i  změna  metodiky  pro  zpracování  střednědobých/ročním  plánů 
auditů od roku 2015. Výsledky těchto změn lze očekávat v průběhu roku 2015. 
 
Program  auditů  byl  zaměřen  na  plnění  kritérií  týkající  se  hospodárného,  efektivního 
a účelného  výkonu  veřejné  správy,  především  v souvislosti  s nakládáním  s veřejnými 
prostředky,  s procesem  zadávání  veřejných  zakázek  byl  naplněn  s tím,  že  v průběhu 
roku  2014  byl  dokončen  audit  č.  2013/14  „Privatizační  fond“,  kterým  byla  prověřena 
oblast  nakládání  s finančními  prostředky  zvláštního  účtu  velké  privatizace.  Pozornost 
byla věnována především postupům při zadávání veřejných zakázek, čerpání finančních 
prostředků  plynoucích  z uzavřených  smluvních  ujednání  v oblasti  právních  služeb 
a odstraňování  starých  ekologických  škod  a revitalizaci  krajiny.  Trend  ověřování 
procesu veřejných zakázek pokračuje v roce 2015. 
 
Pravidelně  byla  ověřována  rizikovost  nastavených  kontrolních  mechanismů  ve  vztahu 
ke korupčnímu jednání.  
 
Interní  auditoři  se  pravidelně  účastnili  vzdělávacích  akcí  pořádaných  ministerstvem 
a dalších  forem  profesního  vzdělávání  z nabídek  externích  vzdělávacích  a školících 
společností (Český institut interních auditorů, AKTUÁLNÍ PARAGRAFY JUDr. Pavel 
Chládek, s.r.o., BOVA POLYGON s.r.o., J+Consult spol. s r.o.).  
 
Byly průběžně vytvářeny konkrétní metodické postupy a checklisty pro vybrané oblasti, 
které pomohou auditorům zefektivnit a přiměřeně standardizovat výkon auditní činnosti, 
byl  rozpracován  s tím,  že  oblast  metodické  podpory  výkonu  interního  auditu  bude 
efektivně podporována od roku 2015, a to konkrétně ve spojitosti se zřízením odd. 5601 
-  Metodika  a  kvalita  interního  auditu  ke  dni  1. 2.  2015  s odpovědností  zpracovat  
a aktualizovat metodiku interního auditu. 
 
V rámci  metodické  činnosti  proběhly  společné  schůzky  vedoucích  oddělení  interních 
auditů  přímo  řízených  organizací  MF  s cílem  uplatňování  nejlepší  praxe,  výměny 
zkušeností z auditní činnosti a případné koordinace plánů auditů. Společná schůzka se 
uskutečnila  ve  dnech  26.  -  28.  11.  2014  ve  VZ  Vltava,  Smilovice,  
za  účasti  zástupců  interních  auditů  a  vnitřních  kontrol  ministerstva,  GFŘ,  GŘC  a 
Ministerstva financí Slovenské republiky. Účastníci se shodli, že obdobná setkání budou 
pokračovat i v budoucnu. 
27 
 

 
Vzhledem  k organizačním  změnám  a  nové  Koncepci  odboru  Interní  audit,  kterou 
schválil ministr financí dne 22. 12. 2014, provedení pravidelného hodnocení kvality dle 
Mezinárodních  standardů  pro  profesní  praxi  interního  auditu  bylo  přeloženo  z roku 
2014  na  rok  2015  a  jeho  provedení  se  předpokládá  ve druhé  polovině  roku  2015. 
Sebehodnocení  činnosti  oddělení  interního  auditu,  zaměřené  zejména  na  stav 
personálních  zdrojů,  odborné  aktivity  a profesionalitu  interních  auditorů,  oblast 
plánování,  dodržování  nastavených  postupů  při  auditech,  plnění  auditorských  cílů, 
podávání zpráv a organizaci řízení interního auditu, bylo provedeno. 
 
Interní  audit,  vzhledem  k tomu,  že  na    ministerstvu  nebyl  doposud  ustanoven 
zaměstnanec  zodpovědný  za  koordinaci  řízení  rizik,  bude  nadále  usilovat  o  nastavení 
odpovědnosti  za  systém  řízení  a  správu  rizik  v podmínkách  ministerstva  mimo  útvar 
interního  auditu  spolu  se  zřízením  funkce  koordinátora  rizik  zajišťujícího  plnou 
funkčnost systému řízení rizik včetně spolupráce s jednotlivými organizačními útvary. 
 
Nastavený systém využívání externích specialistů při auditech vybraných oblastí, např. 
IT  napříč  organizacemi  rezortu  byl  naplněn  tím,  že  znalosti  externích  specialistů  byly 
využity  při  výkonu  auditu  č.  2014/09  „Audit  procesu  řízení  rizik  vyplývajících  z 
existence státního dluhu (zvláště pak rizik refinančních, úrokových a měnových)“. 
 
Interní  audit  zajistil plnění  všech  přijatých  opatření  směřujících  ke zvýšení  jeho 
efektivity,  přičemž  existují  veškeré  předpoklady  pro  to,  aby  nastoupený  trend  pokračoval  i 
v roce 2015. 
Další  působností  Ministerstva  financí  v rámci  §  7  zákona  o  finanční  kontrole  je  jeho 
metodická  činnost.  V rámci  této  činnosti  Centrální  harmonizační  jednotka  aktualizovala 
stávající  metodické  pokyny  a  nově  připravila  Metodický  pokyn  pro  výkon  kontrol 
v odpovědnosti  řídících  orgánů  při  implementaci  Evropských  strukturálních  a  investičních 
fondů pro období 2014 – 2020. Ve druhém pololetí roku 2014 Ministerstvo financí také dle 
plánu  zahájilo  provoz  informačního  systému  pro  koordinaci  plánování  veřejnosprávních 
kontrol  (IS  FKVS  MKP).  Modul  koordinace  plánování  je  plně  funkční  jak  pro  plánování 
veřejnosprávních  kontrol  národních  prostředků,  tak  pro  plánování  veřejnosprávních  kontrol 
prostředků poskytnutých z fondů Evropské unie. 
 
 
28 
 

VIII.  Souhrnné  zhodnocení  výsledků  finanční  kontroly  s  návrhy  opatření 
ke zvýšení účinnosti finanční kontroly ve veřejné správě 
Provedené  vyhodnocení  výsledků  finanční  kontroly  hospodaření  s národními 
prostředky ve veřejné správě dokládá, že tendence z předchozích let, kdy se snižoval objem 
kontrolovaných  prostředků  v rámci  prováděných  veřejnosprávních  kontrol  a  snižoval  se 
i počet  provedených  interních  auditů  se  zastavil,  a  naopak  v roce  2014  došlo  k mírnému 
nárůstu jak v orgánech státní správy, tak v orgánech a organizacích územní samosprávy. 
Vykonané  veřejnosprávní  kontroly  i  interní  audity  byly  zaměřené  na  odhalování 
podezření nasvědčujícímu tomu, že při hospodaření s finančními prostředky a majetkem došlo 
ke  spáchání  trestných  činů,  na  zjišťování  nedostatků  v  dodržování  zákona  č.  137/2006  Sb., 
o veřejných  zakázkách  a  na  porušování  rozpočtové  kázně  podle  zákona  č.  218/2000  Sb., 
o rozpočtových  pravidlech.  Dále  se  kontroly  a  interní  audity  zaměřovaly  na  porušování 
rozpočtové  kázně  podle  zákona  č.  250/2000  Sb.,  o  rozpočtových  pravidlech  územních 
rozpočtů,  na  hospodaření  a  nakládání  s majetkem,  inventarizaci  a  dodržování  zákona 
č. 563/1991 Sb., o účetnictví. 
Z  předložených  zpráv  vyplývá,  že  vnitřní  kontrolní  systém  je  v  orgánech  veřejné 
správy  v  souladu  se  zákonem  č.  320/2001  Sb.,  o  finanční  kontrole.  Pro  posílení  systému 
finančního řízení a kontroly byly aktualizovány vnitřní směrnice a normy, byly aktualizovány 
a zaváděny  systémy  pro  odhalování  závažných  rizik,  vznikaly  nové  protikorupční  strategie. 
Přes tato opatření se však neustále opakují nedostatky při dodržování zákona č. 137/2006 Sb., 
o veřejných zakázkách a případy porušování rozpočtové kázně podle zákona č. 218/2000 Sb., 
o  rozpočtových  pravidlech  a  zákona  č.  250/2000  Sb.,  o  rozpočtových  pravidlech  územních 
rozpočtů. Z tohoto důvodu se navrhuje uložit členům vlády  a vedoucím ostatních správních 
úřadů: 
  zaměřovat i nadále finanční kontroly a interní audity v orgánech veřejné správy na 
  dodržování zákona o veřejných zakázkách, 
  odhalování  porušování  rozpočtové  kázně  podle  zákona  č.  218/2000  Sb.,  o 
rozpočtových pravidlech, 
odhalování  skutečností  nasvědčujících  spáchání  trestného  činu  při  hospodaření  s finančními 
prostředky a majetkem. 
 
29 
 

Příloha č. 1  
Přehled závažných zjištění z vykonaných finančních kontrol 
 
V rámci provedených finančních kontrol ve veřejné správě bylo v roce 2014 odhaleno 
celkem 873 skutečností nasvědčujících, že došlo ke spáchání trestného činu. Tyto skutečnosti 
kontrolní orgány postoupily k dalšímu šetření buď Policii České republiky, nebo příslušnému 
státnímu zastupitelství. 
 
Převážná většina podání se týkala zjištění Úřadů práce České republiky vztahujících se 
k pokusu o podvod za zneužití dávek sociální podpory a podání pro neplacení výživného na 
vyživované osoby. 
 
Vybraná významná podání jsou uvedená v následující tabulce: 
Kdo zjištění učinil a 
Charakteristika zjištění 
Vyčíslená škoda v Kč 
oznámil 
Ministerstvo  školství,  Porušení  povinností  při  správě  cizího 
107 419 343,35  
mládeže a tělovýchovy 
majetku* 
Ministerstvo  školství,  Porušení  povinností  při  správě  cizího 
88 834 463,99 
mládeže a tělovýchovy 
majetku* 
Generální ředitelství cel  Maření úkolů úřední osoby 
26 925 809,15 
SPO  –  zařízení  služeb  Krádež  
14 347 848,00 
pro Ministerstvo vnitra 
Generální ředitelství cel  Maření úkolů úřední osoby 
2 964 555,00 
Inspekce 
ministra  Neoprávněná fakturace služeb 
2 259 997,13 
obrany 
Generální ředitelství cel  Maření úkolů úřední osoby 
2 202 945,00 
Národní 
zemědělské  Zpronevěra 
1 485 552,92 
muzeum 
Statutární 
město  Podvod 
587 335,00 
Karviná 
Fakultní 
nemocnice  Podvod 
525 404,00 
Olomouc 
Ministerstvo vnitra 
Neoprávněné použití prostředků dotace 
347 175,00 
SPO  –  zařízení  služeb  Podvod 
190 000,00 
pro Ministerstvo vnitra 
* Dle sdělení MŠMT byla věc v listopadu 2014 Policií České republiky odložena, nebylo shledáno ve 
věci správy cizího majetku pochybení. 
 
Při  výkonu  veřejnosprávní  kontroly,  jak  je  uvedeno  v části  III.  Veřejnosprávní 
kontroly  hospodaření  s veřejnými  prostředky  České  republiky  bylo  podáno  celkem  30 
oznámení Policii České republiky, nebo příslušnému státnímu zastupitelství pro podezření ze 
spáchání trestního činu.  
30 
 

V následující tabulce je přehled podání s vyčíslenou škodou vyšší než 1 mil. Kč: 
Kdo zjištění učinil a 
Charakteristika zjištění 
Vyčíslená škoda v Kč 
oznámil 
Ministerstvo vnitra 
Porušení  povinnosti  při  správě  cizího 
50 000 000,00 
majetku 
  
Ministerstvo financí 
Neoprávněné  nakládání  s dárkovými 
13 700 207,29 
předměty 
Středočeský kraj 
Zpronevěra  
6 664 752,00 
Ministerstvo vnitra 
Zadání veřejné zakázky v JŘBÚ 
6 000 000,00 
Státní 
zemědělský  Možné neoprávněné čerpání dotace 
5 910 000,00 
intervenční fond 
Ministerstvo  pro  místní  Ztráta dobrého jména 
5 050 000,00 
rozvoj 
Ministerstvo  pro  místní  Ztráta dobrého jména 
4 400 000,00 
rozvoj 
Státní 
zemědělský  Možné neoprávněné čerpání dotace 
3 703 500,00 
intervenční fond 
ÚP  –  krajská  pobočka  Podvod 
2 715 071,00 
Ústí nad Labem 
Jihočeský kraj 
Zpronevěra  
2 653 603,00 
obec Zastávka u Brna 
Zpronevěra  
1 889 407,00 
město Lomnice 
Zpronevěra  
1 850 000,00 
Inspekce 
ministra  Porušení  povinnosti  při  správě  cizího 
1 769 518,00 
obrany 
majetku 
město Prostějov 
Porušení  povinnosti  při  správě  cizího 
1 400 000,00 
majetku 
Státní 
zemědělský  Možné neoprávněné čerpání dotace 
1 199 947,00 
intervenční fond 
Česká školní inspekce 
Neprůkazné  použití  prostředků  státního 
1 129 416,00 
rozpočtu 
 
Při  kontrolách  jinými  orgány  bylo  u  orgánů  veřejné  zprávy  zjištěno  porušení 
rozpočtové kázně podle ustanovení § 44 zákona č. 218/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech, 
za  porušení  §  22  zákona  č.  250/2000  Sb.,  o  rozpočtových  pravidlech  územních  rozpočtů 
a sankce  uložené  na  základě  jiných  právních  předpisů  (pokuty,  penále),  které  bylo  předáno 
k řešení  příslušným  finančním  úřadům,  v celkové  výši  cca  28.259  mil.  Kč.  Jednalo  se 
převážně  o  odvody  při  čerpání  dotací  z Evropské  unie  a  odvody  vyměřené  regionálními 
radami  nebo  finančními  úřady,  např.  odvod  vyměřený  Jihočeskému  kraji  za  dva  projekty 
v celkové  výši  283.054  tis.  Kč;  odvod  vyměřený  Ředitelství  silnic  a  dálnic  za  7  případů 
neoprávněného použití nebo zadržení prostředků v celkové výši 2.652.388 tis. Kč a penále ve 
výši  2.650.481  tis.  Kč;  odvod  vyměřený  Finančním  úřadem  pro  hlavní  město  Praha  Úřadu 
vlády  ve  výši  550.896  tis.  Kč;  odvod  vyměřený  Finančním  úřadem  pro  hlavní  město  Prahu 
31 
 

Ministerstvu  práce  a  sociálních  věcí  za  10  případů  v celkové  výši  94.393  tis.  Kč;  sankce 
vyměřené  Moravskoslezskému  kraji  za  5  projektů  v celkové  výši  72.154  tis.  Kč;  odvod 
vyměřený Finančním úřadem pro hlavní město Prahu Ministerstvu zahraničních věcí ve výši 
229.944  tis.  Kč;  odvody  vyměřené  Finančním  úřadem  pro  hlavní  město  Prahu  Ministerstvu 
zemědělství ve výši 535.496 tis. Kč a penále 475.073 tis. Kč a odvod ve výši 112.457 tis. Kč a 
penále ve výši 37.486 tis. Kč. Ve většině případů byl finanční úřad požádán o prominutí nebo 
posečkání. 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
32 
 

Příloha č. 2  
Přehled výsledků veřejnosprávních kontrol a auditů finančních prostředků 
ze zahraničí 
Auditní zjištění Auditního orgánu identifikovaná v rámci „auditů operací“ (obecně): 
A.  
Způsobilost výdajů 
 
- čerpání vyšší dotace než byla uvedena ve Smlouvě 
 
-  nesoulad  mezi  předloženou  fakturací  a  zjištěnou  skutečností:  proplácení 
 
nevykonané práce/nedodaného zboží 
 
- nesoulad zápisů ve stavebním deníku s fakturací způsobilých výdajů 
 
- dodávky před/po datu způsobilosti 
 
- neprokázání existence a vlastnictví aktiva 
 
-  osobní  náklady  a  jejich  alokace  na  projekt  (neúplné/chybějící  pracovní  smlouvy, 
 
výkazy) 
 
- vícenásobné uplatnění výdajů 
 
- dvojí financování 
 
- ceny v projektu neodpovídají tržním cenám (předražené EU projekty) 
 
-  položky  snižující  způsobilé  náklady  (smluvní  pokuty,  nevykazování  úroků  na 
 
projektových účtech)  
 
B. 
Způsobilost projektu/naplnění stanovených cílů  
 
- cíl projektu se neshoduje s cílem oblasti podpory 
 
- nefunkční projekt  
 
- projekt slouží jinému než schválenému účelu  
 
- nedodržení podmínek udržitelnosti projektu 
 
C. 
Publicita  
 
- nedostatečná publicita na tištěných materiálech projektu 
 
- neuvedení odkazu na financování z Evropské unie 
 
- produkty pořízené v rámci projektu neopatřeny logem operačního programu 
 
D. 
Účetnictví 
 
- není vedeno oddělené účetnictví 
 
- špatné zaúčtování položky 
 
E. 
Dostupnost podkladů pro audit 
 
- nepředložení kompletní dokumentace projektu 
 
- odepření vstupu do prostor příjemce  
 
- nedostupnost dat 
F. 
Veřejná podpora  
 
- ÚOHS se vyjadřuje, rozhoduje Evropská komise  
 
- naplnění znaků veřejné podpory 
 
33 
 

Hlavní nedostatky identifikované v rámci výkonu auditu – „veřejné zakázky“: 
 
Oznámení o zakázce a zadávací podmínky
 
1.  nezveřejnění oznámení o zakázce 
2.  umělé rozdělení zakázek na práce / služby / dodávky 
3.  nedodržení lhůt pro doručení nabídek, nebo lhůt pro doručení žádostí o účast 
4.  nedostatečná doba k tomu, aby si potenciální uchazeči nebo zájemci opatřili zadávací 
dokumentaci 
5.  nezveřejnění  prodloužených  lhůt  pro  doručení  nabídek,  nebo  prodloužených  lhůt  pro 
doručení žádostí o účast 
6.  případy,  které  neodůvodňují  použití  jednacího  řízení  s  předchozím  zveřejněním 
oznámení o zakázce 
7.  neuvedení kritérií pro výběr v oznámení o zakázce, a/nebo kritérií pro zadání zakázky 
(a jejich váhu) v oznámení o zakázce nebo v zadávacích podmínkách 
8.  protiprávní a/nebo diskriminační kritérií pro výběr a/nebo kritérií pro zadání zakázky 
stanovená v oznámení o zakázce nebo v zadávací dokumentaci 
9.  kritéria pro výběr se nevztahují k předmětu zakázky a nejsou mu úměrná 
10. diskriminační technické kvalifikační předpoklady 
11. nedostatečná definice předmětu zakázky 
12. Hodnocení nabídek 
13. změna kritérií pro výběr po otevření nabídek, jež vede k nesprávnému přijetí uchazečů 
14. změna  kritérií  pro  výběr  po  otevření  nabídek,  jež  vede  k nesprávnému  odmítnutí 
uchazečů 
15. hodnocení  uchazečů/zájemců  podle  nezákonných  kritérií  pro  výběr  nebo  zadání 
zakázky 
16. nedostatek transparentnosti nebo rovného zacházení při hodnocení 
17. změna nabídky během hodnocení 
18. jednání během řízení o udělení zakázky 
19. jednací  řízení  s předchozím  zveřejněním  oznámení  o  zakázce  se  zásadními  změnami 
podmínek uvedených v oznámení o zakázce nebo zadávacích podmínkách 
20. odmítnutí mimořádně nízkých nabídek 
21. střet zájmů 
22. Provádění zakázky 
23. podstatná  změna  prvků  zakázky  uvedených  v  oznámení  o  zakázce  nebo  zadávacích 
podmínkách  (cenu,  povahu  prací,  lhůtu  pro  dokončení,  platební  podmínky  a  použité 
materiály) 
24. omezení rozsahu zakázky 
25. zadávání  zakázek  na  dodatečné  práce  /  služby  /  dodávky  (pokud  takové  zadání 
představuje  významnou  změnu  původních  podmínek  zakázky)  bez  hospodářské 
soutěže,  aniž  je  splněna  jedna  z podmínek  krajní  naléhavost  způsobená 
nepředvídatelnými  událostmi  a  nepředvídaná  okolnost  pro  doplňkové  práce,  služby, 
dodávky 
26. dodatečné práce nebo služby překračující limit stanovený v příslušných ustanoveních 
 
 
34 
 

Auditní zjištění Auditního orgánu  – „audit systému“: 
 
Hlavní zjištění Auditního orgánu v rámci vymezení klíčových požadavků (dále „KP“) 
v souladu s dokumentem COCOF 08/0019/00-EN. 
KP-1: Jasné vymezení, rozdělení a oddělení funkcí mezi ŘO a ZS a v jejich rámci 
-  Nesoulad interních směrnic ZS s postupy pro řízení daného operačního programu 
-  Nedostatečné ověřování delegovaných činností ze strany ŘO 
-  Neuplatňování  odpovídajících  sankcí  při  nesprávné  implementaci  ZS/externími 
dodavateli z úrovně ŘO/ZS  
-  Nesoulad  pracovní  náplně  pracovníků  ŘO/ZS  s  vykonávanými  činnostmi 
(překryv/nepokrytí kompetencí) 
-  Nejednoznačné nastavení zastupitelnosti zaměstnanců 
-  Nedostatečné nastavení postupu řešení nesrovnalostí 
-  Nedostatečné oddělení neslučitelných funkcí (hl. při výběru projektu) 
-  Vysoká fluktuace zaměstnanců ŘO/ZS 
 
KP-2 Odpovídající postupy pro výběr operací: 
-  Výběrová kritéria nebyla schválena monitorovacím výborem 
-  Nedoložení způsobu tvorby výzev a jejich schvalování 
-  Výzvy obsahují diskriminační výběrová kritéria  
-  Hodnotitelé:  tvorba  databáze,  netransparentní  způsob  jejich  výběru  (riziko  střetu 
zájmů),  nedostatečné  nastavení  jejich  odpovědnosti  a  kompetencí,  hodnotí  jen  jeden 
hodnotitel apod. 
-  Neprovedení dostatečných kontrol údajů v žádosti  
-  Nedostatečné zdůvodnění vyřazení projektů  
-  Neexistuje dostatečná dokumentace a archivace neúspěšných žadatelů 
-  Výsledky hodnocení nebyly zveřejněny 
 
KP-3: Odpovídající informace pro poskytnutí pokynů příjemcům 
-  Údaje  na  webových  stránkách  jednotlivých  operačních  programů  nejsou  řádně 
aktualizovány 
-  Nedostatečné nastavení podmínek pro provedení kontroly u příjemce 
 
KP-4: Odpovídající ověření řízení 
-  Nedostatky  v  nastavení  sledování  finanční  alokace  a  čerpání  zdrojů  na  operační 
program  
-  Nedostatky kontrolních listů:  
-  Neúplné či příliš obecné kontrolní listy (hlavně v oblasti VZ) 
-  Formální vyplňování kontrolních listů bez provedení nutných testů/analýz 
-  Nepoužití aktuální verze kontrolního listu 
-  Nedostatky prováděných kontrol (administrativní i na místě):  
-  Chybějící/Nedostatečné testování dvojího financování z úrovně ŘO/ZS 
-  Výběr vzorku kontrol: počet kontrol a reprezentativnost 
35 
 

-  Nízká  kvalita  a  efektivita  kontrolní  činnosti  (pouze  formální  kontrola,  nízká 
kvalifikace zaměstnanců, nedodržení nastavených postupů) 
-  Nedostatečné  ověřování  změn  v  průběhu  realizace  projektů  (ve  vazbě  na  původní 
záměr,  na  hodnotící  kritéria,  vyhodnocení  nutnosti  změn  a  jejich  oprávněnosti  pro 
dokončení projektu) 
-  Časté delegování úkolů na externí subjekty a naprosté spoléhání se na obdržené závěry  
-  Nedostatky v oblasti sledování rizik z úrovně ŘO/ZS 
-  Nedostatečná kontrola činností delegovaných na ZS ze strany ŘO 
 
KP-5: Odpovídající pomůcky pro audit trail se zaměřením na finanční toky 
-  Neúplnost projektové dokumentace  
-  Používání neplatných formulářů    
-  Dokumentace není označena razítkem a textem jednoznačně identifikujícím projekt 
-  Rozdílnost v datech v IS a v podkladové dokumentaci 
-  Absence záznamů o provedení kontrolní činnosti 
-  Elektronická komunikace nebyla opatřena elektronickým podpisem  
 
KP-6:  Spolehlivé  účetní  systémy,  monitorovací  systémy  a  systémy  finančního 
výkaznictví v elektronické podobě
 
-  Nepřesná, neúplná a neaktualizovaná data v IS 
-  Používání IS daného operačního programu i pro jiné projekty  
-  Nedostatečná ochrana informací 
-  Absence sledování hlášení nesrovnalostí  
-  Absence průběžného sledování čerpání prostředků 
 
KP-7: Nezbytná preventivní a nápravná opatření v případě systémových chyb zjištěných 
Auditním orgánem
 
-  Nejsou  definovány  postupy  a  zavedena  nápravná  opatření  v  případě  identifikace 
systémových nedostatků 
-  Nejsou  zavedeny  postupy  pro  nakládání  se  závěry  zpráv  z  auditů,  vnějších  kontrol  a 
šetření stížností, vč. distribuce jejich závěrů 
 
 
Komentář  k tabulce:  údaje  se  týkají  porovnání  roků  2013  a  2014  v rámci  identifikovaných 
zjištění Auditním orgánem s vysokou a střední mírou závažnosti. 
 
36 
 

Počet zjištění a vysoukou a střední mírou závažnosti
Název OP
 v roce 2013
 v roce 2014
Integrovaný operační program
50
62
OP Doprava
18
88
OP Lidské zdroje a zaměstnanost
97
37
OP Podnikání a inovace
32
36
OP Praha Adaptabilita
40
16
OP Praha Konkurenceschopnost
22
24
OP Přeshraniční spolupráce ČR – Polsko
15
19
OP Rybářství
12
14
OP Technická pomoc
2
14
OP Výzkum a vývoj pro inovace
86
64
OP Vzdělávání pro konkurenceschopnost
170
76
OP Životní prostředí
5
42
ROP NUTS II Jihovýchod
65
44
ROP NUTS II Jihozápad
54
39
ROP NUTS II Moravskoslezsko
41
23
ROP NUTS II Severovýchod
4
22
ROP NUTS II Severozápad
7
43
ROP NUTS II Střední Čechy
53
27
ROP NUTS II Střední Morava
54
42
Celkem
827
732
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
37 
 


Příloha č. 3  
 
Přehled  nesrovnalostí  postoupených  Evropskému  úřadu  pro  boj  proti 
podvodům 
Předvstupní nástroje 
 
Prostřednictvím  Centrálního  kontaktního  bodu  sítě  AFCOS  v České  republice  nebyla 
v roce  2014  Evropskému  úřadu  pro  boj  proti  podvodům  (dále  jen  úřad  OLAF)  nahlášena 
formou  pravidelných  čtvrtletních  zpráv  o  nesrovnalostech  zjištěných  v rámci  implementace 
předvstupních  nástrojů  žádná  nová  nesrovnalost,  pouze  aktualizace  již  dříve  nahlášených 
případů. 
 
Strukturální fondy a Fond soudržnosti – programové období 2004 – 2006 
 
Za  oblast  strukturálních  fondů  a  Fondu  soudržnosti  v  programovém  období 
2004 - 2006 bylo za rok 2014 zasláno úřadu OLAF celkem 11 nových1 hlášení nesrovnalostí 
v celkové výši 14 424 217 EUR, z čehož 10 nesrovnalostí ve výši 13 697 239 EUR se týkalo 
strukturálních  fondů.  K  Fondu  soudržnosti  se  vztahovala  1  nesrovnalost  ve  výši  726  978 
EUR
 
 
 
                                                           
1  Do  součtu  jsou  zahrnuty  nově  nahlášené  nesrovnalosti,  které  byly  v  roce  2014  uzavřeny  na  základě 
nepotvrzeného podezření.
 
 
38 
 


 
 
 
U strukturálních fondů v programovém období 2004 – 2006 byly v roce 2014 na vnější 
úrovni  nahlášeny  za  operační  programy  v gesci  Ministerstva  pro  místní  rozvoj  4  případy 
nových  nesrovnalostí  ve  výši  dotčené  částky  12 141  067  EUR,  v gesci  Ministerstva 
průmyslu a obchodu 3 případy nových nesrovnalostí ve výši dotčené částky 1 326 912 EUR 
a v gesci  Ministerstva  pro  životní  prostředí  rovněž  3  případy  nesrovnalostí  ve  výši  dotčené 
částky  229  260  EUR.  V rámci  Fondu  soudržnosti  zaslalo  Ministerstvo  pro  místní  rozvoj 
prostřednictvím  Centrálního  kontaktního  bodu  sítě  AFCOS    úřadu  OLAF  jeden  případ 
nesrovnalosti ve výši dotčené částky 726 978 EUR.  
 
 
Strukturální  fondy,  fondy  společné  zemědělské  politiky  a  Evropský  rybářský  fond  – 
programové období 2007 – 2013 
Za  oblast  strukturálních  fondů,  fondů  společné  zemědělské  politiky  a  Evropského 
rybářského fondu (programové období 2007 – 2013) bylo za rok 2014 úřadu OLAF nahlášeno 
celkem  1  063 nových2  případů  nesrovnalostí  v celkové  výši  dotčené  částky  315 771  328 
EUR,  z toho  za  fondy  společné  zemědělské  politiky  52  nových  případů  nesrovnalostí 
                                                           
2 
    Do  součtu  jsou  zahrnuty  nově  nahlášené  nesrovnalosti,  které  byly  v  roce  2014  uzavřeny  na  základě 
nepotvrzeného podezření. 
 
39 
 



v celkové  výši  dotčené  částky  2 898 839  EUR  a  Evropský  rybářský  fond  dva  nové  případy 
nesrovnalosti v celkové výši dotčené částky 11 744 EUR
 
 
 
 
 
 
V programovém období 2007 – 2013 bylo v roce 2014 nejvíce nesrovnalostí na vnější 
úrovni nahlášeno za operační programy v gesci Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy, 
40 
 

a to 387 případů nesrovnalostí ve výši dotčené částky 67 218 954 EUR. Dle počtu hlášení za 
operační  programy  v gesci  jednotlivých  subjektů  následovalo  pak  Ministerstvo  práce 
a sociálních  věcí  se  106  případy  nesrovnalostí  ve  výši  dotčené  částky  16 015  772  EUR
Ministerstvo  průmyslu  a  obchodu  se 101  případem  nesrovnalostí  ve  výši  dotčené  částky 
62 343  109  EUR,  Ministerstvo  životního  prostředí  se 67  případy  nesrovnalostí  ve  výši 
dotčené částky  15 122 410 EUR, Regionální  rada regionu  soudržnosti  Severovýchod se   63 
případy nesrovnalostí ve výši dotčené částky 6 703 397 EUR, Ministerstvo pro místní rozvoj 
se 46 případy nesrovnalostí ve výši dotčené částky 16 926 175 EUR, Regionální rada regionu 
soudržnosti  Střední  Morava  se 42  případy  nesrovnalostí  ve  výši  dotčené  částky  5 505  336 
EUR,  Regionální  rada  regionu  soudržnosti  Jihovýchod  s 41  případem  nesrovnalostí  ve  výši 
dotčené částky 8 411 422 EUR, Magistrát hlavního města Prahy se 38 případy nesrovnalostí 
ve výši  dotčené  částky  2 752  395  EUR,  Regionální  rada  regionu  soudržnosti  Střední  Čechy 
36 případy nesrovnalostí ve výši dotčené částky 38 443 531 EUR, Regionální rada regionu 
soudržnosti  Jihozápad  s 33  případy  nesrovnalostí  ve  výši  dotčené  částky  32 110  060  EUR
dále pak Regionální rada regionu soudržnosti Severozápad respektive Regionální rada regionu 
soudržnosti  Moravskoslezsko s 23 případy nesrovnalostí  ve výši  dotčené částky  33 034 393 
EUR  respektive  8 192  766  EUR  a  Ministerstvo  dopravy  se  3  případy  nesrovnalostí  ve  výši 
dotčené částky 81 025 EUR.   
Nesrovnalosti  zahrnuté  do  přehledů  za  rok  2014  jak  v rámci  programového  období 
2004  –  2006,  tak  programového  období  2007  –  2013  byly  ke  konci  roku  stále  otevřené. 
K dosažení  jejich  vyřešení  byly  jednotlivé  případy  předány  orgánům  zodpovědným 
za následné administrativní nebo soudní postupy. 
  
 
 
 
 
 
 
41 
 

Příloha č. 4  
Přehled výročních  kontrolních  zpráv  za  rok  2014  postoupených  Auditním 
orgánem  ČR  Evropské  komisi,  za  jednotlivé  operační  programy,  se 
stanoviskem o funkčnosti řídících a kontrolních systémů 
 
Operační program Technická pomoc („OPTP“) 
Stanovisko  bez  výhrad  bylo  vydáno  pro  rok  2014  pro  Operační  program  Technická 
pomoc.  Na  základě  vykonaných  auditů  lze  konstatovat,  že  řídící  a  kontrolní  systém 
Operačního  programu  Technická  pomoc  je  funkční  (klasifikováno  kategorií  1).  Všechna 
zjištění  z auditů  operací  jsou  řešena  v rámci  procesu  hlášení  nesrovnalostí.  Na  základě 
výsledků auditů operací za rok 2014 byla stanovena projektovaná chybovost ve výši 0,02%. 
V roce  2014  proběhla  revize  programového  dokumentu,  při  níž  došlo  k rozšíření 
okruhu příjemců ve všech oblastech podpory o Odbor projektového řízení. Dále k 6. 1. 2014 
byla vyhlášena 2. Výzva na podporu vzniku integrovaných strategií pro Integrované územní 
investice  (ITI)  a  projektů  na  podporu  vzniku  integrovaných  strategií  pro  Integrované  plány 
rozvoje  území  (IPRÚ)  a  komunitně  vedených  strategií  místního  rozvoje  pro  územní  Místní 
akční skupiny (MAS) po období 2014-2020 a nastavení a zajištění mechanizmů implementace 
strategií tak, aby v daném území došlo k dalšímu kvalitativnímu rozvoji a pozitivní změně. 2. 
Výzva  zahrnuje  pouze  oblast  podpory  3.2.  V rámci  této  2.  Výzvy  se  realizuje  cca  180 
projektů.  
Na základě aktualizovaného krizového plánu byla jeho klíčová opatření  OPTP zaměřena na 
zvýšení  absorpční  kapacity  a  zrychlení  administrativních  procesů  v rámci  implementační 
struktury.  Mezi  hlavní  realizovaná  opatření  krizového  plánu  lze  zařadit  zejména  realizaci 
projektů  nositelů  integrovaných  strategií,  revizi  programového  dokumentu,  při  níž  došlo 
k rozšíření okruhu příjemců ve všech oblastech podpory o Odbor projektového řízení.  I přes 
plnění těchto opatření se nepodařilo zabránit nevyčerpání prostředků na konci roku 2014. 
 
Operační program Podnikání a inovace („OPPI“):  
 
Na  základě  přezkoumání  fungování  řídících  a  kontrolních  systémů  bylo  pro 
OPPI  v rámci  Výroční  kontrolní  zprávy  za  rok  2014  vydáno  stanovisko  s výhradou.  Podle 
tohoto výročního stanoviska byly řídící a kontrolní systémy zřízené pro účely programu OPPI 
42 
 

v souladu  s platnými  požadavky  článků  58  až  62  nařízení  Rady  (ES)  č.  1083/2006 
a fungovaly  účinně  a  poskytly  tak  přiměřenou  jistotu,  že  výkazy  výdajů  předložené  Komisi 
byly správné, a tudíž s přiměřenou jistotou, že související transakce byly legální a řádné.  
V roce  2014  proběhl  follow-up  auditu  systému.  Bylo  identifikováno  jedno  střední 
zjištění  (týká  se  ŘO).  Toto  zjištění  se  týkalo  nedopracované  oblasti  týkající  se  ČMZRB 
v popisu ŘKS. Dále bylo identifikováno 10 zjištění s nízkou mírou významnosti.  
Kromě  follow-up  auditu  systému  bylo  v  rámci  OPPI  a  v  souladu  s  konsolidovaným 
plánem  na  rok  2014  provedeno  Auditním  orgánem  celkem  52  auditů  operací.  Z  uvedeného 
počtu bylo identifikováno celkem 38 zjištění u 18 operací. Z uvedeného počtu zjištění je 18 
s nízkou  mírou  závažnosti,  7  se  střední  mírou  závažnosti  a  13  s  vysokou  mírou  závažnosti. 
Zauditována  byla  částka  5  552  773  678,85  Kč,  tj.  11,90  %  z celkových  certifikovaných 
výdajů.  
Z auditů operací vyplývá za dané období projektovaná chybovost ve výši 2,49 %. 
V rámci  vykonaných  auditů  bylo  klasifikováno  vyhodnocení  funkčnosti  ŘKS 
v kategorii 2 „Funguje, ale jsou třeba určitá zlepšení“. 
V roce  2014  byly  provedeny  3  mimořádná  auditní  šetření  z Operačního  programu 
Průmysl a podnikání. V uvedených auditních šetřeních byla identifikována celkem 2 zjištění 
u 2  operací.  Z uvedeného  počtu  zjištění  je  1  s nízkou  mírou závažnosti  a  1  s vysokou  mírou 
závažnosti. Zauditována byla částka 366 738 831,00 Kč. 
Nejčastější  a  nejzávažnější  zjištění  identifikovaná  při  auditech  operací  byly  zejména 
v těchto oblastech: 
-  pravidla pro veřejné zakázky (60 % zjištění), 
-  účetnictví (12 % zjištění), 
-  neodůvodněný výdaj (16 % zjištění), 
-  nedodržení termínů (4 % zjištění), 
-  ostatní (8 % zjištění). 
Nedostatky  v  oblasti  veřejných  zakázek  jsou  i  nadále  považovány  auditory  AO 
za systémové,  kdy  je  nutné  z  úrovně  ŘO zajistit účinné  ověřování  administrovaných  žádostí 
o platbu včetně veřejných zakázek.  
 
Operační program Doprava („OPD“) 
Pokud se jedná o Operační program Doprava, k Výroční kontrolní zprávě bylo za rok 
2014  vydáno  výroční  stanovisko  „s  výhradou“.  V rámci  řídícího  a  kontrolního  systému 
43 
 

řídícího orgánu OPD byly identifikovány nedostatky v plnění klíčových požadavků u ŘO, ZS 
a  GFŘ.  Zjištění  auditorů  se  týkala  různých  oblastí,  kterým  musí  ŘO OPD  (resp.  ZS OPD) 
věnovat v dalším období zvýšenou pozornost:  
-  proces věcného hodnocení předkládaných projektů a jejich následného schvalování 
(délka  procesu,  vrácení  projektů  z EK  k přepracování  atd.),  který  v případě 
špatného  fungování  může  významně  negativně  ovlivnit  systém  implementace 
OPD, 
-  systém  řízení  rizik  na  úrovni  jednotlivých  operací,  který  nebyl  zárukou 
adekvátního zajištění předvídatelnosti rizik a jejich minimalizace, 
-  zdlouhavý  proces  řízení  a  řešení  nesrovnalostí  v požadované  lhůtě  6  měsíců 
od zadání nesrovnalosti do systému MSC2007, 
-  systém  uchovávání  dokumentace,  zejména  související  s kontrolami  VZ  (rozdílný 
rozsah  ukládané  dokumentace  ze  zadávacího  řízení  u  různých  projektů, 
nedostatečný  audit  trail,  formální  vyplňování  kontrolních  listů  bez  potřebné 
dokumentace), 
-  systémové  vyhodnocování  a  přijímání  preventivních  a  následných  opatření 
v případě identifikovaných systémových chyb. 
Dne  28. 7. 2014  byl  zahájen  audit  systému  č.  OPD/2014/S/001  (131/14/OPD),  který 
byl  zaměřen  zejména  na  ověření  stavu  nápravných  opatření  přijatých  na  základě 
výsledků z předchozího auditu systému. 
Z 26  celkově  zahájených  auditů  operací  v referenčním  období  byly  do  31.  12.  2014 
dokončeny všechny. V rámci těchto auditů operací bylo identifikováno 128 zjištění, z toho 54 
zjištění s vysokou mírou závažnosti, 16 zjištění se střední mírou a 58 zjištění s nízkou mírou 
závažnosti. Jednalo se zejména o tyto oblasti: 
-  ne/předvídanost  dodatečných  stavebních  prací  ve  vztahu  k uznatelnosti  výdajů 
jako způsobilých k proplacení z EU, 
-  nedodržování  lhůt  při  procesu  zadávání  VZ  vyplývajících  ze  zákona 
č. 40/2004 Sb., resp. č. 137/2006 Sb., o veřejných zakázkách, 
-  nakládání s vyzískaným materiálem. 
 
Operační program Výzkum a vývoj pro inovace („VaVpI“) 
Na základě přezkoumání fungování řídících a kontrolních systémů bylo pro Operační 
program Výzkum a vývoj pro inovace v rámci Výroční kontrolní zprávy za rok 2014 vydáno 
44 
 

stanovisko  s výhradou.  Podle  tohoto  výročního  stanoviska  byly  řídící  a  kontrolní  systémy 
zřízené pro účely programu OP Výzkum a vývoj pro inovace za období 2013/2014 v souladu 
s platnými požadavky článků 58 až 62 nařízení  Rady (ES) č. 1083/2006 a fungovaly účinně 
a poskytly tak přiměřenou jistotu, že výkazy výdajů předložené Komisi byly správné, a tudíž 
s přiměřenou  jistotou,  že  související  transakce  byly  legální  a  řádné.  Nedostatky  byly 
identifikovány v rámci auditu systému č. VAVPI/2013/S/1a prováděného u Řídícího orgánu 
OP  VaVpI,  kde  byl  řídící  a  kontrolní  systém  klasifikován  v kategorii  3  –  „Systém  funguje 
částečně;  jsou  třeba  zásadní  zlepšení“.  V rámci  přijetí  plnění  opatření  k nápravě  a  v rámci 
auditu systému č. OP VaVpI KP 1 – 7, který byl zahájen dne 8. 10. 2014, došlo ke zvýšení 
úrovně  spolehlivosti  systému  na  kategorii  2  –  „Systém  Funguje,  ale  jsou  třeba  určitá 
zlepšení“. 
Kromě auditů systému bylo v rámci OP VaVpI v souladu s konsolidovaným plánem 
na  rok  2014  provedeno  celkem  29  auditů  operací.  U  auditu  operace  č.  VAVPI/2014/O/003 
došlo  ke  sloučení  s  mimořádným  auditem  zdravotnictví  č.  AO/2014/MO/021.  Z  uvedeného 
počtu auditů operací bylo identifikováno celkem 164 zjištění, z toho 105 zjištění bylo s nízkou 
mírou  závažnosti,  36  zjištění  se  střední  a  23  zjištění  s  vysokou  mírou  závažnosti.  Výchozí 
auditované výdaje vybraného vzorku byly ve výši 16 168 852 950,45 Kč. Celková chybovost 
v namátkovém vzorku dosáhla 1,23 %. 
Chyby identifikované v rámci auditů operací se nejčastěji týkaly: 
−  oblasti zadávání veřejných zakázek (48 % zjištění),  
−  pracovních smluv, výkazů, mez a platů (20 % zjištění),  
−  nedodržování auditní stopy (13 % zjištění),  
−  nedostatků při nakládání s veřejnými prostředky (pravidlo 3E – 9 %), 
−  předvídatelnosti a opodstatněnosti víceprací.  
Nedostatky  v  oblasti  veřejných  zakázek  jsou  i  nadále  považovány  auditory  AO 
za systémové,  kdy  je  nutné  z  úrovně  ŘO zajistit účinné  ověřování  administrovaných  žádostí 
o platbu včetně veřejných zakázek.  
V průběhu roku 2014 byla zajištěna rotace auditorů u 16 z 29 auditů operací, tj. cca 
55% rotace OP VaVpI na pozicích vedoucí auditního týmu a člen auditního týmu. 
Operační program Životní prostředí („OPŽP“) 
45 
 

Pokud  jde  o  Operační  program  Životní  prostředí,  Auditní  orgán  při  stanovování 
celkového  závěru  vycházel  z  podstatných  skutečností,  které  v  daném  referenčním  období 
nastaly. 
Jednalo  se  o  vyhodnocení  výsledku  auditu  systému  z roku  2014,  který  vyhodnotil 
řídící  a kontrolní systém OP  Životní  prostředí  v kategorii 2  –  Funguje, ale jsou  třeba určitá 
zlepšení,  neboť  byly  zjištěny  nedostatky  zejména  v  oblasti  řídící  kontroly.  Tyto  nedostatky 
s ohledem  na  posouzení  jejich  dopadu  a  po  zohlednění  auditorského  rizika  mají  dopad  na 
fungování klíčových požadavků systému. Pro snížení dopadu na efektivní fungování systému 
byla  stanovena  doporučení  a  akční  plán.  V návaznosti  na  výše  uvedené  skutečnosti  vydal 
Auditní orgán stanovisko s výhradou. 
Dále  bylo  v  roce  2014  provedeno  celkem  31  auditů  operací.  Bylo  identifikováno  63 
zjištění,  z  toho  11  zjištění  je  řešeno  v  rámci  procesu  hlášení  nesrovnalostí.  Objem 
auditovaných  prostředků  za  rok  2014,  které  byly  Auditním  orgánem  vybrány  do  vzorku  pro 
rok 2014 za OPŽP, činil  3 582 115 523,27 Kč. Z toho  pak identifikovaná výše nesprávnosti 
dle IS AO činila 67 753 740,81 Kč.  
Hlavní příčinou zjištěných nedostatků při auditech operací bylo převážně: 
  nerespektování procesních pravidel při realizaci výběrových řízení, 
o  chybná volba druhu zadávacího řízení, 
o  netransparentní omezení počtu zájemců losováním, 
o  nedostatky při posuzování nabídek, chyby členů hodnotící komise, 
o  dělení zakázek, 
o  nedodržování lhůt pro podání nabídek. 
  v jednom případě byla zjištěna nehospodárnost při čerpání dotace. 
 
Integrovaný operační program („IOP“) 
Na základě výsledků auditů systému v rámci Integrovaného operačního programu, kdy 
byla  funkčnost  řídícího  a  kontrolního  systému  Integrovaného  operačního  programu  celkově 
vyhodnocena  v  kategorii  2  –  systém  funguje,  ale  jsou  potřeba  určitá  zlepšení,  a  na  základě 
výsledků auditů operací, kdy nejpravděpodobnější míra nesprávnosti je vyšší než 2 %, a tedy 
překročila  přípustnou  míru  chybovosti  (materialitu  2  %),  vydal  Auditní  orgán  stanovisko 
„s výhradou“.  V rámci  IOP  bylo  v roce  2014  provedeno  celkem  67  řádných  auditů  operací 
s objemem  certifikovaných  prostředků  ve  výši  5,397  mld.  Kč,  tj.  47,27  %  celkových 
certifikovaných prostředků roku 2013. 
46 
 

Hlavní příčinou zjištěných nedostatků při auditech operací je převážně: 
  nerespektování procesních pravidel při realizaci výběrových řízení, 
o  chyby v nastavených kvalifikačních kritériích, 
o  neoprávněné zadání JŘBU, 
o  nerovný  přístup  při  poskytování  ZD,  př.  v rámci  procesu  hodnocení  nabídek 
atd. 
  nesoulad soutěženého rozpočtu se skutečnou realizací: 
o  vícepráce (forma změnových listů/změn během výstavby), 
o  nevěrohodné zobrazení předmětu účetnictví, 
o  faktury bez doložení skutečného plnění atd. 
 
Dále  bylo  na  základě  požadavku  EK  provedeno  18  mimořádných  auditů  operací, 
1 mimořádné  auditní  šetření  a  1  mimořádný  audit  systému.  Tyto  audity  byly  zaměřeny  na 
oblast intervence 3.2 Služby v oblasti veřejného zdraví (tzv. Audit zdravotnictví).   
 
Operační program Přeshraniční spolupráce („OPPS“) 
OPPS Česká republika – Polská republika 2007-2013 („OPPS ČR-PR“) 
Na základě přezkoumání fungování řídících a kontrolních systémů pro OPPS ČR-PR  
bylo  v  rámci Výroční  kontrolní  zprávy  za  rok  2014  vydáno  stanovisko  bez  výhrad.  Podle 
tohoto stanoviska jsou řídící a kontrolní systémy zřízené pro účely OP PS ČR-PR v souladu 
s platnými  požadavky  článků  58  až  62  nařízení  Rady  (ES)  č.  1083/2006  a oddílu  3  nařízení 
Komise  (ES)  č.  1828/2006,  fungují  účinně  a  poskytují  tak  přiměřenou  jistotu,  že  výkazy 
výdajů předložené Komisi jsou správné a související transakce jsou legální a řádné.  
K  tomuto názoru  Auditní  orgán  dospěl  na  základě  toho,  že  výsledky  auditů  operací 
neidentifikovaly vyšší chybovost, než je přípustná chybovost. Z auditů operací sice za dané 
období  vyplývá  projektovaná  chybovost  ve  výši  2,8  %,  ale  tato  chybovost  je  zapříčiněna 
způsobem výpočtu odpovídající metodě výběru vzorku operací (nestatistický náhodný výběr 
finančním  intervalem).  Uvedená  metoda  výběru  vzorku  a  následný  výpočet  chybovosti  se 
v případě malé populace ukázala jako zkreslující. V případě výpočtu projektované chybovosti 
metodou odpovídající nestatistickému náhodnému výběru náhodným číslem by projektovaná 
chybovost byla 1,35 %. S ohledem na charakter zjištěné chyby, její absolutní výši, podíl této 
chyby na vzorku (0,52 %) a hodnocení ŘKS vydal Auditní orgán výrok bez výhrad.  
Na  základě  výsledků  auditů  systému  byl  řídící  a  kontrolní  systém  OPPS  ČR-PR  na 
území ČR klasifikován kategorií 2 – systém funguje, ale jsou zapotřebí určitá zlepšení. 
47 
 

V případě  OPPS  ČR-PR  bylo  v roce  2014  provedeno  celkem  11  auditů  operací. 
Zauditována byla částka 6 118 285,06 EUR, tj. 26,44 % z celkových certifikovaných výdajů.  
Na území ČR nebyla v rámci auditů operací identifikována žádná zjištění.  
V rámci auditní  činnosti a byly dále auditovány i další 4 OP Přeshraniční spolupráce 
(Svobodný  stát  Bavorsko  -  ČR,  Rakousko  -  ČR,  Svobodný  stát  Sasko  -  ČR  a  Slovenská 
republika  –  Česká  republika),  jejichž  Řídící  i  Auditní  orgány  jsou  v partnerském  členském 
státu.   
V souladu  s plány  Přeshraničních  partnerů  v rámci  OPPS  bylo  auditním  orgánem 
zauditováno: 
Hranice 
Počet auditů operace 
Zauditovaná částka  Audit systému 
Bavorsko 

2 436 975,90 EUR 
--- 
Rakousko 
13 
3 737 729,63 EUR 
--- 
Sasko 
15 
5 182 186,84 EUR 
--- 
Slovensko 
12 
4 216 824,29 EUR 

Celkem 
48 
15 563 868,75 EUR 

   
Operační programy Evropského sociálního fondu („ESF“) 
V   roce  2014  došlo  k mírnému  poklesu  auditní  činnosti  Auditní  orgán  u  programů 
financovaných  z Evropského  sociálního  fondu,  tj. Operačního  programu  Lidské  zdroje 
a zaměstnanost  (OP  LZZ),  Operačního  programu  Vzdělávání  pro  konkurenceschopnost  (OP 
VK)  a  Operačního  programu  Praha  -  Adaptabilita  (OP  PA).  Celkově  bylo  provedeno  169 
auditů  operací  (o  7  auditů  méně  než  v roce  2013).  Audity  systému  byly  prováděny  v rámci 
každého operačního programu. 
 
48 
 


 
Výsledky  jednotlivých  auditů  za  tyto  operační  programy  byly  shrnuty  v rámci 
příslušných výročních kontrolních zpráv předaných Evropské komisi v prosinci 2014, včetně 
stanoviska k fungování příslušného řídícího a kontrolního systému.  
 
Extrapolovaná 
Fond 
Operační program 
Stanovisko 
chybovost 2014 
ESF 
OP Praha - Adaptabilita 
Bez výhrad 
1,60 % 
ESF 
OP Lidské zdroje a zaměstnanost 
Bez výhrad 
0,81 % 
ESF 
OP Vzdělávání pro konkurenceschopnost 
S výhradou 
3,05 % 
 
Operační program Lidské zdroje a zaměstnanost („OPLZZ“) 
Na základě provedené auditní činnosti byl vydán výrok bez výhrad, řídící a kontrolní 
systémy  zřízené  pro  účely  Operačního  programu  Lidské  zdroje  a  zaměstnanosti  byly 
v souladu s platnými požadavky článků 58 až 62 nařízení Rady (ES) č. 1083/2006 a oddílu 3 
nařízení Komise (ES) č. 1828/2006 a fungovaly účinně a poskytly tak přiměřenou jistotu, že 
výkazy výdajů předložené Komisi byly správné a související transakce byly legální a řádné.  
K tomuto  názoru  Auditní  orgán  dospěl  na  základě  toho,  že  výsledky  auditů  operací 
identifikovaly vyšší chybovost než je přípustná (vyšší než 2 %). Z auditů operací vyplývá za 
dané období projektovaná chybovost ve výši 0,81 % (po provedené validaci ze strany EK). 
Na  základě  výsledků  auditů  systému  byl  celkový  řídící  a  kontrolní  systém  OP  LZZ 
klasifikován v kategorii 2 – systém funguje, ale jsou zapotřebí určitá zlepšení. 
49 
 

V roce  2014  bylo  provedeno  69  plánovaných  auditů,  přičemž  auditované  výdaje 
představovaly hodnotu 2 777 197 299,70 Kč (tj. 25,37 % z celkových certifikovaných výdajů 
roku 2013).  
Nejčastější a nejzávažnější zjištění identifikovaná při auditech operací se dají shrnout 
do  oblastí  zadávání  veřejných  zakázek  a  způsobilosti  výdajů  (např.  chybná  výše  mzdových 
výdajů, nedoložené a neoprávněné výdaje). 
 
Operační program Vzdělávání pro konkurenceschopnost („OP VK“) 
Na základě provedené auditní činnosti bylo v rámci Výroční kontrolní zprávy za rok 
2014 vydáno stanovisko s výhradou.  Dle tohoto výročního stanoviska byly řídící a kontrolní 
systémy  zřízené  pro  účely  Operačního  programu  Vzdělávání  pro konkurenceschopnost 
v souladu s platnými požadavky článků 58 až 62 nařízení Rady (ES) č. 1083/2006 a oddílu 3 
nařízení Komise (ES) č. 1828/2006 a fungovaly účinně a poskytly tak přiměřenou jistotu, že 
výkazy  výdajů  předložené  Komisi  byly  správné,  a  tudíž  přiměřenou  jistotu,  že  související 
transakce byly legální a řádné, s výjimkou pro oblast řídící kontroly (čl. 60 písm. b) nařízení 
Rady  č.  1083/2006  a  čl.  13  odst.  2  nařízení  Komise  č. 1828/2006  (fungování  klíčových 
požadavků č. 1, 4 a 7) v rámci OP VK a zejména v přenesené odpovědnosti zprostředkujícího 
subjektu Středočeského kraje. 
K  tomuto názoru  Auditní  orgán  dospěl  na  základě  toho,  že  výsledky  auditů  operací 
identifikovaly  vyšší  chybovost,  než  je  přípustná.  Z  auditů  operací  vyplývá  za  dané  období 
projektovaná chybovost ve výši 3,05 %. 
Na základě výsledků auditů systému byl řídící a kontrolní systém OP VK klasifikován 
v kategorii 2 – systém funguje, ale jsou zapotřebí určitá zlepšení. 
V případě OP VK bylo v roce 2014 provedeno celkem 64 auditů operací. Zauditována 
byla částka ve výši 505 860 747,55 Kč, tj. 3, 47 % z celkových certifikovaných výdajů.  
 Nejčastější a nejzávažnější zjištění identifikovaná při auditech operací se dají shrnout 
do těchto oblastí: 
-  zadávání veřejných zakázek (34 % zjištění),  
-  oblasti osobních nákladů (15 % zjištění),  
-  nesprávný výpočet cestovních náhrad (13 % zjištění). 
Hlavní nedostatky, které byly identifikovány v rámci provedených auditů systémů: 
-  Nedostatečný počet provedených kontrol delegovaných činností, 
50 
 

-  Nedostatečný počet provedených kontrol GG, 
-  Neplnění plánu kontrol, 
-  Opožděné předání hlášení podezření na nesrovnalosti FÚ, 
-  Účtování o pohledávkách až v době jejich uhrazení, 
-  Nedůvodné vyhodnocení ŘO nesrovnalostí jako nepotvrzené, 
-  Schválení projektu v případech, kdy dva z hodnotitelů ho nedoporučují, 
-  Nejednoznačné  nastavení  povinnosti  pro  použití  krátkých  a  dlouhých  verzí 
kontrolního listu (KL) pro administrativní kontrolu MZ a ŽOP, 
-  Proplacení závěrečné žádosti o platbu při podezření na porušení rozpočtové kázně, 
-  Neprovádění vyhodnocení plnění ročního komunikačního plánu na ZS, 
-  Nejsou  vyplňovány  kontrolní  listy  pro  kontrolu  veřejných  zakázek  v  rámci 
administrativních kontrol na ZS, 
-  Není prováděna ex-ante analýza rizik veřejných zakázek na ZS, 
-  Chybné provedení kontroly veřejných zakázek na ZS, 
-  Na úrovni ZS není adekvátně řešena oblast nesrovnalostí, 
-  Není zajištěno efektivní řízení rizik ZS v rámci implementace OPVK, 
-  Administrativní  kontroly  prováděli  titíž  manažeři,  kteří  prováděli  kontroly 
na místě. 
V  průběhu  roku  2014  byla  zajištěna  rotace  auditorů  u  4  z  64  auditů  operací,  tj.  cca 
6,25 % rotace OP VK na pozicích členů auditních týmů. 
 
Operační program Praha - Adaptabilita („OPPA“) 
Na základě provedené auditní činnosti byl vydán výrok, že řídící a kontrolní systémy 
zřízené  pro  účely  Operačního  programu  Praha  -  Adaptabilita  byly  v  souladu  s  platnými 
požadavky článků 58 až 62 nařízení Rady (ES) č. 1083/2006 a oddílu 3 nařízení Komise (ES) 
č.  1828/2006  a  fungovaly  účinně  a  poskytly  tak  přiměřenou  jistotu,  že  výkazy  výdajů 
předložené  Komisi  byly  správné,  a  tudíž  přiměřenou  jistotu,  že  související  transakce  byly 
legální  a  řádné,  s výjimkou  pro  oblast  řídící  kontroly  (čl.  60  písm.  b)  nařízení  Rady 
č. 1083/2006 a čl. 13 odst. 2 nařízení Komise č. 1828/2006 (fungování klíčového požadavku 
č. 4). 
K tomuto  názoru  Auditní  orgán  dospěl  na  základě  toho,  že  výsledky  auditů  operací 
neidentifikovaly vyšší chybovost, než je přípustná. Z auditů operací vyplývá za dané období 
projektovaná chybovost 1,60% (po provedené validaci ze strany EK). 
51 
 

Na základě výsledků auditů systému byl řídící a kontrolní systém OP PA klasifikován 
v kategorii 2 – systém funguje, ale jsou zapotřebí určitá zlepšení. 
V roce  2014  bylo  provedeno  36  plánovaných  auditů,  přičemž  auditované  výdaje 
představovaly hodnotu  84 030 300,00 Kč tj.21,1% z celkových  certifikovaných výdajů  roku 
2013).  
Nejčastější a nejzávažnější zjištění identifikovaná při auditech operací se dají shrnout 
do následujících oblastí: 
-  diskriminačně  stanovené  kvalifikační  předpoklady  vyhlašovaných  (veřejných) 
zakázek, 
-  nedostatečně stanovené hodnotících kritérií pro (veřejné) zakázky, 
-  nedostatečně  dokládané  osobní  náklady  a  jejich  alokace  na  projekt 
(neúplné/chybějící pracovní smlouvy, výkazy, atd.). 
 
Regionální operační programy Evropského fondu pro regionální rozvoj („ERDF“) 
Auditní  orgán  prováděl  u  regionálních  operačních  programů  financovaných 
z Evropského fondu pro regionální rozvoj (ERDF), tj. Regionální operační program NUTS 2 
Jihovýchod  (ROP  JV),  Regionální  operační  program  NUTS  2  Střední  Morava  (ROP  SM), 
Regionální  operační  program  NUTS  2  Moravskoslezsko  (ROP  MS),  Regionální  operační 
program NUTS 2 Severovýchod (ROP SV), Regionální operační program NUTS 2 Jihozápad 
(ROP  JZ),  Regionální  operační  program  NUTS  2  Severozápad  (ROP  SZ),  Regionální 
operační  program  NUTS  2  Střední  Čechy  (ROP  SČ)  a  Operační  program  Praha  -
Konkurenceschopnost  (OP  PK),  jak  audity  systému,  tak  i audity  operací.  Celkově  bylo 
provedeno  269  auditů  operací  (o  49  auditů  více  než  v roce  2013),  z toho  260  plánovaných 
auditů  pro  rok  2014  (viz  níže)  a  9  mimořádných  auditů.  Audity  systému  byly  prováděny 
v rámci každého operačního programu. 
Výsledky  jednotlivých  auditů  za  tyto  operační  programy  byly  shrnuty  v rámci 
příslušných výročních kontrolních zpráv předaných Evropské komisi v prosinci 2014, včetně 
stanoviska k fungování daného řídícího a kontrolního systému. 
52 
 

 
 
Extrapolovaná 
Fond 
Regionální operační program 
Stanovisko 
chybovost 
ERDF  ROP Jihovýchod 
Bez výhrad 
1,60% 
ERDF  ROP Střední Morava 
S výhradou 
7,87% 
ERDF  ROP Severovýchod 
S výhradou 
5,61% 
ERDF  ROP Severozápad 
S výhradou 
3,73% 
ERDF  ROP Střední Čechy 
S výhradou 
3,53 % 
ERDF  ROP Moravskoslezsko 
S výhradou 
1,92% 
ERDF  ROP Jihozápad 
S výhradou 
3,19% 
ERDF  OP Praha - Konkurenceschopnost 
S výhradou 
3,63% 
 
Regionální operační program NUTS II Střední Čechy („ROP SČ“) 
Na základě provedené auditní činnosti byl vydán výrok, že řídící a kontrolní systémy 
zřízené pro účely Regionální operační program regionu soudržnosti NUTS  II Střední Čechy 
byly  v  souladu  s  platnými  požadavky  článků  58  až  62  nařízení  Rady  (ES)  č.  1083/2006 
a oddílu 3 nařízení Komise (ES) č. 1828/2006 a fungovaly účinně a poskytly tak přiměřenou 
jistotu,  že  výkazy  výdajů  předložené  Komisi  byly  správné,  a  tudíž  přiměřenou  jistotu,  že 
související transakce byly legální a řádné, s výhradou pro oblast řídící kontroly (čl. 60 písm. 
b)  nařízení  Rady  č.  1083/2006  a  čl.  13  odst.  2  nařízení  Komise  č. 1828/2006  (fungování 
klíčového požadavku č. 4). 
K tomuto  názoru  Auditní  orgán  dospěl  na  základě  toho,  že  výsledky  auditů  operací 
identifikovaly  vyšší  chybovost,  než  je  přípustná.  Z  auditů  operací  vyplývá  za  dané  období 
projektovaná chybovost ve výši 3,53 %. 
Na  základě  výsledků  auditů  systému  byl  řídící  a  kontrolní  systém  ROP  SČ 
klasifikován v kategorii 2 – systém funguje, ale jsou zapotřebí určitá zlepšení. 
Celková  auditovaná  certifikovaná  hodnota  operací  činila  2 164 284 982,95  Kč,  tj. 
37,50 % z kumulativní certifikované hodnoty roku 2013. Objem nezpůsobilých auditovaných 
certifikovaných výdajů ve vzorku činil 70 762 393,33 Kč, tj. 3,27 %. 
53 
 

Nejčastější a nejzávažnější zjištění identifikovaná při auditech operací se dají shrnout 
do oblastí zadávání  veřejných zakázek, způsobilosti výdajů  (např. proplacení  nezpůsobilých 
nákladů  projektu)  a  nedostatečného  audit  trailu  (např.  nepředložení  kompletní  dokumentace 
projektu, porušení pravidla pro uchovávání dokumentů). 
V rámci  mimořádného  horizontálního  auditu  systému  pro  projekty  v  rámci 
zdravotnictví  se  prokázalo,  že  nedostatky  identifikované  u  projektů  v minulosti  na  základě 
auditu  EK  se  vyskytují  i  u  ROP  SČ.  Z celkem  auditovaných  73 397 637,23  činil  objem 
nezpůsobilých výdajů 13 262 888,00 Kč tj. 18,07 %. 
 
Regionální operační program regionu soudržnosti NUTS II Jihovýchod („ROP JV“) 
Na  základě  přezkoumání  fungování  řídících  a  kontrolních  systémů  bylo 
pro Regionální  operační  program  Jihovýchod  v  rámci Výroční  kontrolní  zprávy  za  rok  2014 
vydáno  stanovisko  bez  výhrad.  Podle  tohoto  výročního  stanoviska  byly  řídící  a  kontrolní 
systémy  zřízené  pro  účely  programu  ROP  Jihovýchod  za  období  2013/2014  v souladu 
s platnými požadavky článků 58 až 62 nařízení  Rady (ES) č. 1083/2006 a fungovaly účinně 
a poskytly tak přiměřenou jistotu, že výkazy výdajů předložené Komisi byly správné, a tudíž 
dávají  přiměřenou  jistotu,  že  související  transakce  byly  legální  a  řádné.  V rámci  auditu 
systému  č. ROPJV/2013/S/001  byla  zhodnocena  úroveň  spolehlivosti  systému  kategorií  2  – 
„Systém funguje, ale jsou třeba určitá zlepšení“. 
Kromě  auditu  systému  bylo  v  rámci  ROP  Jihovýchod  v  souladu  s  konsolidovaným 
plánem  na  rok  2014  provedeno  celkem  25  auditů  operací,  z toho  jeden  mimořádný  audit 
zdravotnictví.  Z  uvedeného  počtu  auditů  operací  bylo  identifikováno  celkem  74  zjištění, 
z toho 28 zjištění bylo s nízkou mírou závažnosti, 29 zjištění se střední a 17 zjištění s vysokou 
mírou  závažnosti.  Výchozí  auditované  výdaje  vybraného  vzorku  byly  ve  výši  
1 943 711 565,69 Kč. Celková chybovost v namátkovém vzorku dosáhla 1,6 %. 
Chyby identifikované v rámci auditů operací se nejčastěji týkaly: 
−  oblasti zadávání veřejných zakázek (59 % zjištění),  
−  nezpůsobilosti výdajů podle pravidel operačního programu (14 % zjištění),  
−  předvídatelnosti a opodstatněnosti víceprací (12 % zjištění), 
−  nedodržování auditní stopy (5 % zjištění),  
−  nedodržování pravidel pro projekty generující příjmy (4% zjištění), 
−  nedostatků při nakládání s veřejnými prostředky (pravidlo 3E – 3 % zjištění). 
54 
 

V  průběhu  roku  2014  byla  zajištěna  rotace  auditorů  u  4  z  25  auditů  operací,  tj.  cca 
16% rotace ROPJV na pozicích člen auditního týmu. 
 
Regionální operační program NUTS II Střední Morava („ROP SM“) 
Na základě provedené auditní činnost byl vydán výrok, že řídící a kontrolní systémy 
zřízené pro účely Regionální operační program regionu soudržnosti NUTS II Střední Morava 
byly  v  souladu  s  platnými  požadavky  článků  58  až  62  nařízení  Rady  (ES)  č.  1083/2006 
a oddílu 3 nařízení Komise (ES) č. 1828/2006 a fungovaly účinně a poskytly tak přiměřenou 
jistotu,  že  výkazy  výdajů  předložené  Komisi  byly  správné,  a  tudíž  přiměřenou  jistotu,  že 
související transakce byly legální a řádné, s výhradou pro oblast řídící kontroly (čl. 60 písm. 
b)  nařízení  Rady  č.  1083/2006  a  čl.  13  odst.  2  nařízení  Komise  č. 1828/2006  (fungování 
klíčového požadavku č. 4). 
K tomuto  názoru  Auditní  orgán  dospěl  na  základě  toho,  že  výsledky  auditů  operací 
identifikovaly  vyšší  chybovost,  než  je  přípustná.  Z  auditů  operací  vyplývá  za  dané  období 
projektovaná chybovost ve výši 7,87 %. 
Na  základě  výsledků  auditů  systému  byl  řídící  a  kontrolní  systém  ROP  SM 
klasifikován v kategorii 2 – systém funguje, ale jsou zapotřebí určitá zlepšení. 
V případě  ROP  SM  bylo  v roce  2014  provedeno  celkem  43  auditů  operací. 
Zauditována  byla  částka  1  623  664  711,99  Kč,  tj.  69,06  %  z celkových  certifikovaných 
výdajů.  
Nejčastější a nejzávažnější zjištění identifikovaná při auditech operací se dají shrnout 
do následujících oblastí: 
  zadávání veřejných 
zakázek, 
konkrétně 
stanovení 
diskriminačních 
kvalifikačních  předpokladů,  nepravdivé  a  falešné  reference  pro  prokázání 
kvalifikace  nebo  podstatná  změna  smlouvy  mající  vliv  na  změnu  zadávací 
dokumentace,  
  vykazování nezpůsobilých výdajů. 
Dále  byl  v rámci  ROP  SM  proveden  jeden  mimořádný  audit  systému  a  jeden 
mimořádný  audit  operace  zaměřující  se  na  oblast  zdravotnictví.  U  těchto  auditů  nebylo 
identifikováno žádné zjištění.  
 
55 
 

 
Regionální operační program NUTS II Jihozápad („ROP JZ“) 
Na základě provedené auditní činnosti bylo vydáno stanovisko (výrok) s výhradou, že 
řídící  a  kontrolní  systémy  zřízené  pro  účely  Regionálního  operačního  programu  regionu 
soudržnosti  NUTS  II  Jihozápad,  byly  v  souladu  s  platnými  požadavky  článků  58  až  62 
nařízení Rady (ES) č. 1083/2006 a oddílu 3 nařízení Komise (ES) č. 1828/2006 a fungovaly 
účinně a poskytly tak přiměřenou jistotu, že výkazy výdajů předložené Komisi byly správné, 
a tudíž přiměřenou jistotu, že související transakce byly legální a řádné, s výjimkou pro oblast 
řídící kontroly (čl. 60 písm. b) nařízení Rady č. 1083/2006 a čl. 13 odst. 2 nařízení Komise 
č. 1828/2006 (fungování klíčového požadavku č. 4). 
K  tomuto názoru  Auditní  orgán  dospěl  na  základě  toho,  že  výsledky  auditů  operací 
identifikovaly  vyšší  chybovost,  než  je  přípustná.  Z  auditů  operací  vyplývá  za  dané  období 
projektovaná chybovost ve výši 3,19 %. 
Na základě výsledků auditů systému byl řídící a kontrolní systém ROP JZ klasifikován 
v kategorii 2 – systém funguje, ale jsou zapotřebí určitá zlepšení. 
V případě ROP JZ bylo v roce 2014 provedeno celkem 35 auditů operací. Zauditována 
byla částka 2 088 964 612,71 Kč, tj. 64,15 % z celkových certifikovaných výdajů.  
Nejčastější  a  nejzávažnější  zjištění  identifikovaná  při  auditech  operací  se  týkala 
porušení pravidel v oblasti veřejných zakázek, a to zejména v těchto oblastech: 
-  dělení předmětu veřejné zakázky, 
-  nepřiměřených či diskriminačních kvalifikačních kritérií, 
-  volby typu zadávacího řízení, 
-  nedodržení lhůt v zadávacím řízení. 
Další  významná  zjištění  se  týkala  uplatnění  výdajů,  které  nesplňovaly  podmínky 
způsobilosti stanovené poskytovatelem dotace. 
 
Regionální operační program NUTS II Severozápad („ROP SZ“) 
Na základě provedené auditní činnosti bylo v rámci Výroční kontrolní zprávy za rok 
2014 vydáno stanovisko s výhradou. Dle tohoto výročního stanoviska byly řídící a kontrolní 
systémy  zřízené  pro  účely  Regionální  operační  program  regionu  soudržnosti  NUTS  II 
Severozápad  v  souladu  s  platnými  požadavky  článků  58  až  62  nařízení  Rady  (ES) 
č. 1083/2006 a oddílu 3 nařízení Komise (ES) č. 1828/2006 a fungovaly účinně a poskytly tak 
56 
 

přiměřenou  jistotu,  že  výkazy  výdajů  předložené  Komisi  byly  správné,  a  tudíž  přiměřenou 
jistotu, že související transakce byly legální a řádné, s výjimkou těchto skutečností:  
-  nedostatečná  řídící  kontrola  (čl.  60  písm.  b)  nařízení  Rady  č.  1083/2006  a  čl.  13 
odst. 2 nařízení Komise č. 1828/2006 (fungování klíčového požadavku č. 4). 
K  tomuto  názoru  Auditní  orgán  dospěl  na  základě  toho,  že  výsledky  auditů  operací 
identifikovaly  vyšší chybovost, než je přípustná. Z  auditů operací  vyplynula za dané období 
projektovaná chybovost ve výši 3,26 %.  
V  souvislosti  s výše  uvedeným  lze  řídící  a  kontrolní  systém  ROP  SZ  hodnotit  jako 
méně spolehlivý. Současně i závěr hodnocení ze systémového auditu byl ohodnocen kategorií 
2 – „Systém funguje, ale jsou třeba určitá zlepšení“. 
Kromě  auditu  systému  bylo  v  případě  ROP  SZ  v  roce  2014  provedeno  v souladu 
s konsolidovaným  plánem  auditů na  rok 2014  celkem 30 auditů operací.  Z uvedeného počtu 
auditů operací bylo identifikováno celkem 73 zjištění. Výchozí auditované výdaje vybraného 
vzorku byly ve výši 4 868 537 732,69 Kč, tj. 46,41 % z celkových certifikovaných výdajů.  
Nejčastější  a  nejzávažnější  zjištění  identifikovaná  při  auditech  operací  v ROP  SZ  se 
týkala porušení pravidel v oblasti veřejných zakázek, a to zejména v následujících oblastech: 
-  diskriminační požadavky – 5 %, 
-  netransparentní výběr zadavatele – 21 %, 
-  užití nevhodných hodnotících kritérií bez vlivu na výběr (smluvní pokuty) – 37 %,    
-   další formální nedostatky – 21 %. 
Závažné  zjištění  se  týkalo  neprůkazného  vedení  účetnictví  a  skutečného  vynaložení 
výdajů  –  5  %.  Další  zjištění  zahrnovala  porušení  pravidel  archivace  a  audit  trailu  –  5  %, 
porušení pravidel publicity – 5 %.  
Při  plánování  auditorských  týmů  nebyla  s  ohledem  na  kapacitní  možnosti  oddělení 
zajišťována rotace auditorů. V 100 % auditů operací (celkem 30) vykonaných ve sledovaném 
období  u  ROP  SZ  se  jako  vedoucí  auditorského  týmu  či  člen  auditorského  týmu  účastnil 
auditor, který před datem 1. 1. 2013 nebyl součástí PAS u ROP SZ (nepodílel se na auditech v 
rámci tohoto operačního programu).  
 
Regionální operační program NUTS II Severovýchod („ROP SV“) 
57 
 

Na základě provedené auditní činnost byl vydán výrok, že řídící a kontrolní systémy 
zřízené pro účely Regionální operační program regionu soudržnosti NUTS II Severovýchod 
byly  v  souladu  s  platnými  požadavky  článků  58  až  62  nařízení  Rady  (ES)  č.  1083/2006 
a oddílu 3 nařízení Komise (ES) č. 1828/2006 a fungovaly účinně a poskytly tak přiměřenou 
jistotu,  že  výkazy  výdajů  předložené  Komisi  byly  správné,  a  že  související  transakce  byly 
legální a řádné, s výhradou s ohledem na  
-  řídící kontroly (čl. 60 písm. b) nařízení Rady č. 1083/2006 a čl. 13 odst. 2 nařízení 
Komise č. 1828/2006 (fungování klíčového požadavku č. 4), 
-  vedení  policejního  vyšetřování  u  některých  projektů  financovaných  z daného 
regionálního operačního programu. 
Na  základě  výsledků  auditů  systému  byl  řídící  a  kontrolní  systém  ROP  SV 
klasifikován v kategorii 2 – systém funguje, ale jsou zapotřebí určitá zlepšení. 
V  rámci  roku  2014  byl  nejdříve  vybrán  pilotní  vzorek  auditu  operací  (21  auditů). 
V průběhu  roku  byl  vybrán  doplňující  vzorek  (9  auditů).  Celkem  bylo  v roce  2014 
realizováno  30  auditů  operace.  Zauditována  byla  částka  2 865 422 588,89  Kč,  tj.  48,90  % 
z celkových certifikovaných výdajů roku 2013. 
Nejčastější a nejzávažnější zjištění identifikovaná při auditech operací se dají shrnout 
do následujících oblastí: 
  nesoulad  mezi  předloženou  fakturací  a  zjištěnou  skutečností  (proplácení 
nevykonané práce/nedodaného zboží), 
  nedostatečné  vymezení  předmětu  VZ  v podrobnostech  nezbytných  pro 
zpracování nabídky, 
  nevyloučení dodavatele při nesplnění požadavků zákona,  
  neposkytnutí dodatečných informací k zadávacím podmínkám, 
  stanovení kvalifikačních předpokladů v rozporu se zákonem. 
Dále byly provedeny dva mimořádné audity operace zaměřené na oblast podpory 2.2 
Rozvoj  měst,  v souvislosti  s požadavkem  EK  na  provedení  horizontálního  auditu 
zdravotnictví. 
 
Regionální operační program NUTS II Moravskoslezsko („ROP MS“) 
Na základě provedené auditní činnosti byl vydán výrok, že řídící a kontrolní systémy 
zřízené  pro  účely  Regionální  operační  program  regionu  soudržnosti  NUTS  II 
Moravskoslezsko byly v souladu s platnými požadavky článků 58 až 62 nařízení Rady (ES) 
58 
 

č. 1083/2006 a oddílu 3 nařízení Komise (ES) č. 1828/2006, fungovaly účinně a poskytly tak 
přiměřenou  jistotu,  že  výkazy  výdajů  předložené  Komisi  byly  správné,  a  tudíž  přiměřenou 
jistotu, že související transakce byly legální a řádné, s výjimkou těchto skutečností:  
-  nedostatečné  řídící  kontroly  (čl.  60  písm.  b)  nařízení  Rady  č.  1083/2006  a  čl.  13 
odst. 2 nařízení Komise č. 1828/2006 (KP4 a KP7),  
-  vedení  policejního  řízení  u  některých  projektů  financovaných  z  daného 
regionálního programu.  
K tomuto  názoru  Auditní  orgán  dospěl  na  základě  toho,  že  výsledky  auditů  operací 
v roce 2014 identifikovaly chyby ve výši 49 359 093,71 Kč, což představovalo projektovanou 
chybovost ve výši 1,92 % ověřovaných výdajů certifikovaných v roce 2013. 
Závěr  hodnocení  ze  systémového  auditu  v roce  2014  je  ohodnocen  kategorií  2  – 
Systém funguje, ale jsou třeba určitá zlepšení, tak ŘKS je dostatečně účinný. V souvislosti se 
skutečností, že některé projekty jsou šetřeny Policií České republiky, tak Auditní orgán vydal 
Výroční stanovisko s výhradou. 
V případě  ROP  MS  bylo  v roce  2014  provedeno  celkem  35  auditů  operací. 
Certifikovaná  hodnota  vzorku  činila  3  274  054  007,40  Kč,  tj.  68,51  %  celkových 
certifikovaných  výdajů.  Z počtu  provedených  35  auditů  bylo  19  auditů  se  zjištěním  a  16 
auditů  bez  zjištění. V  největší  míře  se  daná  pochybení  týkala  veřejných  zakázek  (hlavně 
v oblasti  nedodržení  podmínek  výběrového  řízení  a  v  oblasti  možné  diskriminace 
a netransparentnosti).  Dále  se  pak  objevovaly  chyby  v  nesouladu  fakturovaného  stavu  se 
skutečným stavem.  
Projekty  ROP  MS  byly  v  průběhu  realizace  auditů  operací  prověřovány  Policií  ČR, 
z tohoto  důvodu  bylo  členům  auditorských  týmů  dotčených  auditů  za  přítomnosti  orgánu 
Policie ČR umožněno ve smyslu ustanovení § 65 odst. 1 trestního řádu nahlédnout do daných 
trestních  spisů,  které  obsahovaly  dokumentaci  k  auditovaným  projektům.  Zjištění  uváděná 
v těchto  auditech  vycházejí  pouze  z  ověřeného  stavu  v  době  provádění  auditních  prací,  
na základě uvedených auditních technik a dostupných dokumentací. Pokud na základě šetření 
Policie ČR budou následně identifikována další zjištění, mohou být závěry auditů revidovány. 
Nejčastější a nejzávažnější zjištění identifikovaná při auditech operací se dají shrnout 
do následujících oblastí: 
  Způsobilost nákladů 
o  Nesoulad  mezi  předloženou  fakturací  a  zjištěnou  skutečností: 
proplácení nevykonané práce/nedodaného zboží, 
o  Ceny v projektu neodpovídají tržním cenám (předražené EU projekty). 
59 
 

  Veřejné zakázky/zakázky 
o  Neuvedení - kritérií pro výběr v oznámení o zakázce, a/nebo  – kritérií 
pro  zadání  zakázky  (a  jejich  váhu)  v  oznámení  o  zakázce  nebo 
v zadávacích podmínkách, 
o  Kritéria  pro  výběr  se  nevztahují  k  předmětu  zakázky  a  nejsou  mu 
úměrná, 
o  Diskriminační technické specifikace, 
o  Změna kritérií pro výběr po otevření nabídek, jež vede k nesprávnému 
odmítnutí uchazečů, 
o  Podstatná změna prvků smlouvy uvedených v oznámení o zakázce nebo 
zadávacích podmínkách. 
 
Operační program Praha – Konkurenceschopnost („OP PK“) 
Na základě provedené auditní činnost byl vydán výrok, že řídící a kontrolní systémy 
zřízené  pro  účely  Operačního  programu  Praha  –  Konkurenceschopnost,  CCI 
2007CZ162PO001  byly  v souladu  s platnými  požadavky  čl.  58  až  62  nařízení  Rady  (ES) 
č. 1083/2006 a oddílu 3 nařízení komise (ES) č. 1828 s výjimkou nedostatečné řídící kontroly 
(čl.  60  písm.  b)  nařízení  Rady  č.  1083/2006  a  čl.  13  odst.  2  nařízení  Komise  č.  1828/2006 
(KP4), tj. výrok s výhradou. 
K názoru,  že  tento  aspekt  systému  nesplnil  požadavky  na  něj  kladené  tak,  aby  mohl 
poskytnout přiměřenou záruku toho, že jsou výkazy výdajů předložené Komisi správné, vede 
to, že výsledky auditů operací identifikovaly vyšší chybovost než je přípustná (2 %). Z auditů 
operací vyplývá za dané období extrapolovaná chybovost ve výši 3,63%. 
Na základě výsledků auditů systému byl řídící a kontrolní systém OP PK klasifikován 
v kategorii 2 – systém funguje, ale jsou zapotřebí určitá zlepšení. 
V roce 2014 byly provedeny 23 plánované audity operací, přičemž auditované výdaje 
představovaly  hodnotu  1 458 619 417,58  Kč  (tj.  67,38  %  celkových  certifikovaných  výdajů 
roku 2013).  
Nejčastější a nejzávažnější zjištění identifikovaná při auditech operací se dají shrnout 
do následujících oblastí: 
  Diskriminačně stanovené kvalifikační předpoklady vyhlašovaných (veřejných) 
zakázek, 
  Nedoložení způsobu stanovení předpokládané hodnoty VZ 
60 
 

  Porušení  rovného  zacházení  uchazečů  (vyloučení/možnost  doplnění 
dokumentace jen některým uchazečům, 
  Volba špatného/jiného druhu zadávacího řízení: porušení limitů pro VZ,  
  Nezveřejnění v TED. 
 
Operační program Rybářství („OPR“) 
V roce 2013 neproběhla žádná certifikace výdajů OPR z důvodu zjištěných závažných 
nedostatků v Řídících a kontrolních systémech (dále jen „ŘKS“) u Řídícího orgánu OPR (dále 
jen „ŘO“) a následného pozastavení plateb ze strany Certifikačního orgánu (dále jen „CO“). 
Vzhledem  k těmto  závažným  skutečnostem  nebyla  také  ze  strany  EK  přijata  VKZ  2013. 
Začátkem  roku  byly  dokončeny  3  audity  systému  pokrývající  všechny  klíčové  požadavky 
vztahujících se k CO a ŘO a následně přijata i VKZ 2013 z důvodu ujištění, že nejzávažnější 
nedostatky vyplývající z auditů systémů byly odstraněny.  
Z důvodu  necertifikace  v roce  2013  nebyl  standardním  způsobem  vybrán  vzorek 
operací  pro  rok  2014.  V polovině  roku  2014  si  však  EK  vyžádala  provedení  mimořádných 
auditů  operací  vybraných  ze  všech  výdajů  certifikovaných  do  konce  roku  2010.  Vzhledem 
k chybějícím datům potřebným pro statistický výběr vzorku operací byl zvolen výběr vzorku 
pomocí pilotního vzorku operací (tj. 20 auditů operací) a následného do výběru. Tento pilotní 
vzorek byl dokončen koncem roku 2014 a závěry z těchto auditů uvedeny ve VKZ 2014. Na 
základě  statistických  dat  získaných  z tohoto  pilotního  vzorku  byl  začátkem  roku  2015 
dovybrán  vzorek  operací  (tj.  15  auditů  operací).  Jejich  audit  bude  dokončen 
v předpokládaném termínu do 31. 3. 2015 a uveden ve VKZ 2015. 
V případě  OPR  bylo  tedy  v roce  2014  provedeno  celkem  20  mimořádných  auditů 
operací.  Zauditována byla částka 80 881 063,67  Kč, tj. 43,91% z celkových certifikovaných 
výdajů do konce roku 2010.  
Dále byly také dokončeny 3 audity systému, na základě jejichž výsledků byla ze strany 
AO zrevidována VKZ 2013 a následně komisí opětovně povolena certifikace výdajů OPR. 
 
61